238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3183 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3183  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 		 256 aa  520  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.315974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3028  uracil-DNA glycosylase  80.47 
 
 		 255 aa  407  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0789088  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2887  uracil-DNA glycosylase  70.36 
 
 		 266 aa  354  8.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.557481 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2764  uracil-DNA glycosylase  68.65 
 
 		 263 aa  341  7e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3129  uracil-DNA glycosylase  68.25 
 
 		 263 aa  340  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.532075 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0528  uracil-DNA glycosylase  61.66 
 
 		 268 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822722  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0649  uracil-DNA glycosylase  61.66 
 
 		 259 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0945  uracil-DNA glycosylase  61.66 
 
 		 259 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1915  uracil-DNA glycosylase  61.66 
 
 		 259 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0456  uracil-DNA glycosylase  63.27 
 
 		 279 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3501  uracil-DNA glycosylase  63.93 
 
 		 253 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000421907 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3580  uracil-DNA glycosylase  60.96 
 
 		 271 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386025  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3561  uracil-DNA glycosylase  60.96 
 
 		 262 aa  298  6e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3588  uracil-DNA glycosylase  60.96 
 
 		 262 aa  298  6e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2914  uracil-DNA glycosylase  64.26 
 
 		 271 aa  297  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2865  uracil-DNA glycosylase  65.09 
 
 		 301 aa  297  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.644996  normal  0.824735 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2576  uracil-DNA glycosylase  65.95 
 
 		 305 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0434  uracil-DNA glycosylase  65.09 
 
 		 304 aa  296  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.227613  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0529  uracil-DNA glycosylase  65.95 
 
 		 305 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0458  uracil-DNA glycosylase  64.66 
 
 		 304 aa  294  8e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0501  uracil-DNA glycosylase  65.52 
 
 		 308 aa  294  9e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699519 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3616  uracil-DNA glycosylase  64.22 
 
 		 301 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2703  uracil-DNA glycosylase  63.78 
 
 		 270 aa  288  8e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2992  uracil-DNA glycosylase  52.14 
 
 		 235 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3560  uracil-DNA glycosylase  53.74 
 
 		 233 aa  233  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0808  uracil-DNA glycosylase  51.93 
 
 		 231 aa  229  3e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3256  uracil-DNA glycosylase  56.28 
 
 		 226 aa  228  7e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2820  uracil-DNA glycosylase  53.3 
 
 		 241 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.840691 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3241  uracil-DNA glycosylase  50.43 
 
 		 233 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1413  uracil-DNA glycosylase  51.77 
 
 		 230 aa  225  7e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2096  uracil-DNA glycosylase  52.61 
 
 		 229 aa  224  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13610  uracil-DNA glycosylase  51.95 
 
 		 232 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2796  uracil-DNA glycosylase  54.26 
 
 		 228 aa  224  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416019  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4397  uracil-DNA glycosylase  51.77 
 
 		 230 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54590  uracil-DNA glycosylase  51.33 
 
 		 231 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000185097  normal  0.0296541 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4770  uracil-DNA glycosylase  51.33 
 
 		 231 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.740506  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1054  uracil-DNA glycosylase  50.88 
 
 		 230 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1283  uracil-DNA glycosylase  47.98 
 
 		 216 aa  221  7e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0138995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1193  uracil-DNA glycosylase  54.26 
 
 		 228 aa  221  8e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00106549  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1381  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 229 aa  221  8e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541157  normal  0.225249 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0481  uracil-DNA glycosylase  50.89 
 
 		 223 aa  221  9.999999999999999e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0802006  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1057  uracil-DNA glycosylase  52.91 
 
 		 228 aa  220  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4308  uracil-DNA glycosylase  50.88 
 
 		 230 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2551  uracil-DNA glycosylase  48.7 
 
 		 224 aa  220  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3082  uracil-DNA glycosylase  53.81 
 
 		 228 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0349858  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3454  uracil-DNA glycosylase  49.79 
 
