67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4296 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4296  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 209 aa  421  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68280  dicarboxylate transporter  77.99 
 
 		 210 aa  334  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.408841  normal  0.10811 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5907  dicarboxylate transporter  77.03 
 
 		 210 aa  331  6e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03640  TRAP dicarboxylic acid transporter, small integral-membrane component, DctQ  73.33 
 
 		 210 aa  314  6e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0145749  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52820  C4-dicarboxylate transporter  64.08 
 
 		 212 aa  269  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.117665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4629  C4-dicarboxylate transporter  63.59 
 
 		 217 aa  268  5e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206116  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3051  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  62.98 
 
 		 210 aa  262  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.75 
 
 		 186 aa  121  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  34.02 
 
 		 182 aa  107  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2909  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  28.64 
 
 		 234 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.28 
 
 		 214 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.02 
 
 		 233 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00307588  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3135  C4-dicarboxylate transporter, putative  30.45 
 
 		 219 aa  101  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.93 
 
 		 214 aa  101  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.622021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2950  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.27 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0521342  normal  0.0653246 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1551  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.27 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.202687  normal  0.417908 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2825  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.27 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.192724  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2807  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.27 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1427  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.48 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000465338  normal  0.728772 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.03 
 
 		 214 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0803937  normal  0.0447503 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1725  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.09 
 
 		 210 aa  97.8  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529876  normal  0.24696 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2210  C4-dicarboxylate transporter, putative  27.43 
 
 		 213 aa  96.3  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1445  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.11 
 
 		 212 aa  94.7  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.361291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.07 
 
 		 225 aa  83.2  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.133229 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0539  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  25.35 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0709  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  25.23 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3677  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.36 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1518  putative C4-dicarboxylate transport protein DctQ  25 
 
 		 232 aa  68.2  0.00000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4174  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.7 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00728249  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1482  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.7 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149014  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  25.79 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0918  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.61 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.103011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4121  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.28 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3397  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.8 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5227  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.33 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2660  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.12 
 
 		 219 aa  61.6  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.4 
 
 		 161 aa  61.6  0.000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3265  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.11 
 
 		 195 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5945  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.07 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0274895  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6042  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  27.42 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0220277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1289  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.17 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.895715 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3680  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.11 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340738  normal  0.343344 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3482  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.96 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2992  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.67 
 
 		 260 aa  54.7  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0958694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1575  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.35 
 
 		 222 aa  54.7  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2114  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.23 
 
 		 194 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0911  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  25.34 
 
 		 227 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202479  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2570  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.34 
 
 		 227 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3233  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.61 
 
 		 191 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1823  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.11 
 
 		 224 aa  52.8  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000404138  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2261  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.41 
 
 		 194 aa  52.4  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115661  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0242  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.32 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.704366  normal  0.42927 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2138  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.77 
 
 		 180 aa  50.1  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000455407  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2786  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.19 
 
 		 222 aa  49.7  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.478705  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3543  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 165 aa  49.7  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.186116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.81 
 
 		 187 aa  47  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  39.39 
 
 		 192 aa  47  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4137  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.67 
 
 		 197 aa  46.2  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000154832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0208  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.33 
 
 		 165 aa  45.4  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.78 
 
 		 176 aa  44.3  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4431  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  37.23 
 
 		 180 aa  44.7  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486198  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0957  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  35.8 
 
 		 173 aa  43.9  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.614161 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0330  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  26.43 
 
 		 180 aa  44.3  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3539  ABC transporter CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family permease/ATP-binding protein CydD  29.8 
 
 		 582 aa  42.7  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07670  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  33.9 
 
 		 196 aa  42.7  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1646  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.16 
 
 		 186 aa  42.4  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3078  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  35 
 
 		 632 aa  42  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>