238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3600 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3600  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 		 250 aa  498  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0245858  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3648  uracil-DNA glycosylase  63.56 
 
 		 245 aa  282  4.0000000000000003e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0587  uracil-DNA glycosylase  62.61 
 
 		 241 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.392774  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0580  uracil-DNA glycosylase  61.86 
 
 		 239 aa  269  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4450  uracil-DNA glycosylase  64.19 
 
 		 249 aa  266  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0313776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0773  uracil-DNA glycosylase  60.34 
 
 		 274 aa  265  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.878372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0363  uracil-DNA glycosylase  62.34 
 
 		 237 aa  261  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.139499  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0372  uracil-DNA glycosylase  61.04 
 
 		 237 aa  258  4e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1846  uracil-DNA glycosylase  59.75 
 
 		 240 aa  257  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963093  normal  0.33976 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0528  uracil-DNA glycosylase  54.94 
 
 		 268 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822722  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0649  uracil-DNA glycosylase  54.94 
 
 		 259 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0945  uracil-DNA glycosylase  54.94 
 
 		 259 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1915  uracil-DNA glycosylase  54.94 
 
 		 259 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3459  uracil-DNA glycosylase  59.57 
 
 		 235 aa  215  5e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.103316 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1381  uracil-DNA glycosylase  50.84 
 
 		 229 aa  214  7e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541157  normal  0.225249 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3580  uracil-DNA glycosylase  54.94 
 
 		 271 aa  214  9e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386025  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3561  uracil-DNA glycosylase  54.94 
 
 		 262 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3588  uracil-DNA glycosylase  54.94 
 
 		 262 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4397  uracil-DNA glycosylase  50.84 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3970  uracil-DNA glycosylase  50.42 
 
 		 230 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.439338  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1413  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 230 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4236  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 230 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4308  uracil-DNA glycosylase  49.58 
 
 		 230 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1054  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 230 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2865  uracil-DNA glycosylase  53.45 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.644996  normal  0.824735 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13610  uracil-DNA glycosylase  49.59 
 
 		 232 aa  209  5e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3875  uracil-DNA glycosylase  52.16 
 
 		 248 aa  208  6e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2914  uracil-DNA glycosylase  53.22 
 
 		 271 aa  208  7e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0456  uracil-DNA glycosylase  53.45 
 
 		 279 aa  207  9e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3501  uracil-DNA glycosylase  53.45 
 
 		 253 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000421907 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1349  uracil-DNA glycosylase  47.5 
 
 		 231 aa  205  5e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3206  uracil-DNA glycosylase  51.95 
 
 		 261 aa  205  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2992  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 235 aa  204  8e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3256  uracil-DNA glycosylase  53.88 
 
 		 226 aa  204  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0458  uracil-DNA glycosylase  52.14 
 
 		 304 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3028  uracil-DNA glycosylase  51.68 
 
 		 255 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0789088  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0434  uracil-DNA glycosylase  52.14 
 
 		 304 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.227613  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2820  uracil-DNA glycosylase  52.34 
 
 		 241 aa  201  6e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.840691 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2576  uracil-DNA glycosylase  51.59 
 
 		 305 aa  201  7e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0529  uracil-DNA glycosylase  51.59 
 
 		 305 aa  201  7e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1590  uracil-DNA glycosylase  47.62 
 
 		 269 aa  201  9e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000051966  hitchhiker  0.00000589305 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4770  uracil-DNA glycosylase  48.74 
 
 		 231 aa  201  9e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.740506  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3616  uracil-DNA glycosylase  52.59 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3241  uracil-DNA glycosylase  47.86 
 
 		 233 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0501  uracil-DNA glycosylase  53.02 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699519 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54590  uracil-DNA glycosylase  48.32 
 
 		 231 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000185097  normal  0.0296541 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3454  uracil-DNA glycosylase  51.4 
 
 		 229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0594128 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3560  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 233 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3183  uracil-DNA glycosylase  47.17 
 
 		 256 aa  195  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.315974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2152  uracil-DNA glycosylase  47.3 
 
 		 253 aa  194  1e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.957234  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2241  uracil-DNA glycosylase  47.3 
 
