More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3809 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3809  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 412 aa  842    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  90.2 
 
 		 354 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  88.73 
 
 		 396 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  72.09 
 
 		 360 aa  327  3e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  77.23 
 
 		 363 aa  324  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  74.04 
 
 		 359 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  74.75 
 
 		 365 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  72.64 
 
 		 385 aa  314  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  73.56 
 
 		 381 aa  314  1.9999999999999998e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  72.55 
 
 		 378 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  74.52 
 
 		 373 aa  303  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  72.55 
 
 		 363 aa  300  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  71.57 
 
 		 359 aa  296  3e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  68.32 
 
 		 380 aa  296  6e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  67.94 
 
 		 375 aa  295  1e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  69.76 
 
 		 373 aa  293  3e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  66.2 
 
 		 378 aa  275  9e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  67.15 
 
 		 376 aa  269  7e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  62.25 
 
 		 360 aa  260  3e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  63.86 
 
 		 356 aa  258  1e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  64.36 
 
 		 356 aa  253  4.0000000000000004e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  60.29 
 
 		 359 aa  250  3e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  61.84 
 
 		 372 aa  249  7e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  61.58 
 
 		 355 aa  249  8e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  62.25 
 
 		 371 aa  249  9e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  61.27 
 
 		 369 aa  246  4.9999999999999997e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  60.89 
 
 		 369 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  65.69 
 
 		 368 aa  243  6e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1442  DNA polymerase IV (Pol IV 3)  61.36 
 
 		 330 aa  242  9e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  60.59 
 
 		 359 aa  239  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  56.56 
 
 		 371 aa  237  2e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  63.08 
 
 		 353 aa  236  4e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  57.77 
 
 		 378 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  57.77 
 
 		 378 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  54.41 
 
 		 359 aa  234  3e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  58.82 
 
 		 360 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  59.31 
 
 		 379 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  58.17 
 
 		 358 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  58.17 
 
 		 358 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  57.69 
 
 		 358 aa  231  3e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  58.17 
 
 		 358 aa  231  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  59.11 
 
 		 364 aa  230  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  58.13 
 
 		 355 aa  231  3e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  57.77 
 
 		 374 aa  230  4e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  50.39 
 
 		 358 aa  229  5e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  58.82 
 
 		 358 aa  229  7e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  56.65 
 
 		 349 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  56.65 
 
 		 349 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  52.97 
 
 		 359 aa  227  3e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  58.33 
 
 		 357 aa  227  3e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  59.31 
 
 		 358 aa  226  4e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  58.13 
 
 		 359 aa  226  6e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 352 aa  226  7e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  55.17 
 
 		 352 aa  225  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 357 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  55.67 
 
 		 351 aa  221  3e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  55.67 
 
 		 351 aa  221  3e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  55.67 
 
 		 351 aa  220  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  55.67 
 
 		 351 aa  221  3e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  55.67 
 
 		 351 aa  220  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  55.67 
 
 		 351 aa  221  3e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  55.67 
 
 		 351 aa  220  3e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  56.65 
 
 		 359 aa  219  7e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  55.45 
 
 		 354 aa  218  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 353 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  55.17 
 
 		 351 aa  218  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 354 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 354 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 354 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  55.88 
 
 		 359 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 354 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 351 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 351 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 351 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 351 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 351 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 359 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  50.24 
 
 		 364 aa  216  7e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4004  DNA-directed DNA polymerase  91.23 
 
 		 156 aa  216  7e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.345637  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  54.9 
 
 		 352 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  53.17 
 
 		 353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  53.23 
 
 		 389 aa  213  5.999999999999999e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  51.71 
 
 		 392 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  53.92 
 
 		 369 aa  213  5.999999999999999e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  53.17 
 
 		 354 aa  213  7e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  50.89 
 
 		 364 aa  211  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  54.68 
 
 		 352 aa  211  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  0.00000429031 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  52.22 
 
 		 353 aa  211  3e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  53.69 
 
 		 352 aa  211  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1040  DNA polymerase IV  53.96 
 
 		 352 aa  210  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 352 aa  209  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 352 aa  209  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  54.19 
 
 		 355 aa  209  6e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  50.49 
 
 		 406 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  50.97 
 
 		 362 aa  209  7e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  50.49 
 
 		 404 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  50.49 
 
 		 404 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  50.49 
 
 		 403 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  50.49 
 
 		 400 aa  209  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  50.49 
 
 		 400 aa  209  8e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>