85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0569 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0569  hypothetical protein  100 
 
 
107 aa  212  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0489  branched-chain amino acid transport  86.92 
 
 
107 aa  186  8e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0581449  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0476  branched-chain amino acid transport  86.92 
 
 
107 aa  184  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0498  branched-chain amino acid transport  66.36 
 
 
107 aa  117  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.388953  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0562  hypothetical protein  63.81 
 
 
107 aa  105  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2676  branched-chain amino acid transport  54.29 
 
 
107 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2549  branched-chain amino acid transport  54.29 
 
 
107 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0554296  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4636  branched-chain amino acid transport  41.12 
 
 
111 aa  81.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671767  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0669  branched-chain amino acid transport  54.29 
 
 
107 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.83471 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3278  branched-chain amino acid transport  53.77 
 
 
107 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.619269  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2018  branched-chain amino acid transport  53.33 
 
 
107 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2658  branched-chain amino acid transport  53.33 
 
 
107 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.576231  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2629  branched-chain amino acid transport  53.33 
 
 
107 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5960  hypothetical protein  53.33 
 
 
107 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.139211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3875  branched-chain amino acid transport  43 
 
 
117 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0458  branched-chain amino acid transport  54.29 
 
 
107 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.325942 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0688  hypothetical protein  50.94 
 
 
107 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0662  hypothetical protein  51.43 
 
 
107 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.103029  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0036  hypothetical protein  50.48 
 
 
107 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0590  hypothetical protein  50.48 
 
 
107 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2423  hypothetical protein  50.48 
 
 
107 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0832  AzlD family protein  50.48 
 
 
107 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0836  AzlD family protein  50.48 
 
 
107 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0659337  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0295  hypothetical protein  50.48 
 
 
107 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.856609  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3534  branched-chain amino acid transport  40.4 
 
 
108 aa  70.1  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.450335  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1273  branched-chain amino acid transport  37.74 
 
 
111 aa  69.7  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0354  branched-chain amino acid transport  38.1 
 
 
109 aa  68.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0971347 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2208  branched-chain amino acid transport  39.58 
 
 
112 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0507422  normal  0.484467 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0971  branched-chain amino acid transport  39.36 
 
 
112 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00496866  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0975  branched-chain amino acid transport  39.36 
 
 
112 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00167089  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0829  branched-chain amino acid transport  33.33 
 
 
111 aa  64.3  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1047  hypothetical protein  40.22 
 
 
107 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473278  normal  0.977869 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2937  branched-chain amino acid transport  41.49 
 
 
107 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00590698  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4079  branched-chain amino acid transport  34.65 
 
 
166 aa  63.2  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5109  branched-chain amino acid transport  34.58 
 
 
111 aa  62.4  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0376343  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1690  hypothetical protein  38.3 
 
 
113 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0542077  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0803  branched-chain amino acid transport  37.5 
 
 
107 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769737  normal  0.181034 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4208  hypothetical protein  39.36 
 
 
112 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000158916  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1054  branched-chain amino acid transport  39.36 
 
 
112 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416307  normal  0.939947 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1095  branched-chain amino acid transport  39.36 
 
 
112 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000116861  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0616  branched-chain amino acid transport  39.36 
 
 
112 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.441128  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0008  branched-chain amino acid transport  37.37 
 
 
107 aa  60.1  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4055  branched-chain amino acid transport  35.71 
 
 
111 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.461564  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3400  branched-chain amino acid transport  35.71 
 
 
111 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.737178  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1961  branched-chain amino acid transport  37.14 
 
 
109 aa  59.3  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0093  branched-chain amino acid transport  35.35 
 
 
103 aa  58.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0403  branched-chain amino acid transport  37 
 
 
108 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.661242 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3054  branched-chain amino acid transport  39.62 
 
 
108 aa  56.6  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0388  branched-chain amino acid transport  35 
 
 
108 aa  55.1  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1416  branched-chain amino acid transport  37.38 
 
 
109 aa  54.3  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.456547  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0512  hypothetical protein  36.78 
 
 
108 aa  52.8  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.700284  normal  0.0494056 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3972  branched-chain amino acid transport  35.78 
 
 
108 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.573883  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2853  hypothetical protein  27.18 
 
 
106 aa  53.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.438366  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1380  branched-chain amino acid transport  34.38 
 
 
119 aa  52.8  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.551237  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4692  branched-chain amino acid transport  38.46 
 
 
111 aa  52.4  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0494  hypothetical protein  37.11 
 
 
107 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0288  hypothetical protein  44.34 
 
 
110 aa  51.2  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0149216 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2596  branched-chain amino acid transport  32.63 
 
 
100 aa  50.4  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06281  hypothetical protein  34.65 
 
 
103 aa  49.3  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38170  hypothetical protein  31.43 
 
 
104 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00099917 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1759  hypothetical protein  32.63 
 
 
100 aa  48.5  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2529  branched-chain amino acid transport  32.63 
 
 
100 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2695  branched-chain amino acid transport  32.63 
 
 
100 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3249  hypothetical protein  31.07 
 
 
103 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.131531  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0522  branched-chain amino acid transport  33 
 
 
116 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1566  branched-chain amino acid transport  32.63 
 
 
100 aa  47.4  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1458  branched-chain amino acid transport  33.68 
 
 
100 aa  47.4  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.311  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1597  branched-chain amino acid transport  32.63 
 
 
100 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.589442 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1560  branched-chain amino acid transport  32.63 
 
 
100 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2783  branched-chain amino acid transport  32.63 
 
 
100 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.426127  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2108  branched-chain amino acid transport  29.9 
 
 
109 aa  47  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343037 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4093  hypothetical protein  30 
 
 
108 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1189  putative branched-chain amino acid transport protein  32.67 
 
 
106 aa  45.8  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3294  branched-chain amino acid transport  38.24 
 
 
109 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2173  branched-chain amino acid transport  32.38 
 
 
108 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1469  branched-chain amino acid transport  38.32 
 
 
107 aa  44.7  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.656646  normal  0.0172198 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1990  branched-chain amino acid transport  31 
 
 
104 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638482  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4124  hypothetical protein  32.08 
 
 
108 aa  43.9  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3298  hypothetical protein  27.72 
 
 
104 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1896  branched-chain amino acid transport  32 
 
 
104 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3607  branched-chain amino acid transport  31.63 
 
 
99 aa  41.2  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.459125  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2384  branched chain amino acid ABC transporter  30 
 
 
104 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.316334  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2540  hypothetical protein  26.09 
 
 
114 aa  40.4  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.137358  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3311  branched-chain amino acid transport  30 
 
 
104 aa  40  0.01  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.993943  normal  0.35173 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0257  branched-chain amino acid transport  23.96 
 
 
107 aa  40  0.01  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.751249  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>