92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1148 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1148  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 196 aa  386  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1264  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  86.77 
 
 		 200 aa  330  5e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0606  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  61.34 
 
 		 196 aa  214  5e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.943331 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0585  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  61.34 
 
 		 196 aa  214  5.9999999999999996e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0835  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  64.1 
 
 		 194 aa  207  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0736967  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  59.77 
 
 		 181 aa  199  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3452  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  62.09 
 
 		 179 aa  196  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.408316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4076  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  64.15 
 
 		 190 aa  192  4e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2907  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  45.21 
 
 		 166 aa  141  8e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00582886  normal  0.053927 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0499  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  45.81 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.701634  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3390  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  51.45 
 
 		 161 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  42.68 
 
 		 167 aa  129  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  37.75 
 
 		 158 aa  102  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.918417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  45.38 
 
 		 156 aa  101  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.87 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0785  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.83 
 
 		 185 aa  57.4  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0984  TRAP transporter DctM family protein  31.33 
 
 		 631 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.12 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04933  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system permease component  26.15 
 
 		 180 aa  55.5  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1318  C4-dicarboxylate transport system, small subunit  30 
 
 		 150 aa  55.1  0.0000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000464953  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1539  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.77 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51669  normal  0.0662213 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0709  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  28.97 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0130  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  25.44 
 
 		 173 aa  53.5  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0539  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  28.97 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3680  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.21 
 
 		 192 aa  51.6  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340738  normal  0.343344 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1518  putative C4-dicarboxylate transport protein DctQ  26.77 
 
 		 232 aa  51.6  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0330  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  25.55 
 
 		 180 aa  51.2  0.000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  25.69 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0353  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.19 
 
 		 197 aa  50.8  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0563377  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4819  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.7 
 
 		 190 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.579916 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6993  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  30.08 
 
 		 631 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.800495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4095  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  31.65 
 
 		 628 aa  49.3  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585194 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1833  putative TRAP transporter  21.62 
 
 		 188 aa  49.7  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.860518 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2658  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.92 
 
 		 185 aa  49.3  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3965  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.24 
 
 		 191 aa  48.9  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.123911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3446  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.86 
 
 		 171 aa  48.9  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.82702  normal  0.0799989 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000630  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  27.87 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.74 
 
 		 192 aa  47.8  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1506  triosephosphate isomerase (TIM; Triose-phosphateisomerase)  25 
 
 		 169 aa  47.4  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3478  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.66 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3687  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.04 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.22509 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4192  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.89 
 
 		 195 aa  47.8  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4769  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.71 
 
 		 190 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107599 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2444  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.62 
 
 		 164 aa  47.8  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3781  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.69 
 
 		 157 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.42 
 
 		 174 aa  47  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1456  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.13 
 
 		 170 aa  46.6  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275006  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0234  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.41 
 
 		 164 aa  47  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.224777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4576  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.85 
 
 		 240 aa  47.4  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.323841 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2034  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.48 
 
 		 179 aa  47  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00133922  normal  0.0453092 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3265  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.67 
 
 		 195 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2839  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 167 aa  45.8  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0112921  normal  0.28913 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2138  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.75 
 
 		 180 aa  45.8  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000455407  normal  0.80837 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0133  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.69 
 
 		 157 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03429  predicted transporter  27.69 
 
 		 157 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0771  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.19 
 
 		 174 aa  45.4  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03380  hypothetical protein  27.69 
 
 		 157 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3945  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.69 
 
 		 157 aa  45.4  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3900  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.69 
 
 		 157 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4074  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.69 
 
 		 157 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2122  ArsR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 180 aa  45.4  0.0005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0479632  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1267  aspartate kinase, monofunctional class  22.22 
 
 		 172 aa  45.4  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.457772  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.46 
 
 		 180 aa  45.1  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.280539  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1403  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  25.32 
 
 		 174 aa  45.1  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.392798  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1068  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24 
 
 		 177 aa  45.1  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.261575  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0408  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.66 
 
 		 175 aa  44.7  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1732  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.2 
 
 		 155 aa  43.9  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00171017  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1723  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.58 
 
 		 164 aa  43.5  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0475394  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0702  TRAP dicarboxylate transporter, permease component  21.57 
 
 		 621 aa  43.9  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000972925  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3710  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.75 
 
 		 189 aa  43.5  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.74701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0672  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.54 
 
 		 179 aa  43.1  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.56 
 
 		 225 aa  42.7  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.133229 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3587  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.62 
 
 		 173 aa  42.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.677998  normal  0.475596 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1622  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  23.64 
 
 		 184 aa  42.7  0.003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2279  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.53 
 
 		 170 aa  43.1  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1310  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  32.99 
 
 		 628 aa  42.7  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.968355 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2756  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  26.03 
 
 		 628 aa  42.7  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.95761  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3018  C4-dicarboxylate transport system, small permease subunit  25.5 
 
 		 171 aa  42.4  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000295646  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.14 
 
 		 233 aa  42.7  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00307588  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2934  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.48 
 
 		 187 aa  42.7  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.65832 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1376  hypothetical protein  26.56 
 
 		 173 aa  42.4  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2649  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.12 
 
 		 184 aa  42  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.531292  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4272  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.1 
 
 		 175 aa  41.6  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4704  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.93 
 
 		 156 aa  41.6  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0893  hypothetical protein  32.58 
 
 		 177 aa  41.6  0.008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000529967  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0760  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.55 
 
 		 160 aa  41.6  0.008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0299127  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3385  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.34 
 
 		 186 aa  41.2  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.71 
 
 		 185 aa  41.2  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1524  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.37 
 
 		 186 aa  41.2  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0215474  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.57 
 
 		 179 aa  41.2  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.832526  normal  0.604438 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.15 
 
 		 168 aa  41.2  0.009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.14 
 
 		 170 aa  41.2  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>