More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1675 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1675  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
400 aa  829    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.903252  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2801  putative formyl-coenzyme A transferase  71.02 
 
 
355 aa  504  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0443661  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.68 
 
 
401 aa  331  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3280  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.83 
 
 
396 aa  326  5e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.752248  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  38.6 
 
 
416 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.6 
 
 
406 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.88 
 
 
413 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
406 aa  233  5e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.44 
 
 
412 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.965976 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1827  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.39 
 
 
445 aa  230  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125103  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.66 
 
 
406 aa  229  7e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.39 
 
 
404 aa  228  1e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1554  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.61 
 
 
413 aa  228  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.03 
 
 
416 aa  228  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.66 
 
 
406 aa  227  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.28 
 
 
393 aa  227  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  34.69 
 
 
411 aa  225  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.99 
 
 
405 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.51 
 
 
413 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628752  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.6 
 
 
388 aa  223  4.9999999999999996e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  35.47 
 
 
412 aa  222  7e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.99 
 
 
415 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.1 
 
 
413 aa  220  3e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.44 
 
 
413 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.24 
 
 
446 aa  219  5e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7159  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.1 
 
 
413 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0657  putative acyl-CoA transferase  36.8 
 
 
392 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  34.47 
 
 
577 aa  218  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  34.47 
 
 
544 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  34.47 
 
 
406 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  34.47 
 
 
568 aa  218  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  34.47 
 
 
406 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.48 
 
 
407 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  34.47 
 
 
406 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  34.47 
 
 
406 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.7 
 
 
403 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.89 
 
 
411 aa  215  9e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  37.37 
 
 
396 aa  215  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.53 
 
 
433 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.24 
 
 
415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6128  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.01 
 
 
406 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  34.48 
 
 
406 aa  214  2.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  33.83 
 
 
393 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.2 
 
 
419 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.58 
 
 
406 aa  213  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5511  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.76 
 
 
406 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.91473  normal  0.324907 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.2 
 
 
392 aa  213  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  36.34 
 
 
390 aa  212  7e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  35.64 
 
 
396 aa  213  7e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.81 
 
 
395 aa  212  7.999999999999999e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.36 
 
 
406 aa  212  9e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.66 
 
 
381 aa  212  9e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  35.95 
 
 
411 aa  212  1e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  36.05 
 
 
381 aa  211  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.96 
 
 
399 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5973  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.5 
 
 
392 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
406 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.12 
 
 
418 aa  211  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  36.05 
 
 
381 aa  211  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.12 
 
 
418 aa  211  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4160  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.52 
 
 
407 aa  210  3e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.75 
 
 
406 aa  211  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  34.07 
 
 
406 aa  210  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.57 
 
 
402 aa  210  4e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.71 
 
 
415 aa  210  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
407 aa  210  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  36.39 
 
 
389 aa  209  5e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.9 
 
 
426 aa  209  5e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3414  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.16 
 
 
412 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0178  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.48 
 
 
432 aa  210  5e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.207633 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2583  putative CAIB/BAIF family protein  37.63 
 
 
392 aa  209  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.517526  normal  0.110712 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5761  putative Formyl-coenzyme A transferase (Formyl-CoA transferase  36.66 
 
 
422 aa  209  7e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.67 
 
 
394 aa  209  9e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00125099  normal  0.9776 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1831  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.55 
 
 
414 aa  208  1e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00867179  normal  0.544825 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  38.89 
 
 
420 aa  208  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.6 
 
 
406 aa  209  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.53 
 
 
411 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6602  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.34 
 
 
392 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0727834 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  36.87 
 
 
396 aa  208  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.75 
 
 
395 aa  208  1e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  34.8 
 
 
418 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.93 
 
 
410 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.58 
 
 
384 aa  208  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3315  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.29 
 
 
403 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.6 
 
 
395 aa  208  2e-52  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0135  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.84 
 
 
396 aa  207  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  35.28 
 
 
389 aa  207  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6531  Formyl-CoA transferase  32.99 
 
 
407 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.276106  normal  0.830415 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.93 
 
 
452 aa  207  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2275  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.18 
 
 
401 aa  207  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.559073 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  34.61 
 
 
405 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.38 
 
 
409 aa  206  7e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5037  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
398 aa  206  7e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32.99 
 
 
435 aa  206  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1855  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.34 
 
 
374 aa  205  9e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415662  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.44 
 
 
407 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  34.36 
 
 
420 aa  204  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
424 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.51 
 
 
387 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  33.92 
 
 
413 aa  204  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>