50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3972 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3972  branched-chain amino acid transport  100 
 
 		 108 aa  211  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.573883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1961  branched-chain amino acid transport  42.86 
 
 		 109 aa  77.4  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1416  branched-chain amino acid transport  44.23 
 
 		 109 aa  76.6  0.00000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.456547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0093  branched-chain amino acid transport  38.38 
 
 		 103 aa  70.9  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0008  branched-chain amino acid transport  41.28 
 
 		 107 aa  69.7  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3607  branched-chain amino acid transport  40.59 
 
 		 99 aa  67  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.459125  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1380  branched-chain amino acid transport  36.54 
 
 		 119 aa  63.9  0.0000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.551237  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0512  hypothetical protein  41.38 
 
 		 108 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.700284  normal  0.0494056 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0494  hypothetical protein  38.46 
 
 		 107 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3534  branched-chain amino acid transport  38.38 
 
 		 108 aa  62.4  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.450335  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2208  branched-chain amino acid transport  38.53 
 
 		 112 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0507422  normal  0.484467 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0403  branched-chain amino acid transport  40.22 
 
 		 108 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.661242 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0975  branched-chain amino acid transport  37.84 
 
 		 112 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00167089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0388  branched-chain amino acid transport  39.13 
 
 		 108 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0971  branched-chain amino acid transport  38.78 
 
 		 112 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00496866  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1047  hypothetical protein  42.53 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473278  normal  0.977869 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2937  branched-chain amino acid transport  40 
 
 		 107 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00590698  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0476  branched-chain amino acid transport  31.78 
 
 		 107 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0489  branched-chain amino acid transport  31.78 
 
 		 107 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0581449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1095  branched-chain amino acid transport  40.54 
 
 		 112 aa  52.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000116861  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0616  branched-chain amino acid transport  40.54 
 
 		 112 aa  52.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.441128  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4124  hypothetical protein  41.51 
 
 		 108 aa  53.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1054  branched-chain amino acid transport  40.54 
 
 		 112 aa  52.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416307  normal  0.939947 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1189  putative branched-chain amino acid transport protein  35.96 
 
 		 106 aa  53.5  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4208  hypothetical protein  37.84 
 
 		 112 aa  52.4  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000158916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0803  branched-chain amino acid transport  39.53 
 
 		 107 aa  52  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769737  normal  0.181034 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3079  AzlD branched-chain amino acid transport  33.98 
 
 		 110 aa  51.2  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.900349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1690  hypothetical protein  38.78 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0542077  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3298  hypothetical protein  27.18 
 
 		 104 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0234  hypothetical protein  40 
 
 		 105 aa  47  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2384  branched chain amino acid ABC transporter  28 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.316334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3294  branched-chain amino acid transport  38.2 
 
 		 109 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0522  branched-chain amino acid transport  37.66 
 
 		 116 aa  45.4  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2853  hypothetical protein  29.9 
 
 		 106 aa  45.4  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.438366  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2850  branched chain amino acid ABC transporter  37.76 
 
 		 101 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1896  branched-chain amino acid transport  31.07 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2108  branched-chain amino acid transport  28.09 
 
 		 109 aa  45.4  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343037 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0460  branched-chain amino acid transport  35.16 
 
 		 113 aa  45.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2540  hypothetical protein  30.59 
 
 		 114 aa  45.1  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.137358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1990  branched-chain amino acid transport  27 
 
 		 104 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06281  hypothetical protein  35.96 
 
 		 103 aa  43.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2173  branched-chain amino acid transport  33.65 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3311  branched-chain amino acid transport  27 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.993943  normal  0.35173 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0569  hypothetical protein  35.78 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3758  branched-chain amino acid transport  30.77 
 
 		 114 aa  42  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3054  branched-chain amino acid transport  33.82 
 
 		 108 aa  41.6  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2458  branched-chain amino acid transport  33.01 
 
 		 110 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.478648  normal  0.376832 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1388  branched-chain amino acid transport  40.58 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000854559  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2894  branched-chain amino acid transport  40.58 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.24933e-22 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1273  branched-chain amino acid transport  30.34 
 
 		 111 aa  40  0.01  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>