228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6316 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6316  chromosome partitioning protein ParB  100 
 
 		 332 aa  674    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0066  ParB, partition protein  29.69 
 
 		 279 aa  110  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.002131 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6576  parB-like partition protein  31.05 
 
 		 324 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0152198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6163  ParB family protein  31.5 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.670147  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1370  ParB family protein  28.53 
 
 		 324 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0008  ParB family partitioning protein  28.51 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7548  parB-like partition protein  27.19 
 
 		 325 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0161554 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6062  plasmid partitioning protein ParB  28.64 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2520  ParB family protein  25.34 
 
 		 293 aa  67  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000102448  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3897  parB-like partition protein  25.91 
 
 		 335 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3784  parB-like partition protein  25.91 
 
 		 335 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.123683  normal  0.254535 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002022  chromosome (plasmid) partitioning protein ParB/stage 0 sporulation protein J  27.18 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000100798  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3468  chromosome segregation DNA-binding protein  27.16 
 
 		 288 aa  65.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3426  parB-like partition protein  29.87 
 
 		 281 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3554  parB-like partition protein  29.87 
 
 		 281 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7203  parB-like partition protein  28.29 
 
 		 321 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561228 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0209  parB-like partition protein  30.07 
 
 		 272 aa  63.5  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3760  parB-like partition proteins  25.12 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0200998  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6109  parB-like partition protein  28.63 
 
 		 359 aa  62.8  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2229  parB-like partition protein  29.19 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1596  parB-like partition protein  30 
 
 		 554 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.259007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5238  parB-like partition protein  30 
 
 		 554 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.139889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3320  parB-like partition protein  28.12 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00430  chromosome partitioning protein  25.73 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5820  plasmid partition protein  24.02 
 
 		 338 aa  59.3  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5344  ParB family protein  24.07 
 
 		 336 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3965  parB-like partition protein  29.58 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3458  chromosome partitioning protein parB  30.41 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0004  putative partitioning protein  24.55 
 
 		 334 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00180534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4590  parB-like partition protein  29.84 
 
 		 306 aa  57  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.740178  normal  0.297176 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2333  parB-like protein partition proteins  31.17 
 
 		 281 aa  57  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.99663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2868  chromosome segregation DNA-binding protein  28.04 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.108879  normal  0.100087 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4280  RepB plasmid partition  28.36 
 
 		 333 aa  57  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6364  chromosome partitioning protein Spo0J  27.82 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0347  chromosome segregation DNA-binding protein  30 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0001  parB-like partition protein  27.07 
 
 		 290 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184934 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2175  ParB family partitioning protein  26.61 
 
 		 257 aa  55.5  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.291914  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5303  parB-like partition protein  27.07 
 
 		 290 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157969  normal  0.0415765 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2788  parB-like partition protein  27.74 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3067  putative chromosome partitioning protein ParB  26.47 
 
 		 294 aa  55.8  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4303  parB-like partition proteins  26.06 
 
 		 290 aa  55.5  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.279457  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4615  chromosome segregation DNA-binding protein  29.32 
 
 		 289 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0007  parB-like partition proteins  28.32 
 
 		 292 aa  55.8  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2731  parB-like partition protein  27.74 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4755  ParB family protein  24 
 
 		 292 aa  55.1  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5439  parB-like partition protein  27.07 
 
 		 290 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5027  parB-like partition protein  28.39 
 
 		 297 aa  55.1  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1362  parB-like partition protein  27.35 
 
 		 286 aa  54.7  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4509  parB-like partition protein  29.56 
 
 		 298 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73330  chromosome partitioning protein Spo0J  27.07 
 
 		 290 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2154  chromosome segregation DNA-binding protein  27.97 
 
 		 321 aa  54.7  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3933  chromosome segregation DNA-binding protein  23.5 
 
 		 292 aa  54.3  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000290836  hitchhiker  0.00288573 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4490  parB-like partition protein  29.56 
 
 		 298 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_2003  ParB-like nuclease domain-containing protein  26.06 
 
 		 255 aa  53.9  0.000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4248  parB-like partition protein  26.49 
 
 		 294 aa  53.9  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00203372  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3853  parB-like partition protein  25.71 
 
