195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0307 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0307  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  100 
 
 
76 aa  150  5e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.214881  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  54.55 
 
 
81 aa  76.3  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1168  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.55 
 
 
77 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.996311  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2813  putative hypC  53.03 
 
 
81 aa  70.9  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3924  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  56.06 
 
 
88 aa  70.5  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.377852  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50.65 
 
 
76 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.47 
 
 
79 aa  68.2  0.00000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3760  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  53.03 
 
 
75 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1283  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  53.03 
 
 
75 aa  67.4  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2016  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.48 
 
 
75 aa  67.4  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0478  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.72 
 
 
88 aa  67  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.213434  normal  0.190427 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3980  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.72 
 
 
105 aa  66.2  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.943187  normal  0.61085 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50.67 
 
 
76 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00530  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  45.45 
 
 
77 aa  65.1  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.379393  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2779  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.16 
 
 
78 aa  64.3  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2538  hydrogenase expression/formation protein HypC  45.45 
 
 
75 aa  63.5  0.0000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2393  hydrogenase expression/formation protein HypC  45.45 
 
 
75 aa  63.5  0.0000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2887  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.48 
 
 
81 aa  63.5  0.0000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.348602 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3289  hydrogenase assembly chaperone HypC  48.48 
 
 
81 aa  63.5  0.0000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0118  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  48.05 
 
 
76 aa  62.8  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00072564  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.03 
 
 
79 aa  63.2  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2447  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.42 
 
 
87 aa  62.8  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0458574 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0641  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.49 
 
 
85 aa  63.2  0.000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.858421  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
89 aa  62.4  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2536  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.15 
 
 
92 aa  62.8  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.24 
 
 
76 aa  62  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01190  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  45.83 
 
 
83 aa  62.4  0.000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.97 
 
 
85 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3445  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.07 
 
 
83 aa  62.8  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526541  normal  0.465123 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1090  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.99 
 
 
89 aa  62.4  0.000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3822  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  45.21 
 
 
92 aa  62  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.564526  normal  0.0529395 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0872  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  43.08 
 
 
97 aa  61.6  0.000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.644778  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.78 
 
 
90 aa  60.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0973  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.87 
 
 
89 aa  61.2  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82669  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0141  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.06 
 
 
85 aa  61.2  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3797  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.87 
 
 
89 aa  60.5  0.000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.777616 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.89 
 
 
76 aa  60.1  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.44 
 
 
86 aa  59.7  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0575  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.62 
 
 
88 aa  59.3  0.00000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.306359  normal  0.178324 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  42.42 
 
 
93 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2742  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.42 
 
 
82 aa  60.1  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1892  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  43.86 
 
 
95 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  41.18 
 
 
86 aa  58.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0932  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  35.71 
 
 
92 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.305278  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50460  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  50 
 
 
84 aa  58.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0945297  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0536  hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC  47.3 
 
 
100 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0683  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
74 aa  58.5  0.00000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1343  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.25 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0263  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.25 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0470  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.33 
 
 
85 aa  57.8  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.503239  normal  0.167546 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1784  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.59 
 
 
94 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.019242  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1241  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.91 
 
 
71 aa  58.2  0.00000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1433  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.91 
 
 
71 aa  57.8  0.00000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1499  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.45 
 
 
75 aa  57.8  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.707569  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2406  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.03 
 
 
102 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0088  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.39 
 
 
71 aa  57.8  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4589  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.74 
 
 
93 aa  57  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2486  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.21 
 
 
90 aa  57  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1215  hydrogenase maturation factor  39.39 
 
 
71 aa  57  0.00000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2185  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.95 
 
 
99 aa  57  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.448638  normal  0.262576 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.65 
 
 
90 aa  57  0.00000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.62 
 
 
81 aa  57  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.14 
 
 
91 aa  56.2  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3876  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.96 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1071  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.31 
 
 
93 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.61575  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2135  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.03 
 
 
102 aa  56.2  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.402409  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0723  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.59 
 
 
91 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0558163  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2181  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.03 
 
 
102 aa  56.2  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2122  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.03 
 
 
102 aa  56.2  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.717614  normal  0.0140851 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0268  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50.72 
 
 
83 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.12267 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  39.71 
 
 
96 aa  55.8  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1664  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.48 
 
 
78 aa  55.5  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.473831  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.59 
 
 
82 aa  55.8  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2950  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.76 
 
 
80 aa  56.2  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2009  hydrogenase expression/formation  52.83 
 
 
70 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.345013  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2178  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.62 
 
 
80 aa  55.5  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.339954 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1287  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.78 
 
 
88 aa  55.1  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1176  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.72 
 
 
70 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10029  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1538  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  54 
 
 
62 aa  55.5  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000241221  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2308  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.65 
 
 
83 aa  55.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.685831 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3231  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.03 
 
 
94 aa  55.1  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.21 
 
 
86 aa  55.1  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1095  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  34.29 
 
 
79 aa  55.1  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.44829  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1243  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.38 
 
 
83 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.800937  normal  0.165339 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2618  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.25 
 
 
89 aa  54.7  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.368424 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0138  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.53 
 
 
75 aa  54.3  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0491338  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0384  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.38 
 
 
82 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.011822  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  41.77 
 
 
90 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.77 
 
 
90 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2257  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.65 
 
 
83 aa  54.3  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  41.77 
 
 
90 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  41.77 
 
 
90 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  41.77 
 
 
90 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  41.77 
 
 
90 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1737  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.57 
 
 
76 aa  53.9  0.0000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.175485  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  41.77 
 
 
90 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  41.77 
 
 
90 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1901  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  30.77 
 
 
79 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000307704 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3396  hydrogenase 2 accessory protein HypG  40.28 
 
 
82 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.887296  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3491  hydrogenase 2 accessory protein HypG  40.28 
 
 
82 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>