73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0403 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0403  branched-chain amino acid transport  100 
 
 		 108 aa  204  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.661242 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0388  branched-chain amino acid transport  96.3 
 
 		 108 aa  199  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0512  hypothetical protein  85.19 
 
 		 108 aa  168  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.700284  normal  0.0494056 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0494  hypothetical protein  68.32 
 
 		 107 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1416  branched-chain amino acid transport  44.86 
 
 		 109 aa  86.7  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.456547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1961  branched-chain amino acid transport  46 
 
 		 109 aa  81.3  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0093  branched-chain amino acid transport  38.71 
 
 		 103 aa  74.3  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2569  branched-chain amino acid transport  40.66 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1380  branched-chain amino acid transport  44.32 
 
 		 119 aa  62.4  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.551237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0460  branched-chain amino acid transport  39.36 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2850  branched chain amino acid ABC transporter  54.55 
 
 		 101 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0489  branched-chain amino acid transport  39.58 
 
 		 107 aa  57  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0581449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5109  branched-chain amino acid transport  36.46 
 
 		 111 aa  56.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0376343  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3534  branched-chain amino acid transport  40.38 
 
 		 108 aa  56.2  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.450335  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0476  branched-chain amino acid transport  39.58 
 
 		 107 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2540  hypothetical protein  30.11 
 
 		 114 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.137358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4124  hypothetical protein  40 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3972  branched-chain amino acid transport  40.22 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.573883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2458  branched-chain amino acid transport  38.04 
 
 		 110 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.478648  normal  0.376832 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1469  branched-chain amino acid transport  39.53 
 
 		 107 aa  52  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.656646  normal  0.0172198 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3607  branched-chain amino acid transport  40.43 
 
 		 99 aa  51.6  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.459125  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2539  branched-chain amino acid transport  39.34 
 
 		 101 aa  51.2  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0803  branched-chain amino acid transport  37.25 
 
 		 107 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769737  normal  0.181034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0829  branched-chain amino acid transport  38.2 
 
 		 111 aa  50.4  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4079  branched-chain amino acid transport  38.89 
 
 		 166 aa  50.4  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3079  AzlD branched-chain amino acid transport  32.63 
 
 		 110 aa  49.7  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.900349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4072  integrase family protein  33.71 
 
 		 109 aa  49.7  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4093  hypothetical protein  32.29 
 
 		 108 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2108  branched-chain amino acid transport  30.93 
 
 		 109 aa  48.9  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343037 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2208  branched-chain amino acid transport  34.38 
 
 		 112 aa  49.3  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0507422  normal  0.484467 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0008  branched-chain amino acid transport  39.33 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0975  branched-chain amino acid transport  34.38 
 
 		 112 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00167089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2173  branched-chain amino acid transport  39.29 
 
 		 108 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0971  branched-chain amino acid transport  32.58 
 
 		 112 aa  47.4  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00496866  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2695  branched-chain amino acid transport  35.94 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2596  branched-chain amino acid transport  35.94 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2529  branched-chain amino acid transport  35.94 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1458  branched-chain amino acid transport  36.36 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.311  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1759  hypothetical protein  33.33 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3400  branched-chain amino acid transport  39.08 
 
 		 111 aa  46.2  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.737178  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4055  branched-chain amino acid transport  39.08 
 
 		 111 aa  46.2  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.461564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1597  branched-chain amino acid transport  33.33 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.589442 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2783  branched-chain amino acid transport  33.33 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.426127  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1566  branched-chain amino acid transport  33.33 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1355  branched-chain amino acid transport  32.99 
 
 		 105 aa  45.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1560  branched-chain amino acid transport  33.33 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0354  branched-chain amino acid transport  33.33 
 
 		 109 aa  45.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0971347 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2937  branched-chain amino acid transport  32.35 
 
 		 107 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00590698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1047  hypothetical protein  34.38 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473278  normal  0.977869 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0257  branched-chain amino acid transport  31.03 
 
 		 107 aa  45.1  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.751249  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3236  branched-chain amino acid transport  39.68 
 
 		 100 aa  44.7  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0069593  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4636  branched-chain amino acid transport  34.88 
 
 		 111 aa  44.7  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3875  branched-chain amino acid transport  34.62 
 
 		 117 aa  44.3  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0522  branched-chain amino acid transport  33.8 
 
 		 116 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1189  putative branched-chain amino acid transport protein  41.27 
 
 		 106 aa  43.5  0.0009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6126  putative transmembrane protein  35.87 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.603631  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4208  hypothetical protein  33.66 
 
 		 112 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000158916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1690  hypothetical protein  32.18 
 
 		 113 aa  43.5  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0542077  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2394  branched-chain amino acid transport  35.87 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3249  hypothetical protein  27.78 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.131531  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06281  hypothetical protein  39.02 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2384  branched chain amino acid ABC transporter  30.53 
 
 		 104 aa  42  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.316334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3311  branched-chain amino acid transport  30.53 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.993943  normal  0.35173 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2444  hypothetical protein  29.59 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.416102 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0569  hypothetical protein  37 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2542  hypothetical protein  29.35 
 
 		 109 aa  42.7  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1054  branched-chain amino acid transport  32.67 
 
 		 112 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416307  normal  0.939947 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1990  branched-chain amino acid transport  29.47 
 
 		 104 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1095  branched-chain amino acid transport  32.67 
 
 		 112 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000116861  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0616  branched-chain amino acid transport  32.67 
 
 		 112 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.441128  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2929  branched-chain amino acid transport  44.68 
 
 		 111 aa  40.8  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.814408 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38170  hypothetical protein  27.78 
 
 		 104 aa  40.8  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00099917 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001439  hypothetical protein  40.24 
 
 		 103 aa  40.4  0.008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>