66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0352 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0981  hypothetical protein  94.99 
 
 		 380 aa  730    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.887323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0352  hypothetical protein  100 
 
 		 380 aa  769    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.605782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0613  putative DNA primase  36.32 
 
 		 401 aa  167  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2200  putative DNA primase  34.65 
 
 		 388 aa  156  4e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6607  putative DNA primase  31.64 
 
 		 437 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1631  hypothetical protein  31.97 
 
 		 280 aa  122  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.208567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4734  P4 alpha zinc-binding domain protein  31.88 
 
 		 355 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48462 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2291  hypothetical protein  31.8 
 
 		 336 aa  90.9  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.237605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2573  hypothetical protein  32.18 
 
 		 336 aa  85.9  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.573023 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1556  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  29.75 
 
 		 334 aa  73.6  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736837  normal  0.0581478 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0770  hypothetical protein  36 
 
 		 346 aa  72  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6192  hypothetical protein  32.71 
 
 		 344 aa  70.5  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00206516  normal  0.0205982 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1532  hypothetical protein  36.54 
 
 		 344 aa  69.3  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0877036 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1045  hypothetical protein  30.92 
 
 		 348 aa  67.8  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.777717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3335  hypothetical protein  34.72 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0376  hypothetical protein  31.56 
 
 		 345 aa  67  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.325064  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3565  hypothetical protein  31.42 
 
 		 342 aa  66.6  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2129  hypothetical protein  29.81 
 
 		 353 aa  66.6  0.0000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.247766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0719  hypothetical protein  30.07 
 
 		 346 aa  66.2  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0812482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0534  hypothetical protein  29.5 
 
 		 354 aa  66.2  0.0000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.341601  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3025  hypothetical protein  36.36 
 
 		 351 aa  66.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3918  hypothetical protein  31.87 
 
 		 343 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2517  hypothetical protein  32.73 
 
 		 350 aa  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.925497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1480  hypothetical protein  34.01 
 
 		 276 aa  65.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.753593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7718  hypothetical protein  34.9 
 
 		 353 aa  65.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.731705 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2859  hypothetical protein  34.23 
 
 		 347 aa  64.3  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0830067 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5493  hypothetical protein  27.89 
 
 		 371 aa  63.5  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000709952  normal  0.754037 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2694  hypothetical protein  27.16 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0978065  hitchhiker  0.00111937 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2785  hypothetical protein  33.79 
 
 		 353 aa  62.8  0.000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3518  hypothetical protein  30.94 
 
 		 344 aa  62.4  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.818052  normal  0.966991 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1217  hypothetical protein  30.94 
 
 		 344 aa  62.4  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.046593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7414  hypothetical protein  31.54 
 
 		 354 aa  62.4  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2345  hypothetical protein  35.17 
 
 		 345 aa  62.4  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3066  hypothetical protein  34.67 
 
 		 346 aa  62  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.43309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4580  hypothetical protein  34.51 
 
 		 345 aa  60.8  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.121635 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4024  hypothetical protein  29.62 
 
 		 350 aa  60.5  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0488108 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4224  hypothetical protein  30.33 
 
 		 344 aa  59.7  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.427202  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1261  DNA primase  39.86 
 
 		 588 aa  59.7  0.00000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0191  hypothetical protein  33.77 
 
 		 348 aa  59.3  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.271456  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5216  P4 alpha zinc-binding domain protein  28.46 
 
 		 358 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1551  P4 alpha zinc-binding domain protein  28.46 
 
 		 358 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8283  hypothetical protein  34 
 
 		 357 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.331955  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6277  phage P4 alpha zinc-binding protein  26.4 
 
 		 355 aa  56.6  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0572  hypothetical protein  29.45 
 
 		 345 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.836984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3476  hypothetical protein  28.57 
 
 		 328 aa  55.5  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00459983 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6058  hypothetical protein  31.69 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1259  virulence-associated protein E  28.23 
 
 		 296 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0242  virulence-associated protein E  28.26 
 
 		 293 aa  53.9  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5568  hypothetical protein  32.78 
 
 		 352 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0489435  normal  0.0673092 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3747  helicase domain-containing protein  26.86 
 
 		 321 aa  53.5  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.587064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3175  hypothetical protein  31.72 
 
 		 347 aa  53.5  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.461853  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2876  plasmid-related protein  27.2 
 
 		 401 aa  53.1  0.000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0061217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3829  hypothetical protein  31.45 
 
 		 346 aa  52.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0758278  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4156  hypothetical protein  30.53 
 
 		 345 aa  50.4  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0404908  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4073  DNA primase  32.05 
 
 		 646 aa  48.5  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.302431 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1014  DNA primase  29.27 
 
 		 588 aa  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.394769  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  26.72 
 
 		 899 aa  47.4  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2651  hypothetical protein  30 
 
 		 348 aa  47  0.0006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.115024 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1369  DNA primase  25.69 
 
 		 572 aa  47  0.0006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0240791  normal  0.628544 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4271  hypothetical protein  26.62 
 
 		 344 aa  46.6  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1086  DNA primase  39.02 
 
 		 580 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.115532  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0761  DNA primase  31.4 
 
 		 588 aa  43.9  0.005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.573465  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2053  DNA primase  29.46 
 
 		 576 aa  43.9  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.399908  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  34.74 
 
 		 593 aa  43.9  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  35 
 
 		 776 aa  43.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5356  hypothetical protein  26.32 
 
 		 297 aa  43.1  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.285049 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>