238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3654 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3654  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 		 218 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0893  uracil-DNA glycosylase  95.39 
 
 		 219 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00328532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3129  uracil-DNA glycosylase  94.93 
 
 		 219 aa  433  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000726683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3221  uracil-DNA glycosylase  93.55 
 
 		 221 aa  426  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00088309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0977  uracil-DNA glycosylase  88.02 
 
 		 221 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00168707  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1067  uracil-DNA glycosylase  79.26 
 
 		 221 aa  374  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000655251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3325  uracil-DNA glycosylase  78.34 
 
 		 221 aa  370  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00364236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1034  uracil-DNA glycosylase  78.8 
 
 		 221 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000379797  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0965  uracil-DNA glycosylase  79.26 
 
 		 221 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0201981  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3314  uracil-DNA glycosylase  72.35 
 
 		 222 aa  341  5e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.518113  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3688  uracil-DNA glycosylase  70.83 
 
 		 222 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3073  uracil-DNA glycosylase  70.83 
 
 		 222 aa  328  4e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.906111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3988  uracil-DNA glycosylase  68.06 
 
 		 222 aa  320  9.000000000000001e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.409874 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2831  uracil-DNA glycosylase  69.12 
 
 		 221 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00406873  normal  0.934783 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1057  uracil-DNA glycosylase  60.65 
 
 		 228 aa  294  8e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1938  uracil-DNA glycosylase  63.13 
 
 		 226 aa  293  1e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104572  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2929  uracil-DNA glycosylase  62.67 
 
 		 219 aa  293  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000416129  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3082  uracil-DNA glycosylase  62.04 
 
 		 228 aa  290  9e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0349858  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2796  uracil-DNA glycosylase  60.19 
 
 		 228 aa  289  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416019  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1193  uracil-DNA glycosylase  61.57 
 
 		 228 aa  289  3e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00106549  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03325  uracil-DNA glycosylase  59.17 
 
 		 221 aa  288  4e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100053  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3091  uracil-DNA glycosylase  65.99 
 
 		 220 aa  287  9e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004450  uracil-DNA glycosylase  58.53 
 
 		 226 aa  283  1.0000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0252327  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3683  uracil-DNA glycosylase  60.65 
 
 		 227 aa  283  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000721221  normal  0.0564802 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3577  uracil-DNA glycosylase  56.68 
 
 		 222 aa  281  5.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3595  uracil-DNA glycosylase  61.29 
 
 		 228 aa  279  2e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1173  uracil-DNA glycosylase  61.29 
 
 		 228 aa  279  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0255291  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1121  uracil-DNA glycosylase  61.29 
 
 		 228 aa  279  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0977602  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2867  uracil-DNA glycosylase  58.8 
 
 		 229 aa  275  4e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0155178  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2733  uracil-DNA glycosylase  58.8 
 
 		 229 aa  275  4e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00800854  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1088  uracil-DNA glycosylase  58.8 
 
 		 229 aa  275  6e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0467841  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2956  uracil-DNA glycosylase  58.8 
 
 		 229 aa  275  6e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0497126  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1097  uracil-DNA glycosylase  58.8 
 
 		 229 aa  275  6e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00580941  normal  0.146724 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2737  uracil-DNA glycosylase  58.8 
 
 		 229 aa  275  6e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000100069  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0613  uracil-DNA glycosylase  59.26 
 
 		 222 aa  274  7e-73  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3817  uracil-DNA glycosylase  58.33 
 
 		 229 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.01333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0481  uracil-DNA glycosylase  58.53 
 
 		 223 aa  272  2.0000000000000002e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0802006  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02474  uracil-DNA glycosylase  58.33 
 
 		 229 aa  272  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.386825  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02438  hypothetical protein  58.33 
 
 		 229 aa  272  3e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.372619  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00945  uracil-DNA glycosylase  56.68 
 
 		 226 aa  270  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2551  uracil-DNA glycosylase  57.67 
 
 		 224 aa  268  5e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3065  uracil-DNA glycosylase  56.48 
 
 		 229 aa  268  5e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.550581  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1229  putative uracil-DNA glycosylase  53.21 
 
 		 218 aa  266  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2859  uracil-DNA glycosylase  56.94 
 
 		 229 aa  262  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  0.53223 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2975  uracil-DNA glycosylase  56.94 
 
 		 229 aa  262  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2863  uracil-DNA glycosylase  56.94 
 
 		 229 aa  262  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466868  normal  0.345403 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2841  uracil-DNA glycosylase  56.94 
 
 		 229 aa  262  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.619436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2757  uracil-DNA glycosylase  56.48 
 
