More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1100 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1100  lipopolysaccharide heptosyltransferase-1, putative  100 
 
 
353 aa  732    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000330109  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2713  lipopolysaccharide heptosyltransferase-1, putative  36.99 
 
 
349 aa  223  4e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2764  lipopolysaccharide heptosyltransferase-1, putative  33.82 
 
 
348 aa  206  4e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3033  glycosyl transferase family protein  34.2 
 
 
348 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00459  lipopolysaccharide heptosyltransferase-1, putative  32.76 
 
 
359 aa  195  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18890  Three-deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase domain protein  30.21 
 
 
779 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000185158  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0375  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  27.27 
 
 
362 aa  136  6.0000000000000005e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.66681 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1264  heptosyl transferase I  26.24 
 
 
350 aa  113  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0377  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.15 
 
 
352 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3089  glycosyl transferase family 9  23.98 
 
 
330 aa  109  6e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0800  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  27.68 
 
 
353 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3090  glycosyl transferase family 9  25.42 
 
 
344 aa  108  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3411  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  22.93 
 
 
368 aa  107  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0552  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.56 
 
 
516 aa  102  8e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2415  lipopolysaccharide heptosyltransferase III, putative  26.59 
 
 
350 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.275437 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0389  glycosyl transferase family 9  23.53 
 
 
330 aa  100  3e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3700  putative lipopolysaccharide heptosyltransferase-1  25 
 
 
333 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.603484 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0851  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  26.91 
 
 
346 aa  99.8  6e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0521  glycosyl transferase family protein  24.31 
 
 
354 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2266  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  23.97 
 
 
380 aa  99  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.370229  normal  0.206331 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0692  lipopolysaccharide heptosyltransferase protein  24.54 
 
 
332 aa  97.8  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00185807  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18880  lipopolysaccharide heptosyltransferase III, putative  23.32 
 
 
348 aa  97.8  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0347069  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0661  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  25.26 
 
 
336 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.796134 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0601  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  25.16 
 
 
332 aa  97.4  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.100938  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0370  lipopolysaccharide heptosyltransferase III, putative  24.86 
 
 
352 aa  97.1  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.911139 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2496  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  24.13 
 
 
357 aa  96.7  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0342  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  25.34 
 
 
352 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.826178 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3226  glycosyl transferase family protein  24.14 
 
 
364 aa  96.7  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0367  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  25.34 
 
 
352 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1060  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  24.84 
 
 
334 aa  96.7  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.845943 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1490  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  23.97 
 
 
355 aa  96.3  7e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0863183  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1964  glycosyl transferase family 9  26.07 
 
 
354 aa  95.9  9e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172789  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0849  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  21.53 
 
 
360 aa  95.9  9e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.539129  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0921  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  23.05 
 
 
333 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5746  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  24.79 
 
 
355 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.887327  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5002  lipopolysaccharide heptosyltransferase  25.61 
 
 
354 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0466  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  24.59 
 
 
353 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1263  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  22.85 
 
 
343 aa  94.7  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4861  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  25.14 
 
 
352 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.36371 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66240  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  24.58 
 
 
354 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0465  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.55 
 
 
344 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0642  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  24.53 
 
 
332 aa  93.2  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.111821 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1535  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  27.45 
 
 
346 aa  93.2  7e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4090  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  24.51 
 
 
320 aa  93.2  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2252  heptosyltransferase family protein  24.93 
 
 
370 aa  92.8  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.548459  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0370  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  24.52 
 
 
352 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.381359 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2108  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  22.41 
 
 
340 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.470648  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2331  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  24.57 
 
 
366 aa  92  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000713254  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2224  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  24.83 
 
 
340 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112899  normal  0.0907149 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0828  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  27.01 
 
 
346 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0565  ADP-heptose--lipopolysaccharide heptosyltransferase II protein  25.15 
 
 
341 aa  91.3  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.995222  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44860  lipopolysaccharide heptosyltransferase II- LPS biosynthesis, waaF  25.21 
 
 
349 aa  91.3  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.57864  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2636  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  22.41 
 
 
340 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0861  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  21.26 
 
 
332 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.288239  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0486  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.29 
 
 
341 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109958  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0804  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  22.41 
 
 
340 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.575545  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1976  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  22.41 
 
 
340 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0772  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  22.94 
 
 
359 aa  90.5  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3282  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.07 
 
 
341 aa  90.1  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3421  putative lipopolysaccharide heptosyltransferase-1  25.32 
 
 
334 aa  89.7  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0473  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25 
 
 
341 aa  89.7  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1820  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.28 
 
 
343 aa  89.4  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0507  glycosyl transferase family protein  23.89 
 
 
406 aa  89.4  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0684  putative ADP-heptose--LPS heptosyltransferaseii  24.78 
 
 
341 aa  89.4  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.182742 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1237  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.72 
 
 
314 aa  88.2  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2022  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.09 
 
 
345 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2633  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.09 
 
 
345 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.609317  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0545  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  23.41 
 
 
340 aa  87.4  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0086605  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1808  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  27.4 
 
 
327 aa  86.7  5e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0291  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  25.86 
 
 
346 aa  86.7  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0032  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  25.86 
 
 
376 aa  86.7  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0586  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  25.86 
 
 
346 aa  86.7  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2419  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  25.86 
 
 
346 aa  86.7  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0849  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  20.6 
 
 
332 aa  87  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.727875  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5003  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  24.78 
 
 
344 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2242  heptosyltransferase family protein  24.16 
 
 
355 aa  86.3  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0968  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  22.74 
 
 
309 aa  86.3  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0171  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  24.1 
 
 
322 aa  86.3  8e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.425143  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0491  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  24.56 
 
 
354 aa  85.9  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44850  lipopolysaccharide heptosyltransferase I, waaC  23.12 
 
 
354 aa  85.9  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.721697  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3082  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  22.93 
 
 
331 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3141  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  22.93 
 
 
355 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4092  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  19.6 
 
 
340 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.102262  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3118  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  22.93 
 
 
355 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.145361  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0454  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  23.84 
 
 
341 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.788826  normal  0.709845 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3404  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  23.58 
 
 
351 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0415  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  22.89 
 
 
357 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0337  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  24.43 
 
 
343 aa  85.5  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0894  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  22.89 
 
 
357 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.133252  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2822  glycosyl transferase family 9  24.8 
 
 
357 aa  85.1  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0665  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.8 
 
 
345 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0068  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  24.33 
 
 
321 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0575052  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4148  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  24.33 
 
 
321 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0832  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.15 
 
 
346 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0990  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.15 
 
 
346 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.916286  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1482  heptosyltransferase family protein  23.2 
 
 
344 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000479014  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0062  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  24.33 
 
 
321 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0223597  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0334  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  21.04 
 
 
343 aa  84.7  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1228  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  26.45 
 
 
324 aa  84.3  0.000000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0717  heptosyltransferase I  23.97 
 
 
355 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>