198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3752 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3752  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  100 
 
 
93 aa  187  4e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0470  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  71.95 
 
 
85 aa  127  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.503239  normal  0.167546 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  65.48 
 
 
86 aa  120  8e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  66.67 
 
 
82 aa  119  9.999999999999999e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3208  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  62.5 
 
 
98 aa  117  4.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3876  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  67.53 
 
 
81 aa  116  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0713  hydrogenase assembly chaperone HypC  60.44 
 
 
97 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.487958  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0861  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  60.44 
 
 
97 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.339436  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2185  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  58.62 
 
 
99 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.448638  normal  0.262576 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  58.62 
 
 
96 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0703588  normal  0.109109 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0508  hydrogenase expression/formation protein HypC  57.47 
 
 
96 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0536  hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC  65 
 
 
100 aa  105  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  55.68 
 
 
104 aa  103  6e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.181199  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  56.32 
 
 
94 aa  103  7e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.976554  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3363  hypothetical protein  54.02 
 
 
96 aa  95.9  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16041 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3235  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50 
 
 
90 aa  89  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2536  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.45 
 
 
92 aa  88.6  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4589  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.55 
 
 
93 aa  86.7  9e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08050  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  50.55 
 
 
90 aa  84.7  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3822  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  51.65 
 
 
92 aa  84  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.564526  normal  0.0529395 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.98 
 
 
91 aa  84  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1287  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.13 
 
 
88 aa  83.6  8e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2437  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
97 aa  82.4  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0472  hydrogenase expression/formation protein HypC  77.55 
 
 
51 aa  82  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.104475 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1418  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.57 
 
 
95 aa  81.6  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.98 
 
 
90 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2486  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.09 
 
 
90 aa  80.9  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2526  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.39 
 
 
96 aa  78.6  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.234436  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02866  hydrogenase 2 accessory protein  46.75 
 
 
82 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.75 
 
 
82 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3417  hydrogenase 2 accessory protein HypG  46.75 
 
 
82 aa  76.3  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0703  hydrogenase 2 accessory protein HypG  46.75 
 
 
82 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3276  hydrogenase 2 accessory protein HypG  46.75 
 
 
82 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02815  hypothetical protein  46.75 
 
 
82 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4302  hydrogenase 2 accessory protein HypG  46.75 
 
 
82 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.322153  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3458  hydrogenase 2 accessory protein HypG  46.75 
 
 
82 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3491  hydrogenase 2 accessory protein HypG  50 
 
 
82 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3396  hydrogenase 2 accessory protein HypG  50 
 
 
82 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.887296  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3390  hydrogenase 2 accessory protein HypG  48.65 
 
 
82 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.50292 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3316  hydrogenase 2 accessory protein HypG  48.65 
 
 
82 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000211231  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3170  hydrogenase 2 accessory protein HypG  45.45 
 
 
82 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2618  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.56 
 
 
89 aa  74.3  0.0000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.368424 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3325  hydrogenase 2 accessory protein HypG  47.3 
 
 
82 aa  73.6  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.834406  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0478  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
88 aa  70.9  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.213434  normal  0.190427 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.1 
 
 
79 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3445  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45 
 
 
83 aa  69.7  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526541  normal  0.465123 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.75 
 
 
79 aa  68.2  0.00000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.5 
 
 
89 aa  68.2  0.00000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  39.76 
 
 
96 aa  67.4  0.00000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.57 
 
 
85 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3402  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.57 
 
 
80 aa  64.7  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1400  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.51 
 
 
80 aa  65.1  0.0000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.303909  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  39.08 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.08 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  39.08 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.24 
 
 
86 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  39.08 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  39.08 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  39.08 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  39.08 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  39.08 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  40 
 
 
81 aa  63.9  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0932  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  41.56 
 
 
92 aa  63.5  0.0000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.305278  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.25 
 
 
94 aa  63.9  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.701167  normal  0.209775 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  39.08 
 
 
90 aa  63.5  0.0000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  37.93 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.045323 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  37.93 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1071  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.82 
 
 
93 aa  63.5  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.61575  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1946  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.82 
 
 
100 aa  63.2  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  43.04 
 
 
93 aa  63.5  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  37.93 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  37.93 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  37.93 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50460  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  44.87 
 
 
84 aa  63.2  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0945297  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3201  hydrogenase assembly chaperone  40.23 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2447  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.08 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0458574 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2594  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.71 
 
 
85 aa  62  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.56 
 
 
76 aa  61.2  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1095  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36.71 
 
 
79 aa  61.6  0.000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.44829  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0872  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  41.56 
 
 
97 aa  61.2  0.000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.644778  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1538  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  46.15 
 
 
62 aa  61.2  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000241221  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3924  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.59 
 
 
88 aa  60.8  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.377852  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.65 
 
 
79 aa  60.8  0.000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0973  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.47 
 
 
89 aa  60.5  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82669  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.96 
 
 
76 aa  60.5  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3797  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.17 
 
 
89 aa  60.5  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.777616 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1784  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.59 
 
 
94 aa  60.1  0.000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.019242  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1815  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.36 
 
 
81 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.44 
 
 
81 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3231  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.67 
 
 
94 aa  59.7  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.26 
 
 
86 aa  59.7  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1168  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
77 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.996311  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2092  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.06 
 
 
81 aa  58.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1091  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.59 
 
 
75 aa  58.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2178  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.11 
 
 
80 aa  58.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.339954 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1283  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  41.56 
 
 
75 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1870  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.06 
 
 
81 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3903  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.02 
 
 
78 aa  58.9  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0517  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.45 
 
 
95 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.735802 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.36 
 
 
81 aa  58.5  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>