 		 229 aa  260  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00257883  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1058  uracil-DNA glycosylase  55.3 
 
 		 225 aa  260  1e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0951  uracil-DNA glycosylase  54.38 
 
 		 225 aa  256  1e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1349  uracil-DNA glycosylase  52.53 
 
 		 231 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170175  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4288  uracil-DNA glycosylase  53.7 
 
 		 225 aa  253  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1283  uracil-DNA glycosylase  53.7 
 
 		 216 aa  252  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0138995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4770  uracil-DNA glycosylase  54.84 
 
 		 231 aa  250  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.740506  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3919  uracil-DNA glycosylase  56.48 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54590  uracil-DNA glycosylase  54.38 
 
 		 231 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000185097  normal  0.0296541 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5250  uracil-DNA glycosylase  54.17 
 
 		 225 aa  245  3e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5648  uracil-DNA glycosylase  54.17 
 
 		 225 aa  245  3e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1218  uracil-DNA glycosylase  54.25 
 
 		 218 aa  244  6.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145482  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1413  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 		 230 aa  244  8e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5527  uracil-DNA glycosylase  53.24 
 
 		 225 aa  244  8e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.77536  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5096  uracil-DNA glycosylase  53.24 
 
 		 225 aa  244  9e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601619  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5577  uracil-DNA glycosylase  53.24 
 
 		 225 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4397  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 		 230 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4308  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 		 230 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0249  uracil-DNA glycosylase  54.17 
 
 		 225 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3241  uracil-DNA glycosylase  50.23 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5079  uracil-DNA glycosylase  53.7 
 
 		 225 aa  242  3e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000684584  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1054  uracil-DNA glycosylase  53.7 
 
 		 230 aa  242  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5521  uracil-DNA glycosylase  53.24 
 
 		 225 aa  242  3e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2269  uracil-DNA glycosylase  52.31 
 
 		 243 aa  242  3e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5191  uracil-DNA glycosylase  53.7 
 
 		 225 aa  242  3e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2992  uracil-DNA glycosylase  50.69 
 
 		 235 aa  241  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13610  uracil-DNA glycosylase  51.61 
 
 		 232 aa  241  5e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0258  uracil-DNA glycosylase  54.17 
 
 		 225 aa  241  5e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1381  uracil-DNA glycosylase  51.61 
 
 		 229 aa  241  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541157  normal  0.225249 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5493  uracil-DNA glycosylase  53.24 
 
 		 225 aa  240  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5430  uracil-DNA glycosylase  53.24 
 
 		 225 aa  240  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3371  uracil-DNA glycosylase  52.78 
 
 		 224 aa  240  1e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000031363  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4236  uracil-DNA glycosylase  51.15 
 
 		 230 aa  237  9e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3970  uracil-DNA glycosylase  50.69 
 
 		 230 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.439338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1556  uracil-DNA glycosylase  48.39 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.478183 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3484  uracil-DNA glycosylase  52.31 
 
 		 229 aa  235  4e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2096  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 		 229 aa  234  9e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2726  uracil-DNA glycosylase  47 
 
 		 223 aa  233  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03712  uracil-DNA glycosylase  51.15 
 
 		 241 aa  233  1.0000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2820  uracil-DNA glycosylase  49.31 
 
 		 241 aa  233  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.840691 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3206  uracil-DNA glycosylase  51.58 
 
 		 261 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0922  uracil-DNA glycosylase  51.15 
 
 		 226 aa  230  1e-59  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000179843  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2059  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 245 aa  229  2e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.963745 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1084  uracil-DNA glycosylase  51.39 
 
 		 240 aa  228  6e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000321985  hitchhiker  0.00000000131635 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2839  uracil-DNA glycosylase  52.53 
 
 		 225 aa  225  4e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0808  uracil-DNA glycosylase  48.62 
 
 		 231 aa  224  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5297  uracil-DNA glycosylase  50.69 
 
 		 225 aa  223  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2288  uracil-DNA glycosylase  51.85 
 
 		 223 aa  223  2e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.4813e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3454  uracil-DNA glycosylase  48.39 
 
 		 229 aa  222  4e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0594128 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1562  uracil-DNA glycosylase  46.54 
 
 		 223 aa  221  4e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.118173  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4548  uracil-DNA glycosylase  50.46 
 
 		 225 aa  222  4e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3560  uracil-DNA glycosylase  49.31 
 
 		 233 aa  222  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0465  uracil-DNA glycosylase  48.39 
 
 		 226 aa  221  9.999999999999999e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.878798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>