237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0580 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0580  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 		 239 aa  477  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3648  uracil-DNA glycosylase  81.66 
 
 		 245 aa  384  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0587  uracil-DNA glycosylase  82.67 
 
 		 241 aa  373  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.392774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4450  uracil-DNA glycosylase  81.82 
 
 		 249 aa  364  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0313776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1846  uracil-DNA glycosylase  76.39 
 
 		 240 aa  348  4e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963093  normal  0.33976 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0773  uracil-DNA glycosylase  78.79 
 
 		 274 aa  347  7e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.878372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0363  uracil-DNA glycosylase  78.85 
 
 		 237 aa  338  5.9999999999999996e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.139499  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0372  uracil-DNA glycosylase  79.46 
 
 		 237 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3600  uracil-DNA glycosylase  61.86 
 
 		 250 aa  269  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0245858  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3459  uracil-DNA glycosylase  60.87 
 
 		 235 aa  215  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.103316 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3241  uracil-DNA glycosylase  55.02 
 
 		 233 aa  215  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3875  uracil-DNA glycosylase  55.87 
 
 		 248 aa  215  5e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2992  uracil-DNA glycosylase  56.31 
 
 		 235 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1413  uracil-DNA glycosylase  53.64 
 
 		 230 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4308  uracil-DNA glycosylase  53.18 
 
 		 230 aa  205  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4397  uracil-DNA glycosylase  52.73 
 
 		 230 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13610  uracil-DNA glycosylase  54.93 
 
 		 232 aa  204  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4770  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 		 231 aa  201  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.740506  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1054  uracil-DNA glycosylase  51.36 
 
 		 230 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1058  uracil-DNA glycosylase  54.37 
 
 		 225 aa  200  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3183  uracil-DNA glycosylase  51.82 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.315974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54590  uracil-DNA glycosylase  52.53 
 
 		 231 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000185097  normal  0.0296541 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2820  uracil-DNA glycosylase  54.07 
 
 		 241 aa  199  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.840691 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0951  uracil-DNA glycosylase  53.88 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0528  uracil-DNA glycosylase  52.53 
 
 		 268 aa  198  5e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822722  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3560  uracil-DNA glycosylase  53.99 
 
 		 233 aa  198  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3970  uracil-DNA glycosylase  51.17 
 
 		 230 aa  198  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.439338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0649  uracil-DNA glycosylase  52.53 
 
 		 259 aa  198  6e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0945  uracil-DNA glycosylase  52.53 
 
 		 259 aa  198  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1915  uracil-DNA glycosylase  52.53 
 
 		 259 aa  198  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3580  uracil-DNA glycosylase  51.61 
 
 		 271 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386025  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2865  uracil-DNA glycosylase  51.63 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.644996  normal  0.824735 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3561  uracil-DNA glycosylase  52.53 
 
 		 262 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3588  uracil-DNA glycosylase  52.53 
 
 		 262 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2914  uracil-DNA glycosylase  52.07 
 
 		 271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4236  uracil-DNA glycosylase  50.23 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03712  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 241 aa  195  5.000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1349  uracil-DNA glycosylase  49.09 
 
 		 231 aa  194  9e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3028  uracil-DNA glycosylase  50.91 
 
 		 255 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0789088  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0458  uracil-DNA glycosylase  50.94 
 
 		 304 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0400  hypothetical protein  46.08 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3129  uracil-DNA glycosylase  50.45 
 
 		 263 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.532075 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2764  uracil-DNA glycosylase  50.45 
 
 		 263 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0501  uracil-DNA glycosylase  52.13 
 
 		 308 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699519 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2576  uracil-DNA glycosylase  52.13 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0054  uracil-DNA glycosylase  43.44 
 
 		 223 aa  192  4e-48  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0529  uracil-DNA glycosylase  52.13 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3616  uracil-DNA glycosylase  51.66 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0456  uracil-DNA glycosylase  50.69 
 
 		 279 aa  191  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3501  uracil-DNA glycosylase  51.15 
 
 		 253 aa  191  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000421907 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0434  uracil-DNA glycosylase  50.47 
 
 		 304 aa  191  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.227613  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1381  uracil-DNA glycosylase  52.86 
 
