191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_08050 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_08050  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  100 
 
 
90 aa  180  6e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3822  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  73.33 
 
 
92 aa  133  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.564526  normal  0.0529395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2486  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  71.11 
 
 
90 aa  129  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4589  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  65.22 
 
 
93 aa  113  8.999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2618  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  60.47 
 
 
89 aa  104  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.368424 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2536  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.17 
 
 
92 aa  100  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3235  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.44 
 
 
90 aa  96.7  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3752  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50.55 
 
 
93 aa  84.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  50.63 
 
 
86 aa  84.3  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2185  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.37 
 
 
99 aa  84.3  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.448638  normal  0.262576 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3876  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.38 
 
 
81 aa  83.6  7e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1287  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.28 
 
 
88 aa  83.6  9e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.37 
 
 
82 aa  80.9  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3208  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.22 
 
 
98 aa  80.5  0.000000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0713  hydrogenase assembly chaperone HypC  47.25 
 
 
97 aa  80.1  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.487958  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0861  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.25 
 
 
97 aa  80.1  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.339436  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0536  hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC  52.33 
 
 
100 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  53.85 
 
 
94 aa  79.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.976554  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0470  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.5 
 
 
85 aa  78.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.503239  normal  0.167546 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.25 
 
 
91 aa  76.3  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1418  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.31 
 
 
95 aa  76.6  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.28 
 
 
96 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0703588  normal  0.109109 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02866  hydrogenase 2 accessory protein  48 
 
 
82 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48 
 
 
82 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0508  hydrogenase expression/formation protein HypC  51.28 
 
 
96 aa  72.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3417  hydrogenase 2 accessory protein HypG  48 
 
 
82 aa  72.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0703  hydrogenase 2 accessory protein HypG  48 
 
 
82 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4302  hydrogenase 2 accessory protein HypG  48 
 
 
82 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.322153  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3276  hydrogenase 2 accessory protein HypG  48 
 
 
82 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3458  hydrogenase 2 accessory protein HypG  48 
 
 
82 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02815  hypothetical protein  48 
 
 
82 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2526  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.94 
 
 
96 aa  72.8  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.234436  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3325  hydrogenase 2 accessory protein HypG  49.33 
 
 
82 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.834406  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3170  hydrogenase 2 accessory protein HypG  46.67 
 
 
82 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2437  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.58 
 
 
97 aa  72.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.72 
 
 
104 aa  71.6  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.181199  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3396  hydrogenase 2 accessory protein HypG  46.67 
 
 
82 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.887296  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3491  hydrogenase 2 accessory protein HypG  46.67 
 
 
82 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3390  hydrogenase 2 accessory protein HypG  46.67 
 
 
82 aa  71.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.50292 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3316  hydrogenase 2 accessory protein HypG  46.67 
 
 
82 aa  71.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000211231  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1168  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.05 
 
 
77 aa  70.5  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.996311  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3760  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.33 
 
 
75 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.5 
 
 
90 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2408  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.25 
 
 
84 aa  68.6  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.349074 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3363  hypothetical protein  47.44 
 
 
96 aa  68.2  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16041 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2137  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.75 
 
 
86 aa  67  0.00000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.613834  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2183  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.75 
 
 
86 aa  67  0.00000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.195467 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.1 
 
 
85 aa  67.4  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  45.57 
 
 
81 aa  67  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.11 
 
 
79 aa  67  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2742  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50 
 
 
82 aa  67  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2124  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.75 
 
 
86 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.181961  normal  0.0268244 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3445  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.68 
 
 
83 aa  65.9  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.526541  normal  0.465123 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50460  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  47.3 
 
 
84 aa  63.5  0.0000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0945297  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.21 
 
 
86 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.74 
 
 
89 aa  63.5  0.0000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0932  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  42.5 
 
 
92 aa  62.8  0.000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.305278  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.67 
 
 
79 aa  62.4  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
81 aa  62.4  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0872  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  42.67 
 
 
97 aa  62.4  0.000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.644778  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1914  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
81 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.384554  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1882  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
81 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1272  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.47 
 
 
82 aa  61.6  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.444775  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1907  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
81 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0933507  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2412  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
81 aa  61.2  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0703435  hitchhiker  0.0000250564 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3924  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.59 
 
 
88 aa  61.2  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.377852  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.46 
 
 
79 aa  61.6  0.000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0727  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  39.77 
 
 
93 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.267852  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0653  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  39.77 
 
 
93 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  38.96 
 
 
90 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.96 
 
 
90 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  38.96 
 
 
90 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  38.96 
 
 
90 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  38.96 
 
 
90 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  38.96 
 
 
90 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  38.96 
 
 
90 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  38.96 
 
 
90 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1045  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  39.77 
 
 
93 aa  60.1  0.000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.247317  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  38.96 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  38.96 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.045323 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1176  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.29 
 
 
70 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10029  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  38.96 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.26 
 
 
82 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.296554 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  38.96 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  38.96 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  38.96 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1090  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.77 
 
 
89 aa  60.1  0.00000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0138  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 
75 aa  58.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0491338  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  39.51 
 
 
96 aa  58.2  0.00000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3231  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.65 
 
 
94 aa  58.5  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7253  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.61 
 
 
88 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.401886 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.1 
 
 
76 aa  58.2  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.33 
 
 
81 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 
76 aa  57.4  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2490  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.88 
 
 
87 aa  57.4  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.228537 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2594  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.96 
 
 
85 aa  57.4  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2092  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.75 
 
 
81 aa  57  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2016  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.89 
 
 
75 aa  57  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2178  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.06 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.339954 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 
76 aa  56.2  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>