86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3482 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3482  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 219 aa  447  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2992  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  63.11 
 
 		 260 aa  288  4e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0958694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1482  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  63.11 
 
 		 224 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149014  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4174  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  63.11 
 
 		 224 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00728249  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2786  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  60.81 
 
 		 222 aa  270  1e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.478705  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3397  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  59.56 
 
 		 234 aa  268  4e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1575  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  59.26 
 
 		 222 aa  266  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1823  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  64.71 
 
 		 224 aa  266  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000404138  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3677  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  63.33 
 
 		 241 aa  261  8e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2660  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  60.5 
 
 		 219 aa  249  3e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0242  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  57.75 
 
 		 213 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.704366  normal  0.42927 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3680  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  59.69 
 
 		 192 aa  223  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340738  normal  0.343344 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3233  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  57.73 
 
 		 191 aa  221  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5227  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  58.97 
 
 		 195 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5945  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  57.95 
 
 		 195 aa  216  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0274895  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0911  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  56.74 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202479  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2570  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  56.74 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2261  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  55.1 
 
 		 194 aa  211  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115661  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2114  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  55.1 
 
 		 194 aa  211  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6042  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  52.76 
 
 		 188 aa  209  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0220277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3265  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  54.77 
 
 		 195 aa  203  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4121  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  42.06 
 
 		 210 aa  162  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  33 
 
 		 224 aa  92.4  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1518  putative C4-dicarboxylate transport protein DctQ  29.65 
 
 		 232 aa  89.4  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0539  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  28.9 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0709  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  28.9 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2138  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.99 
 
 		 180 aa  70.5  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000455407  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0918  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.42 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.103011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.8 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.61649 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.77 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.133229 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2909  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  26.77 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.14 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03640  TRAP dicarboxylic acid transporter, small integral-membrane component, DctQ  30.6 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0145749  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1646  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.35 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.27 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00307588  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5907  dicarboxylate transporter  30.27 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68280  dicarboxylate transporter  30.27 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.408841  normal  0.10811 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4629  C4-dicarboxylate transporter  31.84 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206116  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.47 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.622021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1833  putative TRAP transporter  27.81 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.860518 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3135  C4-dicarboxylate transporter, putative  25.82 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.92 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0803937  normal  0.0447503 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1427  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.92 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000465338  normal  0.728772 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2950  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.92 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0521342  normal  0.0653246 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2807  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.92 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1551  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.92 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.202687  normal  0.417908 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52820  C4-dicarboxylate transporter  30.96 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.117665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2825  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.92 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.192724  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4296  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.96 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1445  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.98 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.361291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0330  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  33.91 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1725  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.33 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529876  normal  0.24696 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.86 
 
 		 186 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26 
 
 		 171 aa  54.3  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 181 aa  53.5  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2210  C4-dicarboxylate transporter, putative  24.38 
 
 		 213 aa  53.1  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0408  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.2 
 
 		 175 aa  52.8  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2122  ArsR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 180 aa  52.4  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0479632  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4015  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  29.36 
 
 		 186 aa  52.4  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.72 
 
 		 214 aa  52  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0271  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.43 
 
 		 173 aa  50.8  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.19 
 
 		 187 aa  49.3  0.00004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.87 
 
 		 161 aa  48.9  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1538  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  26.19 
 
 		 623 aa  48.5  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0479957  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3051  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.26 
 
 		 210 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1068  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.14 
 
 		 177 aa  47  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.261575  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0034  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  27.59 
 
 		 627 aa  47  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2032  TRAP transporter permease component  27.66 
 
 		 171 aa  47.4  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.108593 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.26 
 
 		 174 aa  46.6  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0585  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.31 
 
 		 196 aa  46.6  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0606  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.31 
 
 		 196 aa  46.6  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.943331 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3869  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.14 
 
 		 171 aa  45.8  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.499764  normal  0.600837 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4967  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.29 
 
 		 183 aa  45.8  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.0811524 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3446  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.71 
 
 		 171 aa  45.1  0.0009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.82702  normal  0.0799989 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2721  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  33.71 
 
 		 627 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.250068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1549  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component-like  29.57 
 
 		 174 aa  44.3  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.170274  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3271  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  26.83 
 
 		 619 aa  44.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373435  normal  0.294977 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0033  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.23 
 
 		 187 aa  43.9  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.870626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2685  TrapT dctQ-M fusion permease, dicarboxylate transport  33.71 
 
 		 627 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.41 
 
 		 176 aa  43.9  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0702  TRAP dicarboxylate transporter, permease component  25.73 
 
 		 621 aa  44.3  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000972925  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5743  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  23.2 
 
 		 170 aa  43.1  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.991204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2559  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.06 
 
 		 152 aa  43.5  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000186717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3763  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.05 
 
 		 174 aa  42.4  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1350  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.93 
 
 		 171 aa  42.4  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.810937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4704  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.91 
 
 		 156 aa  42  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>