 		 229 aa  191  9e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541157  normal  0.225249 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3206  uracil-DNA glycosylase  51.5 
 
 		 261 aa  190  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3256  uracil-DNA glycosylase  53.24 
 
 		 226 aa  190  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2551  uracil-DNA glycosylase  49.22 
 
 		 224 aa  189  2.9999999999999997e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2586  uracil-DNA glycosylase  45.37 
 
 		 222 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1283  uracil-DNA glycosylase  44.23 
 
 		 216 aa  187  9e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0138995  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5527  uracil-DNA glycosylase  50.52 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.77536  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0977  uracil-DNA glycosylase  46.63 
 
 		 221 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00168707  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5297  uracil-DNA glycosylase  53.65 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2241  uracil-DNA glycosylase  46.12 
 
 		 253 aa  186  2e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3073  uracil-DNA glycosylase  46.34 
 
 		 222 aa  186  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.906111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1084  uracil-DNA glycosylase  47.37 
 
 		 240 aa  186  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000321985  hitchhiker  0.00000000131635 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03325  uracil-DNA glycosylase  52.06 
 
 		 221 aa  186  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100053  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2726  uracil-DNA glycosylase  46.92 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2887  uracil-DNA glycosylase  50.23 
 
 		 266 aa  185  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.557481 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3371  uracil-DNA glycosylase  53.12 
 
 		 224 aa  185  6e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000031363  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5577  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 225 aa  185  7e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2152  uracil-DNA glycosylase  46.52 
 
 		 253 aa  185  7e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.957234  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1218  uracil-DNA glycosylase  51.96 
 
 		 218 aa  184  7e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145482  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5096  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 225 aa  184  8e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601619  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0613  uracil-DNA glycosylase  47.15 
 
 		 222 aa  184  8e-46  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0808  uracil-DNA glycosylase  46.08 
 
 		 231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5191  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02474  uracil-DNA glycosylase  53.97 
 
 		 229 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.386825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1088  uracil-DNA glycosylase  54.59 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0467841  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2096  uracil-DNA glycosylase  50.47 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02438  hypothetical protein  53.97 
 
 		 229 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.372619  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2956  uracil-DNA glycosylase  54.59 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0497126  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2737  uracil-DNA glycosylase  54.59 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000100069  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1097  uracil-DNA glycosylase  54.59 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00580941  normal  0.146724 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3670  uracil-DNA glycosylase  50.23 
 
 		 237 aa  182  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.769625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3817  uracil-DNA glycosylase  53.97 
 
 		 229 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.01333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1938  uracil-DNA glycosylase  51.81 
 
 		 226 aa  183  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104572  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2867  uracil-DNA glycosylase  54.59 
 
 		 229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0155178  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2733  uracil-DNA glycosylase  54.59 
 
 		 229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00800854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2059  uracil-DNA glycosylase  48.79 
 
 		 245 aa  182  4.0000000000000006e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.963745 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2269  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 243 aa  182  4.0000000000000006e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3221  uracil-DNA glycosylase  44.6 
 
 		 221 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00088309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0246  uracil-DNA glycosylase  48.36 
 
 		 221 aa  181  6e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388102 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3919  uracil-DNA glycosylase  50.52 
 
 		 225 aa  182  6e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3454  uracil-DNA glycosylase  46.08 
 
 		 229 aa  181  7e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0594128 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1822  uracil-DNA glycosylase  45.7 
 
 		 230 aa  181  8.000000000000001e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1057  uracil-DNA glycosylase  51.5 
 
 		 228 aa  181  9.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0481  uracil-DNA glycosylase  50.73 
 
 		 223 aa  181  9.000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0802006  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0224  uracil-DNA glycosylase  55.06 
 
 		 211 aa  181  9.000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3654  uracil-DNA glycosylase  44.6 
 
 		 218 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3683  uracil-DNA glycosylase  52.06 
 
 		 227 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000721221  normal  0.0564802 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0893  uracil-DNA glycosylase  44.13 
 
 		 219 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00328532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0198  uracil-DNA glycosylase  47.69 
 
 		 221 aa  181  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.495889  normal  0.174961 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>