More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2055 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2182  AMP-dependent synthetase and ligase  75 
 
 		 525 aa  687    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5887  AMP-dependent synthetase and ligase  85.34 
 
 		 517 aa  793    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0385595  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  96.72 
 
 		 517 aa  910    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2076  long-chain-fatty acid CoA ligase  70.89 
 
 		 525 aa  680    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.490936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6670  AMP-dependent synthetase and ligase  72.27 
 
 		 530 aa  669    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.726703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2055  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 472 aa  962    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0671  AMP-dependent synthetase and ligase  64.52 
 
 		 517 aa  578  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.251823  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0851  AMP-dependent synthetase and ligase  59.75 
 
 		 517 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.422198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3722  AMP-dependent synthetase and ligase  60.26 
 
 		 511 aa  550  1e-155  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  62.53 
 
 		 516 aa  542  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1049  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  63.94 
 
 		 513 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.132381  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2523  AMP-dependent synthetase and ligase  57.73 
 
 		 522 aa  536  1e-151  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4726  AMP-dependent synthetase and ligase  62.39 
 
 		 519 aa  536  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.670318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 520 aa  262  1e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.4 
 
 		 519 aa  259  9e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2250  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 		 538 aa  258  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.43 
 
 		 518 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.23 
 
 		 518 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.746675  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.6 
 
 		 518 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.61 
 
 		 518 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.99 
 
 		 518 aa  251  1e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000650953 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.5 
 
 		 524 aa  251  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  37.53 
 
 		 530 aa  251  2e-65  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.79 
 
 		 518 aa  249  8e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0778  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.79 
 
 		 518 aa  248  1e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0707  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.95 
 
 		 518 aa  248  1e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.413153  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0832  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.79 
 
 		 518 aa  247  3e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.57 
 
 		 518 aa  247  3e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0876  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.79 
 
 		 518 aa  247  3e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 		 525 aa  231  2e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.41 
 
 		 520 aa  218  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  31.76 
 
 		 517 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 512 aa  218  2e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.82 
 
 		 503 aa  217  2.9999999999999998e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 521 aa  217  4e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 521 aa  215  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  32.46 
 
 		 518 aa  214  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  32.47 
 
 		 509 aa  210  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  31.85 
 
 		 523 aa  208  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.89 
 
 		 513 aa  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.41 
 
 		 529 aa  207  3e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  31.21 
 
 		 524 aa  207  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  31.81 
 
 		 514 aa  206  5e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  31.37 
 
 		 516 aa  206  8e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  31.47 
 
 		 518 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 508 aa  204  3e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4817  AMP-dependent synthetase and ligase  33.48 
 
 		 541 aa  204  4e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  31.13 
 
 		 518 aa  203  5e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.31 
 
 		 525 aa  202  9e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.95 
 
 		 517 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.95 
 
 		 517 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.95 
 
 		 517 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  33.55 
 
 		 532 aa  201  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  34.19 
 
 		 506 aa  200  5e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2939  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 502 aa  200  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.572456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 502 aa  200  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  32.02 
 
 		 517 aa  199  9e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  30.89 
 
 		 511 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  29.72 
 
 		 514 aa  199  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 		 518 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  30.82 
 
 		 520 aa  198  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  32.01 
 
 		 522 aa  197  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  32.09 
 
 		 500 aa  197  5.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 		 532 aa  196  5.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4602  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 		 503 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 		 518 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3872  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 		 502 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0626194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0130  AMP-dependent synthetase and ligase  33.63 
 
 		 502 aa  196  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.963028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5576  acyl-CoA synthetase  32.4 
 
 		 519 aa  195  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628229  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  32.12 
 
 		 525 aa  195  1e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  30.6 
 
 		 1043 aa  195  1e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  31.73 
 
 		 515 aa  194  2e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  29.12 
 
 		 518 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  30.93 
 
 		 531 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  31.06 
 
 		 515 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  31.97 
 
 		 508 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 509 aa  194  3e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  32.37 
 
 		 502 aa  194  3e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 499 aa  194  4e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  31.22 
 
 		 536 aa  193  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  32.47 
 
 		 516 aa  193  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  32.27 
 
 		 518 aa  193  6e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  33.62 
 
 		 508 aa  193  7e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  31.29 
 
 		 504 aa  192  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3296  AMP-dependent synthetase and ligase  32.96 
 
 		 502 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0486472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  30.89 
 
 		 539 aa  192  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  31.17 
 
 		 556 aa  192  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  30.23 
 
 		 536 aa  192  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  31.02 
 
 		 564 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 		 509 aa  192  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 515 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  33.87 
 
 		 493 aa  191  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1465  acyl-CoA synthetase  33.12 
 
 		 487 aa  191  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.845905  normal  0.967698 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  31.75 
 
 		 516 aa  190  4e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 		 501 aa  190  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  31.55 
 
 		 508 aa  190  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  34.31 
 
 		 505 aa  189  7e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  32.38 
 
 		 552 aa  189  8e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1967  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.65 
 
 		 514 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.595404  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7494  acyl-CoA synthetase  30 
 
 		 521 aa  189  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.489378  normal  0.204527 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>