196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1283 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1283  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  100 
 
 
75 aa  150  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2447  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  71.01 
 
 
87 aa  106  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0458574 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2813  putative hypC  68 
 
 
81 aa  104  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  72.46 
 
 
85 aa  102  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  65.22 
 
 
81 aa  92.8  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3289  hydrogenase assembly chaperone HypC  57.75 
 
 
81 aa  86.3  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2887  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  57.75 
 
 
81 aa  86.3  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.348602 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3924  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  64.71 
 
 
88 aa  86.3  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.377852  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1168  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  58.57 
 
 
77 aa  77.8  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.996311  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4098  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  61.11 
 
 
72 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50460  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  52.17 
 
 
84 aa  77  0.00000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0945297  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1538  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  66.67 
 
 
62 aa  75.1  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000241221  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2742  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.47 
 
 
82 aa  74.3  0.0000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0141  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.24 
 
 
85 aa  73.9  0.0000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3980  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50 
 
 
105 aa  74.3  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.943187  normal  0.61085 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2016  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.17 
 
 
75 aa  73.9  0.0000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2257  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.05 
 
 
83 aa  73.6  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.1 
 
 
79 aa  73.2  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2538  hydrogenase expression/formation protein HypC  46.38 
 
 
75 aa  72  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2393  hydrogenase expression/formation protein HypC  46.38 
 
 
75 aa  72  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2308  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.75 
 
 
83 aa  70.9  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.685831 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1241  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.22 
 
 
71 aa  70.5  0.000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1946  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.68 
 
 
100 aa  69.7  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3760  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.3 
 
 
75 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01190  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  44.44 
 
 
83 aa  70.1  0.00000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2009  hydrogenase expression/formation  55.93 
 
 
70 aa  68.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.345013  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.83 
 
 
79 aa  68.2  0.00000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0478  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.67 
 
 
88 aa  68.6  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.213434  normal  0.190427 
 
 
-
 
NC_002936  DET1433  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  44.44 
 
 
71 aa  67.8  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2135  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.22 
 
 
102 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.402409  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2181  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.22 
 
 
102 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2122  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.22 
 
 
102 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.717614  normal  0.0140851 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.42 
 
 
89 aa  67.4  0.00000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2406  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.83 
 
 
102 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0307  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  53.03 
 
 
76 aa  67.4  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.214881  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0088  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
71 aa  67  0.00000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1215  hydrogenase maturation factor  43.06 
 
 
71 aa  67  0.00000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3903  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50 
 
 
78 aa  67  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  45.45 
 
 
86 aa  66.6  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2594  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.74 
 
 
85 aa  66.6  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1499  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.48 
 
 
75 aa  66.6  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.707569  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00530  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  44.93 
 
 
77 aa  66.2  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.379393  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3402  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.3 
 
 
80 aa  65.9  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.28 
 
 
82 aa  65.1  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.296554 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1176  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  57.38 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10029  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03900  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
71 aa  64.7  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0683  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.83 
 
 
74 aa  64.7  0.0000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.57 
 
 
86 aa  63.9  0.0000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1071  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 
93 aa  63.9  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.61575  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1091  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.66 
 
 
75 aa  63.9  0.0000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3879  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.65 
 
 
91 aa  63.9  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0470  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.16 
 
 
85 aa  63.9  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.503239  normal  0.167546 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3445  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.25 
 
 
83 aa  63.5  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526541  normal  0.465123 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
79 aa  63.5  0.0000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.701167  normal  0.209775 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3876  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
81 aa  63.2  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0463  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.06 
 
 
74 aa  62.4  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0604449  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0503  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.74 
 
 
95 aa  62  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0475  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.74 
 
 
95 aa  62  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.74 
 
 
95 aa  62  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1400  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.48 
 
 
80 aa  62  0.000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.303909  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0872  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40 
 
 
97 aa  62  0.000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.644778  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
91 aa  61.6  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.25 
 
 
86 aa  61.6  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  38.57 
 
 
93 aa  61.6  0.000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3797  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.83 
 
 
89 aa  61.2  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.777616 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2950  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  40.28 
 
 
96 aa  60.1  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.48 
 
 
76 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0973  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.38 
 
 
89 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82669  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0517  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.74 
 
 
95 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.735802 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1644  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
80 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1456  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  38.89 
 
 
90 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3752  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.56 
 
 
93 aa  58.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2178  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.03 
 
 
80 aa  58.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.339954 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.25 
 
 
81 aa  58.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2026  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.85 
 
 
82 aa  58.5  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.25 
 
 
82 aa  58.5  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0366  hypothetical protein  44.74 
 
 
78 aa  58.5  0.00000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1287  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.24 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1901  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  39.44 
 
 
79 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000307704 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1737  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.25 
 
 
76 aa  58.2  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.175485  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0932  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  37.14 
 
 
92 aa  58.2  0.00000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.305278  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1418  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.31 
 
 
95 aa  58.2  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3635  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.53 
 
 
73 aa  57.8  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1882  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.85 
 
 
81 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1907  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.85 
 
 
81 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0933507  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0531  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  40.79 
 
 
95 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2526  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.74 
 
 
96 aa  56.2  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.234436  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
94 aa  56.6  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.976554  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0268  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 
78 aa  56.6  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.123557  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0931  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.85 
 
 
90 aa  56.6  0.0000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3235  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.31 
 
 
90 aa  56.2  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1095  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  35.71 
 
 
79 aa  56.2  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.44829  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1763  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.89 
 
 
75 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.43 
 
 
76 aa  55.5  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0138  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.28 
 
 
75 aa  55.5  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0491338  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0723  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.89 
 
 
91 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0558163  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1914  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.44 
 
 
81 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.384554  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3231  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.33 
 
 
94 aa  55.8  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>