89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0472 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0472  hydrogenase expression/formation protein HypC  100 
 
 		 51 aa  102  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.104475 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3752  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  77.55 
 
 		 93 aa  82  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0713  hydrogenase assembly chaperone HypC  77.08 
 
 		 97 aa  78.2  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.487958  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0861  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  77.08 
 
 		 97 aa  78.2  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.339436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3208  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  70.21 
 
 		 98 aa  72.4  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2185  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  71.74 
 
 		 99 aa  68.2  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.448638  normal  0.262576 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  68.29 
 
 		 86 aa  64.7  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  56.25 
 
 		 104 aa  62  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.181199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  74.29 
 
 		 82 aa  60.5  0.000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0470  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  65 
 
 		 85 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.503239  normal  0.167546 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0508  hydrogenase expression/formation protein HypC  64.44 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  64.44 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0703588  normal  0.109109 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3876  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  67.65 
 
 		 81 aa  58.2  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3363  hypothetical protein  59.57 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.16041 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4589  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  64.86 
 
 		 93 aa  55.5  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  59.57 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.976554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0536  hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC  65.71 
 
 		 100 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08050  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  52.17 
 
 		 90 aa  52.4  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3235  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  55.56 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50 
 
 		 91 aa  49.3  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3822  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  50 
 
 		 92 aa  48.9  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.564526  normal  0.0529395 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2536  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.83 
 
 		 92 aa  49.3  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1176  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.28 
 
 		 70 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10029  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1418  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.89 
 
 		 95 aa  46.2  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1287  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.73 
 
 		 88 aa  46.6  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2486  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.83 
 
 		 90 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.94 
 
 		 89 aa  46.2  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.52 
 
 		 86 aa  45.4  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  45.95 
 
 		 81 aa  46.2  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50 
 
 		 79 aa  45.8  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2618  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.94 
 
 		 89 aa  45.4  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.368424 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2526  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.44 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.234436  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2009  hydrogenase expression/formation  46.34 
 
 		 70 aa  45.1  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.345013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2437  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.34 
 
 		 97 aa  44.7  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1168  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50 
 
 		 77 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.996311  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  48.78 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  48.78 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  48.78 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.78 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  48.78 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  48.78 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.51 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1538  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  45 
 
 		 62 aa  44.3  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000241221  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  48.78 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  48.78 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3201  hydrogenase assembly chaperone  48.78 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  48.78 
 
 		 90 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  54.55 
 
 		 93 aa  44.3  0.0006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0478  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.72 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.213434  normal  0.190427 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.05 
 
 		 85 aa  43.9  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0307  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  67.86 
 
 		 76 aa  43.9  0.0008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.214881  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3924  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.06 
 
 		 88 aa  43.9  0.0008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.377852  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.28 
 
 		 79 aa  43.5  0.0009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  55.88 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0118  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  56.67 
 
 		 76 aa  43.5  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00072564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50460  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  52.63 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0945297  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0307  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.84 
 
 		 76 aa  42.7  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  46.34 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  46.34 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  46.34 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  46.34 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3760  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  53.12 
 
 		 75 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  46.34 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.045323 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3445  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.43 
 
 		 83 aa  43.5  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526541  normal  0.465123 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  58.06 
 
 		 76 aa  43.5  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3797  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.5 
 
 		 89 aa  42  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.777616 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0973  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50 
 
 		 89 aa  41.6  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0932  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  51.61 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.305278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3491  hydrogenase 2 accessory protein HypG  61.29 
 
 		 82 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3396  hydrogenase 2 accessory protein HypG  61.29 
 
 		 82 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.887296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1737  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.65 
 
 		 76 aa  40.8  0.007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.175485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0764  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.1 
 
 		 92 aa  40.4  0.008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0138  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  53.33 
 
 		 75 aa  40.4  0.009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0491338  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  40 
 
 		 96 aa  40.4  0.009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.48 
 
 		 81 aa  40.4  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3879  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  56.25 
 
 		 91 aa  40.4  0.009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  58.06 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02815  hypothetical protein  58.06 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02866  hydrogenase 2 accessory protein  58.06 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3170  hydrogenase 2 accessory protein HypG  58.06 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4302  hydrogenase 2 accessory protein HypG  58.06 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.322153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3316  hydrogenase 2 accessory protein HypG  58.06 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000211231  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3325  hydrogenase 2 accessory protein HypG  58.06 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.834406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3390  hydrogenase 2 accessory protein HypG  58.06 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.50292 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3458  hydrogenase 2 accessory protein HypG  58.06 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3417  hydrogenase 2 accessory protein HypG  58.06 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1914  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.94 
 
 		 81 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.384554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0703  hydrogenase 2 accessory protein HypG  58.06 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3276  hydrogenase 2 accessory protein HypG  58.06 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>