190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0508 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0508  hydrogenase expression/formation protein HypC  100 
 
 
96 aa  184  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  98.96 
 
 
96 aa  181  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0703588  normal  0.109109 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3363  hypothetical protein  85.42 
 
 
96 aa  158  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16041 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  80.43 
 
 
94 aa  148  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.976554  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3208  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  65.59 
 
 
98 aa  116  9e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3752  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  57.47 
 
 
93 aa  105  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2185  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.74 
 
 
99 aa  100  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.448638  normal  0.262576 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.55 
 
 
82 aa  93.6  9e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.55 
 
 
90 aa  92.8  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0536  hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC  59.76 
 
 
100 aa  91.3  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  51.85 
 
 
86 aa  89.7  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  56.32 
 
 
104 aa  89  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.181199  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0470  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.85 
 
 
85 aa  88.2  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.503239  normal  0.167546 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3491  hydrogenase 2 accessory protein HypG  50.67 
 
 
82 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3396  hydrogenase 2 accessory protein HypG  50.67 
 
 
82 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.887296  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3316  hydrogenase 2 accessory protein HypG  49.33 
 
 
82 aa  87  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000211231  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3390  hydrogenase 2 accessory protein HypG  49.33 
 
 
82 aa  87  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.50292 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3325  hydrogenase 2 accessory protein HypG  49.33 
 
 
82 aa  86.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.834406  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0861  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.02 
 
 
97 aa  86.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.339436  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0713  hydrogenase assembly chaperone HypC  54.02 
 
 
97 aa  86.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.487958  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3170  hydrogenase 2 accessory protein HypG  49.33 
 
 
82 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3876  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.35 
 
 
81 aa  85.5  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02866  hydrogenase 2 accessory protein  48 
 
 
82 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48 
 
 
82 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0703  hydrogenase 2 accessory protein HypG  48 
 
 
82 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02815  hypothetical protein  48 
 
 
82 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3417  hydrogenase 2 accessory protein HypG  48 
 
 
82 aa  84.7  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3276  hydrogenase 2 accessory protein HypG  48 
 
 
82 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4302  hydrogenase 2 accessory protein HypG  48 
 
 
82 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.322153  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3458  hydrogenase 2 accessory protein HypG  48 
 
 
82 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1287  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50.59 
 
 
88 aa  83.2  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1418  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52 
 
 
95 aa  81.6  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2437  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.25 
 
 
97 aa  81.3  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2526  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.33 
 
 
96 aa  80.5  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.234436  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.25 
 
 
91 aa  80.1  0.000000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3235  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.72 
 
 
90 aa  79.7  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3402  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  53.66 
 
 
80 aa  79.7  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2536  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.86 
 
 
92 aa  77  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4589  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.25 
 
 
93 aa  73.9  0.0000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08050  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  51.28 
 
 
90 aa  72.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1400  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
80 aa  71.6  0.000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.303909  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2135  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.96 
 
 
102 aa  69.3  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.402409  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2181  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.96 
 
 
102 aa  69.3  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2122  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.96 
 
 
102 aa  69.3  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.717614  normal  0.0140851 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3822  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  48.75 
 
 
92 aa  68.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.564526  normal  0.0529395 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3445  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.44 
 
 
83 aa  68.2  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526541  normal  0.465123 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2594  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.68 
 
 
85 aa  67.4  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3201  hydrogenase assembly chaperone  44.57 
 
 
90 aa  67  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2257  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.16 
 
 
83 aa  67  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2486  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.25 
 
 
90 aa  67  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3903  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.5 
 
 
78 aa  66.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.17 
 
 
79 aa  65.5  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  38.71 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.71 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  38.71 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  38.71 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  38.71 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  38.71 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  38.71 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  38.71 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  38.71 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  38.71 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  38.71 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.045323 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  38.71 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  38.71 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2406  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.76 
 
 
102 aa  63.5  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  38.71 
 
 
90 aa  63.5  0.0000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2308  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
83 aa  63.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.685831 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.74 
 
 
82 aa  62.8  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.296554 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0478  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
88 aa  63.5  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.213434  normal  0.190427 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1071  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.32 
 
 
93 aa  62.4  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.61575  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.12 
 
 
94 aa  62  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.701167  normal  0.209775 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3980  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.56 
 
 
105 aa  62  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.943187  normal  0.61085 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3797  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.96 
 
 
89 aa  61.6  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.777616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3879  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
91 aa  61.2  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1784  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.42 
 
 
94 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.019242  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1763  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.79 
 
 
75 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.27 
 
 
79 aa  60.1  0.000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.33 
 
 
81 aa  59.7  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.77 
 
 
76 aa  59.3  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0472  hydrogenase expression/formation protein HypC  64.44 
 
 
51 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.104475 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1456  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  43.42 
 
 
90 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2618  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.24 
 
 
89 aa  58.5  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.368424 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
76 aa  57.8  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.24 
 
 
76 aa  57.4  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0723  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.51 
 
 
91 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0558163  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1914  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.33 
 
 
81 aa  57  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.384554  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.03 
 
 
89 aa  57  0.00000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.25 
 
 
76 aa  57  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0973  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.78 
 
 
89 aa  57  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82669  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1642  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.96 
 
 
86 aa  57  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1946  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.2 
 
 
100 aa  56.2  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50460  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  41.67 
 
 
84 aa  56.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0945297  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.8 
 
 
86 aa  56.2  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1882  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.33 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1907  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.33 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0933507  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3231  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.95 
 
 
94 aa  56.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03900  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.36 
 
 
71 aa  55.5  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2447  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.07 
 
 
87 aa  55.5  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0458574 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1815  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.27 
 
 
81 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>