36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0613 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0613  putative DNA primase  100 
 
 
401 aa  793    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2200  putative DNA primase  45.33 
 
 
388 aa  269  8e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6607  putative DNA primase  39.45 
 
 
437 aa  208  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0352  hypothetical protein  37.81 
 
 
380 aa  195  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.605782  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0981  hypothetical protein  37.56 
 
 
380 aa  190  4e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.887323  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1631  hypothetical protein  27.98 
 
 
280 aa  72  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.208567  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5216  P4 alpha zinc-binding domain protein  28.11 
 
 
358 aa  56.6  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1551  P4 alpha zinc-binding domain protein  28.11 
 
 
358 aa  56.6  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6277  phage P4 alpha zinc-binding protein  26.77 
 
 
355 aa  56.6  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4224  hypothetical protein  33.52 
 
 
344 aa  55.8  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.427202  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6192  hypothetical protein  30.52 
 
 
344 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00206516  normal  0.0205982 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0442  virulence-associated protein E  30.74 
 
 
309 aa  54.3  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331851  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2573  hypothetical protein  23.88 
 
 
336 aa  53.9  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.573023 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0719  hypothetical protein  36.99 
 
 
346 aa  53.5  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0812482  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4156  hypothetical protein  29.86 
 
 
345 aa  51.6  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0404908  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3335  hypothetical protein  33.58 
 
 
351 aa  50.4  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4024  hypothetical protein  34.53 
 
 
350 aa  50.4  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0488108 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8283  hypothetical protein  33.2 
 
 
357 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.331955  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4580  hypothetical protein  35.46 
 
 
345 aa  49.7  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.121635 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2209  genomic island protein  29.57 
 
 
312 aa  48.5  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4734  P4 alpha zinc-binding domain protein  27.81 
 
 
355 aa  47.4  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.48462 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2291  hypothetical protein  26.94 
 
 
336 aa  47.4  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.237605  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2517  hypothetical protein  31.82 
 
 
350 aa  47  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.925497  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1045  hypothetical protein  34.21 
 
 
348 aa  45.8  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.777717  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1532  hypothetical protein  33.79 
 
 
344 aa  46.2  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0877036 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3918  hypothetical protein  32.35 
 
 
343 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2694  hypothetical protein  28.51 
 
 
309 aa  45.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0978065  hitchhiker  0.00111937 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2651  hypothetical protein  32.85 
 
 
348 aa  45.1  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.115024 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5493  hypothetical protein  27.95 
 
 
371 aa  44.3  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000709952  normal  0.754037 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3565  hypothetical protein  33.33 
 
 
342 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0572  hypothetical protein  33.81 
 
 
345 aa  44.3  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.836984  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0376  hypothetical protein  34.07 
 
 
345 aa  44.3  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.325064  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  28.87 
 
 
681 aa  43.5  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1261  DNA primase  30.71 
 
 
588 aa  43.9  0.006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0191  hypothetical protein  31.25 
 
 
348 aa  43.1  0.01  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.271456  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  34.41 
 
 
899 aa  42.7  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>