54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6277 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007972  Rmet_6277  phage P4 alpha zinc-binding protein  100 
 
 
355 aa  734    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5216  P4 alpha zinc-binding domain protein  63.69 
 
 
358 aa  474  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1551  P4 alpha zinc-binding domain protein  63.69 
 
 
358 aa  474  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2694  hypothetical protein  35.69 
 
 
309 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0978065  hitchhiker  0.00111937 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2291  hypothetical protein  30.82 
 
 
336 aa  132  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.237605  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2573  hypothetical protein  30.99 
 
 
336 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.573023 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5493  hypothetical protein  29.86 
 
 
371 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000709952  normal  0.754037 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4271  hypothetical protein  31.34 
 
 
344 aa  113  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3747  helicase domain-containing protein  29.19 
 
 
321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.587064  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5218  Phage P4 alpha, zinc-binding  27.16 
 
 
355 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4734  P4 alpha zinc-binding domain protein  28.66 
 
 
355 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.48462 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4324  hypothetical protein  31.45 
 
 
341 aa  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.414651  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5573  hypothetical protein  29.48 
 
 
380 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6543  hypothetical protein  28.61 
 
 
381 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1556  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  29.63 
 
 
334 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736837  normal  0.0581478 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0137  hypothetical protein  35.88 
 
 
575 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.939802  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3476  hypothetical protein  31.73 
 
 
328 aa  84  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00459983 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1853  hypothetical protein  30.53 
 
 
220 aa  77  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.053538  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3727  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  27.14 
 
 
361 aa  72.8  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  33.33 
 
 
678 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  33.33 
 
 
681 aa  70.9  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4199  hypothetical protein  28.19 
 
 
339 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.636561  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  36.21 
 
 
681 aa  69.3  0.00000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  42.86 
 
 
776 aa  67  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  40 
 
 
777 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  38.36 
 
 
777 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  39.53 
 
 
890 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  39.53 
 
 
890 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  35.9 
 
 
777 aa  59.7  0.00000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0981  hypothetical protein  26.8 
 
 
380 aa  59.3  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.887323  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  44.64 
 
 
368 aa  59.3  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  35.19 
 
 
895 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  36.36 
 
 
775 aa  58.2  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  31.01 
 
 
775 aa  58.5  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  45.1 
 
 
273 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  45.1 
 
 
763 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  34.38 
 
 
899 aa  57.8  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  45.1 
 
 
763 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4062  hypothetical protein  24.61 
 
 
359 aa  57.4  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2209  genomic island protein  29.1 
 
 
312 aa  56.6  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  36.62 
 
 
777 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  36.62 
 
 
777 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  36.62 
 
 
777 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0352  hypothetical protein  26.4 
 
 
380 aa  56.6  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.605782  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2876  plasmid-related protein  32.26 
 
 
401 aa  53.9  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0061217  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  31.45 
 
 
878 aa  53.5  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2200  putative DNA primase  26.34 
 
 
388 aa  53.5  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0442  virulence-associated protein E  32.47 
 
 
309 aa  52.8  0.000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331851  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  33.33 
 
 
338 aa  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1259  virulence-associated protein E  32.4 
 
 
296 aa  50.1  0.00006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0613  putative DNA primase  25.69 
 
 
401 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4224  hypothetical protein  27.54 
 
 
344 aa  47.4  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.427202  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  41.51 
 
 
929 aa  47  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0676  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  50 
 
 
378 aa  43.5  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0255686  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>