 		 292 aa  53.5  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0431793  unclonable  0.00000203867 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3558  parB-like partition protein  32.73 
 
 		 333 aa  53.1  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5208  parB-like partition protein  25.56 
 
 		 290 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1936  parB-like partition protein  28.48 
 
 		 296 aa  53.1  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2378  chromosome segregation DNA-binding protein  26.67 
 
 		 289 aa  53.1  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2588  ParB family protein  26.03 
 
 		 447 aa  53.1  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4025  chromosome segregation DNA-binding protein  23.5 
 
 		 292 aa  53.1  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.006539  normal  0.910655 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1277  parB-like partition protein  27.15 
 
 		 303 aa  53.1  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4138  chromosome segregation DNA-binding protein  23.5 
 
 		 292 aa  53.1  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.001205  hitchhiker  0.000138083 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3883  parB-like partition protein  27.27 
 
 		 295 aa  52.8  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0441095  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14140  ParB-like partition protein  24.3 
 
 		 401 aa  53.1  0.000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5334  stage 0 sporulation protein J  27.27 
 
 		 290 aa  52.8  0.000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5162  stage 0 sporulation protein J  27.27 
 
 		 290 aa  52.8  0.000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5608  putative stage 0 sporulation protein J  29.37 
 
 		 290 aa  52.8  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.978338  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3082  ParB-like partition protein  25.59 
 
 		 291 aa  52.8  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0110147  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5731  stage 0 sporulation protein J  27.27 
 
 		 290 aa  52.8  0.000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5274  parB-like partition protein  29.37 
 
 		 290 aa  52.8  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5327  putative stage 0 sporulation protein J  29.37 
 
 		 290 aa  52.8  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000449265 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5591  putative stage 0 sporulation protein J  27.27 
 
 		 290 aa  52.8  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000383543 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3552  parB-like partition protein  29.25 
 
 		 289 aa  52.8  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0006  ParB family chromosome partioning protein  26.43 
 
 		 279 aa  52.4  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.269835  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5632  stage 0 sporulation protein J, putative  27.27 
 
 		 290 aa  52  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5044  parB family protein  26.97 
 
 		 300 aa  52  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5178  stage 0 sporulation protein J  27.27 
 
 		 290 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0893  parB-like partition protein  28.31 
 
 		 279 aa  52.4  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5738  chromosome segregation DNA-binding protein  28.06 
 
 		 290 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193091  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1225  chromosome segregation DNA-binding protein  27.89 
 
 		 301 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2515  chromosome segregation DNA-binding protein  26.56 
 
 		 294 aa  52.4  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0411108  hitchhiker  0.0019609 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4041  parB-like partition protein  27.91 
 
 		 279 aa  52.4  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.111922 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4354  chromosome segregation DNA-binding protein  29 
 
 		 298 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.364626  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3042  parB-like partition protein  27.42 
 
 		 294 aa  52  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02929  chromosome partitioning protein  29.03 
 
 		 309 aa  52  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3956  parB-like partition protein  27.13 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5668  putative stage 0 sporulation protein J  27.27 
 
 		 290 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4053  parB-like partition proteins  25.13 
 
 		 293 aa  51.6  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2887  parB-like partition proteins  27.89 
 
 		 296 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2058  chromosome partitioning protein ParB  26.6 
 
 		 293 aa  50.8  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1632  parB-like partition protein  26.47 
 
 		 305 aa  50.8  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.526467  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4021  parB-like partition protein  26.19 
 
 		 290 aa  51.2  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4009  chromosome segregation DNA-binding protein  27.33 
 
 		 304 aa  51.2  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0625805 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4470  parB-like partition protein  24.19 
 
 		 294 aa  50.8  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000450981  hitchhiker  0.00000000228393 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3652  ParB family protein  25.17 
 
 		 292 aa  50.8  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0209333  unclonable  0.00000847343 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2942  parB-like partition protein  26.8 
 
 		 294 aa  50.8  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3964  parB-like partition protein  25.71 
 
 		 292 aa  51.2  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.20429  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1978  chromosome partitioning protein ParB  26.6 
 
 		 293 aa  50.8  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>