83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4272 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4272  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 175 aa  347  7e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0406  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  63.35 
 
 		 176 aa  211  3.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1456  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  66.45 
 
 		 170 aa  209  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275006  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0730  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  71.62 
 
 		 184 aa  196  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.443254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.43 
 
 		 151 aa  66.2  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.91 
 
 		 164 aa  63.2  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0788  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.03 
 
 		 156 aa  62.8  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0133  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.33 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03429  predicted transporter  29.33 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3781  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  28.95 
 
 		 157 aa  62.4  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4074  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  29.33 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3900  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  29.33 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3945  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  29.33 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03380  hypothetical protein  29.33 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2839  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.92 
 
 		 167 aa  58.2  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0112921  normal  0.28913 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.43 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2569  carbohydrate kinase  30.14 
 
 		 373 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00777638  hitchhiker  0.0000000380765 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.82 
 
 		 186 aa  51.2  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3318  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.49 
 
 		 175 aa  50.8  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00300706  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2114  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.62 
 
 		 194 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1518  putative C4-dicarboxylate transport protein DctQ  26.01 
 
 		 232 aa  49.7  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3663  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  25.31 
 
 		 184 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3400  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.31 
 
 		 184 aa  49.3  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.391405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0860  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.15 
 
 		 174 aa  49.3  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.346513 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4056  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.56 
 
 		 157 aa  49.3  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.202302  normal  0.682013 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3885  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.56 
 
 		 157 aa  49.3  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3869  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.56 
 
 		 157 aa  49.3  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3994  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.56 
 
 		 157 aa  49.3  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3949  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.56 
 
 		 157 aa  49.3  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1073  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.94 
 
 		 172 aa  48.5  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4747  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.43 
 
 		 186 aa  48.5  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331023  hitchhiker  0.00240822 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3687  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.52 
 
 		 195 aa  48.5  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.22509 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5331  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.69 
 
 		 193 aa  48.1  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.991967  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0585  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.13 
 
 		 196 aa  48.1  0.00006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5945  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.88 
 
 		 195 aa  48.1  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0274895  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0606  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.13 
 
 		 196 aa  48.1  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.943331 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1746  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.64 
 
 		 160 aa  47.8  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0408  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.16 
 
 		 175 aa  47.8  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.12 
 
 		 170 aa  47  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2261  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25 
 
 		 194 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115661  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  23.7 
 
 		 224 aa  46.6  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.48 
 
 		 206 aa  46.6  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.417644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.13 
 
 		 181 aa  47  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2444  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.84 
 
 		 164 aa  45.8  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6142  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  31.97 
 
 		 619 aa  45.1  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30 
 
 		 225 aa  45.1  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.133229 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.66 
 
 		 171 aa  45.1  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5227  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.25 
 
 		 195 aa  45.1  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3901  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.9 
 
 		 173 aa  44.7  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.507253  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0822  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  27.89 
 
 		 628 aa  44.7  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2122  ArsR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 180 aa  44.3  0.0009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0479632  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3328  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  33.33 
 
 		 183 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0835  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.81 
 
 		 194 aa  43.9  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0736967  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.33 
 
 		 179 aa  43.5  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.832526  normal  0.604438 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.83 
 
 		 187 aa  43.1  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0242  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.8 
 
 		 213 aa  43.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.704366  normal  0.42927 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1947  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  27.27 
 
 		 635 aa  43.1  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4819  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.85 
 
 		 190 aa  43.5  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.579916 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3452  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.02 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.408316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4192  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.4 
 
 		 195 aa  43.5  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3869  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.84 
 
 		 171 aa  42.7  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.499764  normal  0.600837 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3265  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.62 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8627  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  26.25 
 
 		 643 aa  42.7  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4769  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.66 
 
 		 190 aa  42.4  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107599 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3233  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.79 
 
 		 191 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0554  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.07 
 
 		 176 aa  42.4  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.29193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3603  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  27.61 
 
 		 646 aa  42.7  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1536  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  32.17 
 
 		 638 aa  42  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.57 
 
 		 156 aa  42  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.19 
 
 		 167 aa  41.6  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1646  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.89 
 
 		 186 aa  41.6  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3680  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.27 
 
 		 192 aa  41.6  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340738  normal  0.343344 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3945  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.77 
 
 		 157 aa  41.6  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0485  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  23.4 
 
 		 181 aa  41.6  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.598438  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1148  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.1 
 
 		 196 aa  41.6  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3446  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.99 
 
 		 171 aa  41.6  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.82702  normal  0.0799989 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0760  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.8 
 
 		 160 aa  41.2  0.007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0299127  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4296  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 209 aa  41.2  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3144  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.63 
 
 		 165 aa  40.8  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.36824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1289  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.14 
 
 		 187 aa  40.8  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.895715 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2796  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  37.5 
 
 		 168 aa  40.8  0.009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800105  normal  0.575102 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6042  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  24.59 
 
 		 188 aa  40.8  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0220277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0702  TRAP dicarboxylate transporter, permease component  30.77 
 
 		 621 aa  40.8  0.01  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000972925  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>