More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4398 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4398  putrescine ABC transporter subunit inner membrane protein  100 
 
 
338 aa  667    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.271562 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0981  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.17 
 
 
299 aa  317  1e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17630  polyamine transport protein PotB  54.9 
 
 
297 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1533  polyamine transport protein PotB  54.25 
 
 
297 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.8542  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1861  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.72 
 
 
286 aa  212  9e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.317879  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1638  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  49.77 
 
 
285 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1342  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  48.9 
 
 
287 aa  208  8e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.377668 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2141  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  48.9 
 
 
287 aa  208  8e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1304  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  48.9 
 
 
287 aa  208  8e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1566  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  46.18 
 
 
287 aa  208  9e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000236366 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01123  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  48.91 
 
 
275 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.91 
 
 
285 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000172169  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2146  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  47.66 
 
 
286 aa  208  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2478  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  48.91 
 
 
285 aa  208  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.165165  normal  0.578338 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1959  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  49.12 
 
 
277 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.448664  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1245  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  48.91 
 
 
285 aa  208  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.332009  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01131  hypothetical protein  48.91 
 
 
275 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2001  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  48.91 
 
 
285 aa  208  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.819816 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1326  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  48.46 
 
 
287 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0226525 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  48.91 
 
 
287 aa  208  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1303  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  48.68 
 
 
287 aa  206  6e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
295 aa  205  9e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.05 
 
 
301 aa  204  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1936  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potB)-like protein  41.56 
 
 
281 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
301 aa  200  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
293 aa  199  5e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0871  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  51.15 
 
 
284 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
301 aa  198  9e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2224  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotB  41.15 
 
 
281 aa  198  1.0000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
299 aa  196  6e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360446  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
301 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
301 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
301 aa  195  9e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0342  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.84 
 
 
285 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
301 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0511337  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.98 
 
 
330 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
303 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.433095  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7681  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.15 
 
 
297 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.962209  normal  0.12531 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.49 
 
 
293 aa  193  3e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.282728  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  41.03 
 
 
301 aa  192  7e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3671  polyamine ABC transporter, permease protein  45.23 
 
 
292 aa  192  8e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2119  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.5 
 
 
304 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0489568  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.28 
 
 
322 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
308 aa  191  2e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130981  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
301 aa  190  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.19 
 
 
309 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622  normal  0.150857 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1952  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  43.64 
 
 
309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00258406  normal  0.610972 
 
 
-
 
NC_004310  BR1610  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.79 
 
 
303 aa  189  5e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0588164  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  43.4 
 
 
282 aa  189  5e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
282 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  43.4 
 
 
282 aa  189  7e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  43.4 
 
 
282 aa  189  7e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  39.08 
 
 
324 aa  189  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.62 
 
 
302 aa  188  9e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  43.4 
 
 
282 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  43.4 
 
 
282 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  43.4 
 
 
282 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
309 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.35956 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0394  polyamine transport protein PotH  45.21 
 
 
303 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03950  polyamine transport protein PotH  45.21 
 
 
293 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
331 aa  188  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.203836  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
334 aa  187  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0706374 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
308 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.7 
 
 
328 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1063  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.97 
 
 
301 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
308 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 
303 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
308 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  42.98 
 
 
282 aa  187  3e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
324 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.7 
 
 
328 aa  187  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2285  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.81 
 
 
319 aa  187  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2384  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.51 
 
 
319 aa  187  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
309 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197627  normal  0.200022 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  44.91 
 
 
286 aa  186  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2278  putrescine ABC transporter, permease protein  37.7 
 
 
309 aa  186  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0728081  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
309 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0925484  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
328 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
328 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
309 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
328 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.84 
 
 
308 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.74 
 
 
283 aa  186  6e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11898  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  42.55 
 
 
282 aa  186  6e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.77 
 
 
278 aa  186  6e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  42.55 
 
 
282 aa  186  6e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
323 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
319 aa  186  7e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0125909 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  44.5 
 
 
286 aa  185  9e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 
303 aa  185  9e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1802  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  45.93 
 
 
291 aa  185  9e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3950  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.872266  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  44.5 
 
 
286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
306 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.678954 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>