164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4098 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4098  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  100 
 
 
72 aa  143  7.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1538  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  78.85 
 
 
62 aa  89  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000241221  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  63.79 
 
 
85 aa  86.3  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2887  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  69.64 
 
 
81 aa  85.5  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.348602 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3289  hydrogenase assembly chaperone HypC  69.64 
 
 
81 aa  85.5  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  71.43 
 
 
81 aa  83.2  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2813  putative hypC  63.93 
 
 
81 aa  82  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1283  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  61.11 
 
 
75 aa  78.2  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3924  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  67.27 
 
 
88 aa  77.8  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.377852  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2742  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  63.64 
 
 
82 aa  75.9  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2447  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  62.71 
 
 
87 aa  75.5  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0458574 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50460  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  63.46 
 
 
84 aa  72.4  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0945297  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2009  hydrogenase expression/formation  54.69 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.345013  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2538  hydrogenase expression/formation protein HypC  57.41 
 
 
75 aa  68.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2393  hydrogenase expression/formation protein HypC  57.41 
 
 
75 aa  68.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3760  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  55.93 
 
 
75 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1176  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  56.36 
 
 
70 aa  67.8  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10029  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1168  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.39 
 
 
77 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.996311  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2016  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  59.62 
 
 
75 aa  67.8  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2308  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  62 
 
 
83 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.685831 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2257  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  62 
 
 
83 aa  64.3  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.03 
 
 
79 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3980  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.17 
 
 
105 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.943187  normal  0.61085 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0478  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.94 
 
 
88 aa  62  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.213434  normal  0.190427 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  53.45 
 
 
76 aa  62  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.55 
 
 
76 aa  60.8  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2178  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.26 
 
 
80 aa  59.7  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.339954 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2135  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.3 
 
 
102 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.402409  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2181  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.3 
 
 
102 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2122  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.3 
 
 
102 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.717614  normal  0.0140851 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.09 
 
 
76 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.33 
 
 
89 aa  60.1  0.00000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0973  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52 
 
 
89 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82669  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3797  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52 
 
 
89 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.777616 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0503  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.09 
 
 
95 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0475  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.09 
 
 
95 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1946  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.06 
 
 
100 aa  58.2  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.09 
 
 
95 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2406  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.17 
 
 
102 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.09 
 
 
76 aa  57.8  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0517  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.31 
 
 
95 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.735802 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.68 
 
 
86 aa  57  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  42.42 
 
 
86 aa  56.6  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0470  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.54 
 
 
85 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.503239  normal  0.167546 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1071  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.06 
 
 
93 aa  56.2  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.61575  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1644  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.62 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3876  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.37 
 
 
81 aa  55.5  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  42.37 
 
 
93 aa  55.8  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3402  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.64 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0307  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  56.25 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0118  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  52.63 
 
 
76 aa  55.5  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00072564  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.37 
 
 
79 aa  55.1  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2779  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.19 
 
 
78 aa  55.5  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03900  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.45 
 
 
71 aa  55.1  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0683  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.59 
 
 
74 aa  54.7  0.0000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3752  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.39 
 
 
93 aa  54.3  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0463  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.11 
 
 
74 aa  53.9  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0604449  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2360  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
83 aa  53.9  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.694078  normal  0.0901368 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3445  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.82 
 
 
83 aa  53.5  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526541  normal  0.465123 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  39.34 
 
 
96 aa  53.1  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0536  hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC  44.26 
 
 
100 aa  52.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.51 
 
 
82 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.296554 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0641  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.64 
 
 
85 aa  52.8  0.000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.858421  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2594  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.23 
 
 
85 aa  53.1  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0307  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  45.9 
 
 
76 aa  52.8  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.214881  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.37 
 
 
82 aa  52.4  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0268  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45 
 
 
78 aa  52.4  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.123557  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1091  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.64 
 
 
75 aa  52.4  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.6 
 
 
86 aa  52  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1090  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.29 
 
 
89 aa  51.6  0.000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1287  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.64 
 
 
88 aa  51.2  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0931  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.51 
 
 
90 aa  51.6  0.000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1400  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.33 
 
 
80 aa  51.6  0.000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.303909  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1095  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.32 
 
 
79 aa  51.2  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.44829  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0088  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.82 
 
 
71 aa  50.8  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0575  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.4 
 
 
88 aa  50.8  0.000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.306359  normal  0.178324 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01190  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  42.37 
 
 
83 aa  50.8  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2618  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.98 
 
 
89 aa  50.1  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.368424 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3231  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.14 
 
 
94 aa  50.4  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3879  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.45 
 
 
91 aa  50.1  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0263  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.51 
 
 
88 aa  50.1  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0872  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  35.48 
 
 
97 aa  50.1  0.00001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.644778  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1901  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36.21 
 
 
79 aa  49.7  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000307704 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1343  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.51 
 
 
88 aa  50.1  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.59 
 
 
94 aa  49.7  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.701167  normal  0.209775 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7253  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.27 
 
 
88 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.401886 
 
 
-
 
NC_002936  DET1433  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  44 
 
 
71 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2950  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.64 
 
 
80 aa  49.3  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0366  hypothetical protein  37.1 
 
 
78 aa  49.3  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
90 aa  48.9  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0138  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.45 
 
 
75 aa  48.9  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0491338  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1241  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44 
 
 
71 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1737  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
76 aa  48.9  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.175485  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4589  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.55 
 
 
93 aa  48.9  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0141  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
85 aa  48.5  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1499  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.51 
 
 
75 aa  48.5  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.707569  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
96 aa  48.5  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0703588  normal  0.109109 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.29 
 
 
81 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3903  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.74 
 
 
78 aa  48.5  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1892  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.3 
 
 
95 aa  48.5  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>