182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_4508 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_4508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  100 
 
 
94 aa  187  4e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.701167  normal  0.209775 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2594  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  65.85 
 
 
85 aa  108  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  58.97 
 
 
82 aa  99.4  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.296554 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3879  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.87 
 
 
91 aa  92.8  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.95 
 
 
79 aa  87  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1400  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  53.66 
 
 
80 aa  85.5  2e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.303909  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2308  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.15 
 
 
83 aa  81.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.685831 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3903  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  55.26 
 
 
78 aa  79.7  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2257  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.87 
 
 
83 aa  77.8  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0478  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.21 
 
 
88 aa  72.4  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.213434  normal  0.190427 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  44.87 
 
 
86 aa  70.9  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1946  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.75 
 
 
100 aa  70.5  0.000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3402  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.22 
 
 
80 aa  70.1  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1433  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  45.33 
 
 
71 aa  68.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1241  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.67 
 
 
71 aa  67.4  0.00000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3170  hydrogenase 2 accessory protein HypG  45.45 
 
 
82 aa  67  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1215  hydrogenase maturation factor  42.67 
 
 
71 aa  67  0.00000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02866  hydrogenase 2 accessory protein  44.16 
 
 
82 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.16 
 
 
82 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02815  hypothetical protein  44.16 
 
 
82 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4302  hydrogenase 2 accessory protein HypG  44.16 
 
 
82 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.322153  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3417  hydrogenase 2 accessory protein HypG  44.16 
 
 
82 aa  66.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3980  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.75 
 
 
105 aa  66.2  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.943187  normal  0.61085 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3458  hydrogenase 2 accessory protein HypG  44.16 
 
 
82 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3276  hydrogenase 2 accessory protein HypG  44.16 
 
 
82 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0703  hydrogenase 2 accessory protein HypG  44.16 
 
 
82 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1418  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.45 
 
 
95 aa  66.2  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3876  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.51 
 
 
81 aa  65.5  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0973  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.26 
 
 
89 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82669  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3797  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.26 
 
 
89 aa  66.2  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.777616 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3316  hydrogenase 2 accessory protein HypG  42.86 
 
 
82 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000211231  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2526  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
96 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.234436  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3325  hydrogenase 2 accessory protein HypG  42.86 
 
 
82 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.834406  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3390  hydrogenase 2 accessory protein HypG  42.86 
 
 
82 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.50292 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2135  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.45 
 
 
102 aa  64.3  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.402409  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3396  hydrogenase 2 accessory protein HypG  42.86 
 
 
82 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.887296  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3491  hydrogenase 2 accessory protein HypG  42.86 
 
 
82 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2181  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.45 
 
 
102 aa  64.3  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2122  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.45 
 
 
102 aa  64.3  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.717614  normal  0.0140851 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3752  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.25 
 
 
93 aa  63.5  0.0000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00530  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.26 
 
 
77 aa  63.5  0.0000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.379393  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1071  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.64 
 
 
93 aa  62.8  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.61575  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.9 
 
 
94 aa  63.5  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.976554  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0470  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.5 
 
 
85 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.503239  normal  0.167546 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2406  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.56 
 
 
102 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3363  hypothetical protein  43.21 
 
 
96 aa  62.8  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16041 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1763  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.33 
 
 
75 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3445  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.44 
 
 
83 aa  61.6  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526541  normal  0.465123 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0508  hydrogenase expression/formation protein HypC  45.12 
 
 
96 aa  62  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1283  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  44 
 
 
75 aa  62  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0723  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.8 
 
 
91 aa  62  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0558163  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.12 
 
 
96 aa  62  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0703588  normal  0.109109 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0388  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.85 
 
 
71 aa  62  0.000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.984781  hitchhiker  0.00000000422403 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2447  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.89 
 
 
87 aa  61.6  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0458574 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1211  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.62 
 
 
84 aa  61.6  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0975666 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.25 
 
 
91 aa  61.6  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3231  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 
94 aa  61.6  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1642  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.28 
 
 
86 aa  61.2  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1287  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.04 
 
 
88 aa  61.2  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1456  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  32.22 
 
 
90 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3201  hydrogenase assembly chaperone  41.98 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3924  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.93 
 
 
88 aa  60.1  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.377852  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0141  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.16 
 
 
85 aa  58.5  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0861  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.18 
 
 
97 aa  58.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.339436  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.46 
 
 
82 aa  58.5  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.22 
 
 
90 aa  58.5  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0931  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.47 
 
 
90 aa  58.5  0.00000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0713  hydrogenase assembly chaperone HypC  39.18 
 
 
97 aa  58.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.487958  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  43.59 
 
 
90 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  43.59 
 
 
90 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  43.59 
 
 
90 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  43.59 
 
 
90 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.045323 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  43.59 
 
 
90 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3015  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.89 
 
 
75 aa  56.2  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2536  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.38 
 
 
92 aa  56.6  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0683  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.19 
 
 
74 aa  56.2  0.0000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2185  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.68 
 
 
99 aa  56.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.448638  normal  0.262576 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0088  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 
71 aa  55.8  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2178  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35 
 
 
80 aa  56.2  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.339954 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1784  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.08 
 
 
94 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.019242  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2813  putative hypC  40 
 
 
81 aa  55.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  41.03 
 
 
90 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.03 
 
 
90 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  41.03 
 
 
90 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0536  hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC  36.9 
 
 
100 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  41.03 
 
 
90 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  41.03 
 
 
90 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  41.03 
 
 
90 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  41.03 
 
 
90 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  41.03 
 
 
90 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3208  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.51 
 
 
98 aa  54.7  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2950  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.24 
 
 
80 aa  54.7  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0463  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.58 
 
 
74 aa  54.7  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0604449  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  41.03 
 
 
90 aa  53.9  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1091  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
75 aa  53.5  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 
85 aa  53.5  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3235  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.84 
 
 
90 aa  53.9  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0531  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  32.29 
 
 
95 aa  53.1  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03900  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.78 
 
 
71 aa  52.8  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0475  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.56 
 
 
95 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>