 		 253 aa  194  1e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03325  uracil-DNA glycosylase  51.4 
 
 		 221 aa  194  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100053  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0893  uracil-DNA glycosylase  45.49 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00328532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1938  uracil-DNA glycosylase  48.7 
 
 		 226 aa  193  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104572  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3221  uracil-DNA glycosylase  44.68 
 
 		 221 aa  193  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00088309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3129  uracil-DNA glycosylase  45.49 
 
 		 219 aa  192  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000726683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1676  uracil-DNA glycosylase  46.32 
 
 		 245 aa  192  5e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0536187  normal  0.595891 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0808  uracil-DNA glycosylase  50.47 
 
 		 231 aa  191  8e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0400  hypothetical protein  44.44 
 
 		 220 aa  191  1e-47  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004450  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 226 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0252327  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3683  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000721221  normal  0.0564802 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1084  uracil-DNA glycosylase  44.02 
 
 		 240 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000321985  hitchhiker  0.00000000131635 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1193  uracil-DNA glycosylase  52.36 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00106549  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2796  uracil-DNA glycosylase  51.66 
 
 		 228 aa  189  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416019  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3371  uracil-DNA glycosylase  47.44 
 
 		 224 aa  190  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000031363  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1822  uracil-DNA glycosylase  47.62 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3082  uracil-DNA glycosylase  52.36 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0349858  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2887  uracil-DNA glycosylase  48.32 
 
 		 266 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.557481 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1497  uracil-DNA glycosylase  46.35 
 
 		 247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0754216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2929  uracil-DNA glycosylase  46.96 
 
 		 219 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000416129  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0965  uracil-DNA glycosylase  45.92 
 
 		 221 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0201981  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3073  uracil-DNA glycosylase  43.97 
 
 		 222 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.906111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1034  uracil-DNA glycosylase  45.49 
 
 		 221 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000379797  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03712  uracil-DNA glycosylase  47.83 
 
 		 241 aa  189  4e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0481  uracil-DNA glycosylase  48.83 
 
 		 223 aa  189  4e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0802006  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3091  uracil-DNA glycosylase  44.02 
 
 		 220 aa  189  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1067  uracil-DNA glycosylase  45.49 
 
 		 221 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000655251  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3654  uracil-DNA glycosylase  45.89 
 
 		 218 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3325  uracil-DNA glycosylase  45.49 
 
 		 221 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00364236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3577  uracil-DNA glycosylase  44.64 
 
 		 222 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5096  uracil-DNA glycosylase  43.59 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601619  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2764  uracil-DNA glycosylase  47.48 
 
 		 263 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5577  uracil-DNA glycosylase  43.59 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3129  uracil-DNA glycosylase  47.9 
 
 		 263 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.532075 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1057  uracil-DNA glycosylase  51.66 
 
 		 228 aa  187  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5527  uracil-DNA glycosylase  43.59 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.77536  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3817  uracil-DNA glycosylase  51.43 
 
 		 229 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.01333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3484  uracil-DNA glycosylase  46.58 
 
 		 229 aa  186  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02474  uracil-DNA glycosylase  51.43 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.386825  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5493  uracil-DNA glycosylase  43.59 
 
 		 225 aa  186  3e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02438  hypothetical protein  51.43 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.372619  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5191  uracil-DNA glycosylase  43.59 
 
 		 225 aa  185  5e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1218  uracil-DNA glycosylase  49.53 
 
 		 218 aa  185  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00945  uracil-DNA glycosylase  49.53 
 
 		 226 aa  185  5e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5250  uracil-DNA glycosylase  43.59 
 
 		 225 aa  185  6e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5648  uracil-DNA glycosylase  43.59 
 
 		 225 aa  185  6e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2551  uracil-DNA glycosylase  42.31 
 
 		 224 aa  185  7e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0977  uracil-DNA glycosylase  44.64 
 
 		 221 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00168707  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2757  uracil-DNA glycosylase  51.72 
 
 		 229 aa  184  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00257883  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1058  uracil-DNA glycosylase  47.83 
 
 		 225 aa  185  8e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>