211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_1131 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  100 
 
 
76 aa  151  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  96.05 
 
 
76 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  72.37 
 
 
76 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0118  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  68 
 
 
76 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00072564  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0307  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  68.42 
 
 
76 aa  102  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  59.21 
 
 
76 aa  97.4  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2779  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  57.53 
 
 
78 aa  94  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1664  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.22 
 
 
78 aa  77  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.473831  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0138  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44 
 
 
75 aa  70.9  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0491338  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1600  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.61 
 
 
78 aa  68.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0268  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.71 
 
 
78 aa  69.3  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.123557  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.93 
 
 
79 aa  68.2  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.29 
 
 
86 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0326  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.78 
 
 
75 aa  67.4  0.00000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00530973  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4093  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.44 
 
 
84 aa  66.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.227783  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.43 
 
 
81 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.59 
 
 
79 aa  65.9  0.0000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2950  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.66 
 
 
80 aa  65.5  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  47.83 
 
 
81 aa  65.1  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.58 
 
 
79 aa  65.5  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2490  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 
87 aa  65.1  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.228537 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0463  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.06 
 
 
74 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0604449  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.57 
 
 
81 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1241  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.12 
 
 
71 aa  64.3  0.0000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1090  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.95 
 
 
89 aa  64.3  0.0000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1381  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  44.93 
 
 
76 aa  63.9  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00885593  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1215  hydrogenase maturation factor  42.65 
 
 
71 aa  62.8  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  42.25 
 
 
96 aa  63.2  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2536  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.32 
 
 
92 aa  63.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1815  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
81 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1870  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.57 
 
 
81 aa  62.8  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2026  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
82 aa  62.8  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1882  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.14 
 
 
81 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0683  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.89 
 
 
74 aa  63.2  0.000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1907  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.14 
 
 
81 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0933507  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2092  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.57 
 
 
81 aa  62.4  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2412  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.14 
 
 
81 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0703435  hitchhiker  0.0000250564 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.54 
 
 
90 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1914  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.71 
 
 
81 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.384554  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0641  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.59 
 
 
85 aa  62.8  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.858421  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03900  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.12 
 
 
71 aa  62  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1433  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  42.65 
 
 
71 aa  61.2  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1272  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.03 
 
 
82 aa  61.6  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.444775  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0536  hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC  44.74 
 
 
100 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3924  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.43 
 
 
88 aa  61.2  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.377852  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  36 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  36 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  36 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  36 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4098  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.55 
 
 
72 aa  60.8  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  36 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3235  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.74 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  36 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  36 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.33 
 
 
91 aa  60.8  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3231  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 
94 aa  60.8  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2308  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.58 
 
 
83 aa  60.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.685831 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0307  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  41.89 
 
 
76 aa  60.1  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.214881  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.51 
 
 
82 aa  60.1  0.000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  36 
 
 
90 aa  59.3  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  42.42 
 
 
93 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2742  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.67 
 
 
82 aa  59.7  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1095  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  43.48 
 
 
79 aa  60.1  0.00000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.44829  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0517  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.18 
 
 
95 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.735802 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2538  hydrogenase expression/formation protein HypC  44.78 
 
 
75 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2393  hydrogenase expression/formation protein HypC  44.78 
 
 
75 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0475  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.42 
 
 
95 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  34.67 
 
 
90 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1892  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  43.48 
 
 
95 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.42 
 
 
95 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.13 
 
 
89 aa  58.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0503  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.42 
 
 
95 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00530  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  48.68 
 
 
77 aa  58.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.379393  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.28 
 
 
80 aa  59.3  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.305152  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  34.67 
 
 
90 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.045323 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1644  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.29 
 
 
80 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  34.67 
 
 
90 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3822  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  38.27 
 
 
92 aa  59.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.564526  normal  0.0529395 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4589  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.29 
 
 
93 aa  59.3  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  34.67 
 
 
90 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  34.67 
 
 
90 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3201  hydrogenase assembly chaperone  39.74 
 
 
90 aa  59.3  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3170  hydrogenase 2 accessory protein HypG  40.54 
 
 
82 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0764  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.14 
 
 
92 aa  59.3  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2486  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.43 
 
 
90 aa  58.5  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2437  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.67 
 
 
97 aa  58.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0872  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.58 
 
 
97 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.644778  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0575  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.24 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.306359  normal  0.178324 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3396  hydrogenase 2 accessory protein HypG  41.89 
 
 
82 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.887296  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3491  hydrogenase 2 accessory protein HypG  41.89 
 
 
82 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0177  hydrogenase expression/formation protein  46.15 
 
 
79 aa  58.2  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1901  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40 
 
 
79 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000307704 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1737  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 
76 aa  57.8  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.175485  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3445  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.25 
 
 
83 aa  57.8  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526541  normal  0.465123 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0508  hydrogenase expression/formation protein HypC  43.24 
 
 
96 aa  57.4  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1343  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.89 
 
 
88 aa  57.8  0.00000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1499  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
75 aa  57.4  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.707569  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3325  hydrogenase 2 accessory protein HypG  40.54 
 
 
82 aa  57.4  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.834406  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1287  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 
88 aa  57.4  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>