184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4558 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  100 
 
 
90 aa  176  9e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  55.68 
 
 
96 aa  95.5  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0703588  normal  0.109109 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2185  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  53.57 
 
 
99 aa  95.9  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.448638  normal  0.262576 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  57.95 
 
 
94 aa  95.1  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.976554  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3363  hypothetical protein  54.55 
 
 
96 aa  94  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16041 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0508  hydrogenase expression/formation protein HypC  54.55 
 
 
96 aa  92.8  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0536  hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC  58.54 
 
 
100 aa  90.1  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.25 
 
 
82 aa  89.7  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2437  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.43 
 
 
97 aa  88.6  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3208  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.72 
 
 
98 aa  87  7e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  45.88 
 
 
86 aa  85.1  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.76 
 
 
91 aa  84.3  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1287  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.89 
 
 
88 aa  82.8  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0861  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.83 
 
 
97 aa  82  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.339436  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0713  hydrogenase assembly chaperone HypC  44.83 
 
 
97 aa  82  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.487958  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0470  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50 
 
 
85 aa  81.6  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.503239  normal  0.167546 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3752  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.98 
 
 
93 aa  80.9  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3876  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.91 
 
 
81 aa  79.7  0.00000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3325  hydrogenase 2 accessory protein HypG  53.95 
 
 
82 aa  79  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.834406  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3316  hydrogenase 2 accessory protein HypG  54.05 
 
 
82 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000211231  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3390  hydrogenase 2 accessory protein HypG  54.05 
 
 
82 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.50292 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3170  hydrogenase 2 accessory protein HypG  52.7 
 
 
82 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3491  hydrogenase 2 accessory protein HypG  52.7 
 
 
82 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.28 
 
 
104 aa  77.4  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.181199  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3396  hydrogenase 2 accessory protein HypG  52.7 
 
 
82 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.887296  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02866  hydrogenase 2 accessory protein  51.35 
 
 
82 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.35 
 
 
82 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02815  hypothetical protein  51.35 
 
 
82 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3276  hydrogenase 2 accessory protein HypG  51.35 
 
 
82 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3417  hydrogenase 2 accessory protein HypG  51.35 
 
 
82 aa  75.5  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0703  hydrogenase 2 accessory protein HypG  51.35 
 
 
82 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4302  hydrogenase 2 accessory protein HypG  51.35 
 
 
82 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.322153  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3458  hydrogenase 2 accessory protein HypG  51.35 
 
 
82 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2536  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.76 
 
 
92 aa  75.1  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3822  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  47.73 
 
 
92 aa  73.6  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.564526  normal  0.0529395 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2526  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.81 
 
 
96 aa  71.2  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.234436  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1664  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50.67 
 
 
78 aa  70.1  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.473831  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1418  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.67 
 
 
95 aa  69.7  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2486  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.07 
 
 
90 aa  69.7  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08050  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  47.5 
 
 
90 aa  68.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4589  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.94 
 
 
93 aa  67  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3201  hydrogenase assembly chaperone  44.83 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0118  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  43.24 
 
 
76 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00072564  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.24 
 
 
76 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.24 
 
 
76 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3235  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.03 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  41.38 
 
 
90 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  41.38 
 
 
90 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  41.38 
 
 
90 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  41.38 
 
 
90 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.045323 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  41.38 
 
 
90 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  40.23 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.23 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.54 
 
 
76 aa  63.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  40.23 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  40.23 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  40.23 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  40.23 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  40.23 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  40.23 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.54 
 
 
76 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  40.23 
 
 
90 aa  61.6  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2412  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 
81 aa  61.2  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0703435  hitchhiker  0.0000250564 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0307  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  45.78 
 
 
76 aa  60.8  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.214881  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2135  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.88 
 
 
102 aa  60.8  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.402409  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2181  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.88 
 
 
102 aa  60.8  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2122  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.88 
 
 
102 aa  60.8  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.717614  normal  0.0140851 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.84 
 
 
81 aa  61.2  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3402  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.96 
 
 
80 aa  60.5  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4561  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  42.86 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1882  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.84 
 
 
81 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1907  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.84 
 
 
81 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0933507  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1914  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.49 
 
 
81 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.384554  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0478  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.47 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.213434  normal  0.190427 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2779  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.89 
 
 
78 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3980  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.56 
 
 
105 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.943187  normal  0.61085 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1272  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.24 
 
 
82 aa  57.4  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.444775  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50460  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  42.68 
 
 
84 aa  57.4  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0945297  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2618  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.46 
 
 
89 aa  56.6  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.368424 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0517  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.96 
 
 
95 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.735802 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2092  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.73 
 
 
81 aa  55.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.73 
 
 
81 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1870  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.73 
 
 
81 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2406  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.4 
 
 
102 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0263  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 
88 aa  55.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03900  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44 
 
 
71 aa  55.8  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1343  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 
88 aa  55.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1815  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 
81 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2490  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.46 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.228537 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0575  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 
88 aa  54.7  0.0000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.306359  normal  0.178324 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.14 
 
 
86 aa  54.3  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3760  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.77 
 
 
75 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  36.26 
 
 
96 aa  53.9  0.0000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3445  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.47 
 
 
83 aa  53.9  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526541  normal  0.465123 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0475  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.08 
 
 
95 aa  53.5  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2016  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.03 
 
 
75 aa  53.5  0.0000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0503  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.08 
 
 
95 aa  53.5  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.08 
 
 
95 aa  53.5  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.53 
 
 
79 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  37.18 
 
 
81 aa  53.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>