76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1456 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1456  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 170 aa  336  9e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275006  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0406  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  61.71 
 
 		 176 aa  206  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4272  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  66.45 
 
 		 175 aa  199  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0730  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  61.07 
 
 		 184 aa  172  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.443254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3781  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  30.34 
 
 		 157 aa  65.1  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0133  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.34 
 
 		 157 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03380  hypothetical protein  30.34 
 
 		 157 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3945  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  30.34 
 
 		 157 aa  65.1  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3900  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  30.34 
 
 		 157 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4074  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  30.34 
 
 		 157 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03429  predicted transporter  30.34 
 
 		 157 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4056  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  30.19 
 
 		 157 aa  61.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.202302  normal  0.682013 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3885  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  30.19 
 
 		 157 aa  61.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3869  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  30.19 
 
 		 157 aa  61.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3994  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  30.19 
 
 		 157 aa  61.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3949  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  30.19 
 
 		 157 aa  61.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.44 
 
 		 151 aa  58.2  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0788  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.31 
 
 		 156 aa  55.5  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2138  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.29 
 
 		 180 aa  53.1  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000455407  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3318  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 175 aa  52.4  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00300706  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0822  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  27.2 
 
 		 628 aa  50.8  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7228  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  30.34 
 
 		 628 aa  50.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0439  TRAP dicarboxylate transporter, fused DctM (12TM) and DctQ (4TM) subunits  30.34 
 
 		 628 aa  50.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 171 aa  50.8  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2444  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.44 
 
 		 164 aa  50.8  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.39 
 
 		 179 aa  48.9  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.832526  normal  0.604438 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1264  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.91 
 
 		 200 aa  48.5  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3385  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.67 
 
 		 186 aa  48.1  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2569  carbohydrate kinase  28.28 
 
 		 373 aa  47.8  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00777638  hitchhiker  0.0000000380765 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4192  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.11 
 
 		 195 aa  47.4  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1073  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 172 aa  47.4  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1947  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.29 
 
 		 635 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  33.66 
 
 		 187 aa  47  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.05 
 
 		 182 aa  47  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1148  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.13 
 
 		 196 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0760  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.56 
 
 		 160 aa  47  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0299127  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1538  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  34.62 
 
 		 623 aa  46.6  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0479957  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0606  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.19 
 
 		 196 aa  46.6  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.943331 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0585  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.19 
 
 		 196 aa  46.6  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.53 
 
 		 164 aa  46.6  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2122  ArsR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 180 aa  46.2  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0479632  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1746  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.52 
 
 		 160 aa  45.8  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1518  putative C4-dicarboxylate transport protein DctQ  24.85 
 
 		 232 aa  45.8  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2261  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.22 
 
 		 194 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115661  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3265  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.2 
 
 		 195 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0414  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.73 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2796  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  43.4 
 
 		 168 aa  45.4  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800105  normal  0.575102 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0860  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.95 
 
 		 174 aa  44.3  0.0008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.346513 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3762  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.71 
 
 		 168 aa  44.3  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736522  decreased coverage  0.00483087 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3271  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  29.41 
 
 		 619 aa  44.3  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373435  normal  0.294977 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0408  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.26 
 
 		 175 aa  43.9  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2839  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.05 
 
 		 167 aa  43.5  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0112921  normal  0.28913 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5227  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.45 
 
 		 195 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3680  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.71 
 
 		 192 aa  43.5  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340738  normal  0.343344 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3446  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.28 
 
 		 171 aa  43.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.82702  normal  0.0799989 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3869  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.97 
 
 		 171 aa  42.7  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.499764  normal  0.600837 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3543  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.91 
 
 		 165 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.186116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1612  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.79 
 
 		 177 aa  42.7  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000153615  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5945  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.66 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0274895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.36 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.19 
 
 		 186 aa  42.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0449  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.87 
 
 		 188 aa  42  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4339  trap dicarboxylate transporter subunit DctQ  22.82 
 
 		 171 aa  42  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137549 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4383  trap dicarboxylate transporter subunit DctQ  22.82 
 
 		 171 aa  42  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.725084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4270  trap dicarboxylate transporter dctq subunit  22.82 
 
 		 171 aa  42  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.299964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4299  trap dicarboxylate transporter, dctq subunit  22.82 
 
 		 171 aa  42  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2114  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.28 
 
 		 194 aa  41.6  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0785  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.54 
 
 		 185 aa  41.2  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4451  trap dicarboxylate transporter DctQ subunit  22.82 
 
 		 171 aa  41.2  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5645  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  35.59 
 
 		 623 aa  41.2  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000773231 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.32 
 
 		 156 aa  41.2  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0034  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  32.31 
 
 		 627 aa  40.8  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4095  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  35.59 
 
 		 628 aa  40.8  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585194 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.77 
 
 		 167 aa  40.4  0.01  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5667  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  33.82 
 
 		 622 aa  40.4  0.01  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1797  TRAP dicarboxylate transporter, DctQ (4TM)subunit  21.43 
 
 		 156 aa  40.8  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107972  hitchhiker  0.000251501 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>