42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_3018 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_3018  C4-dicarboxylate transport system, small permease subunit  100 
 
 		 171 aa  338  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000295646  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2032  TRAP transporter permease component  34.65 
 
 		 171 aa  65.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.108593 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1732  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.23 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00171017  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.66 
 
 		 158 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.918417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0702  TRAP dicarboxylate transporter, permease component  27.11 
 
 		 621 aa  55.8  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000972925  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.95 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.93 
 
 		 193 aa  54.3  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.61649 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000630  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  31.76 
 
 		 185 aa  53.1  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.55 
 
 		 176 aa  51.6  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.97 
 
 		 164 aa  51.6  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.74 
 
 		 171 aa  50.4  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3318  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.79 
 
 		 175 aa  49.7  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00300706  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3710  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.28 
 
 		 189 aa  49.3  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.74701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.22 
 
 		 174 aa  48.9  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.43 
 
 		 181 aa  48.1  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1068  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.61 
 
 		 177 aa  47.8  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.261575  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3446  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.5 
 
 		 171 aa  47  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.82702  normal  0.0799989 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1350  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.67 
 
 		 171 aa  46.2  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.810937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.12 
 
 		 187 aa  45.8  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1264  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.17 
 
 		 200 aa  45.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1870  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.67 
 
 		 164 aa  44.7  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1449  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.17 
 
 		 182 aa  44.7  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.415474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3247  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.89 
 
 		 174 aa  44.7  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.178122  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2034  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.14 
 
 		 179 aa  43.9  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00133922  normal  0.0453092 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5331  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.93 
 
 		 193 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.991967  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1376  hypothetical protein  28.57 
 
 		 173 aa  43.5  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4095  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  28.06 
 
 		 628 aa  44.3  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585194 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1794  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.05 
 
 		 175 aa  43.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0771  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30 
 
 		 174 aa  42.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2942  hypothetical protein  25.47 
 
 		 174 aa  42.7  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000148294  decreased coverage  0.00000918436 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4192  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.44 
 
 		 195 aa  42.7  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5667  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  29.66 
 
 		 622 aa  42.4  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1148  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.5 
 
 		 196 aa  42.4  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3296  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.9 
 
 		 164 aa  42.4  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165555  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0606  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.76 
 
 		 196 aa  41.6  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.943331 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0554  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.29 
 
 		 176 aa  41.6  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.29193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0585  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.76 
 
 		 196 aa  41.6  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0835  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.87 
 
 		 194 aa  41.6  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0736967  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3587  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.9 
 
 		 173 aa  41.2  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.677998  normal  0.475596 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0449  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.58 
 
 		 164 aa  40.8  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1590  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.76 
 
 		 179 aa  41.2  0.008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4632  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  28.57 
 
 		 624 aa  40.4  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>