 		 229 aa  219  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0594128 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2929  uracil-DNA glycosylase  51.56 
 
 		 219 aa  218  6e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000416129  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3206  uracil-DNA glycosylase  54.63 
 
 		 261 aa  218  7e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0951  uracil-DNA glycosylase  52.91 
 
 		 225 aa  218  7.999999999999999e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03325  uracil-DNA glycosylase  52.44 
 
 		 221 aa  218  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100053  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1058  uracil-DNA glycosylase  53.36 
 
 		 225 aa  217  1e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02474  uracil-DNA glycosylase  52.84 
 
 		 229 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.386825  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02438  hypothetical protein  52.84 
 
 		 229 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.372619  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1349  uracil-DNA glycosylase  47.58 
 
 		 231 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3817  uracil-DNA glycosylase  52.84 
 
 		 229 aa  216  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.01333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2757  uracil-DNA glycosylase  53.81 
 
 		 229 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00257883  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1938  uracil-DNA glycosylase  52.68 
 
 		 226 aa  216  4e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104572  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03712  uracil-DNA glycosylase  52.65 
 
 		 241 aa  215  5e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004450  uracil-DNA glycosylase  51.57 
 
 		 226 aa  215  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0252327  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3577  uracil-DNA glycosylase  51.11 
 
 		 222 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2975  uracil-DNA glycosylase  53.36 
 
 		 229 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2841  uracil-DNA glycosylase  53.36 
 
 		 229 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.619436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2863  uracil-DNA glycosylase  53.36 
 
 		 229 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466868  normal  0.345403 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2859  uracil-DNA glycosylase  53.36 
 
 		 229 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  0.53223 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2737  uracil-DNA glycosylase  52.4 
 
 		 229 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000100069  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1088  uracil-DNA glycosylase  52.4 
 
 		 229 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0467841  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2956  uracil-DNA glycosylase  52.4 
 
 		 229 aa  214  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0497126  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1097  uracil-DNA glycosylase  52.4 
 
 		 229 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00580941  normal  0.146724 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1590  uracil-DNA glycosylase  47.81 
 
 		 269 aa  213  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000051966  hitchhiker  0.00000589305 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2733  uracil-DNA glycosylase  52.4 
 
 		 229 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00800854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2867  uracil-DNA glycosylase  52.4 
 
 		 229 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0155178  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3073  uracil-DNA glycosylase  48.44 
 
 		 222 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.906111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00945  uracil-DNA glycosylase  50.44 
 
 		 226 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3683  uracil-DNA glycosylase  52.47 
 
 		 227 aa  211  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000721221  normal  0.0564802 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3065  uracil-DNA glycosylase  51.12 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.550581  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3970  uracil-DNA glycosylase  49.34 
 
 		 230 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.439338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0965  uracil-DNA glycosylase  48.67 
 
 		 221 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0201981  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0897  uracil-DNA glycosylase  49.78 
 
 		 229 aa  209  3e-53  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4236  uracil-DNA glycosylase  48.9 
 
 		 230 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4244  uracil-DNA glycosylase  52.4 
 
 		 232 aa  209  4e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.106427  normal  0.0153666 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1034  uracil-DNA glycosylase  48.44 
 
 		 221 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000379797  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1067  uracil-DNA glycosylase  48.44 
 
 		 221 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000655251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3688  uracil-DNA glycosylase  48.67 
 
 		 222 aa  207  9e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12267  predicted protein  47.9 
 
 		 227 aa  207  1e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0237  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 222 aa  207  2e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3325  uracil-DNA glycosylase  48.44 
 
 		 221 aa  206  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00364236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2269  uracil-DNA glycosylase  50.9 
 
 		 243 aa  207  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1556  uracil-DNA glycosylase  47.39 
 
 		 225 aa  206  4e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.478183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2831  uracil-DNA glycosylase  49.33 
 
 		 221 aa  205  5e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00406873  normal  0.934783 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3988  uracil-DNA glycosylase  49.11 
 
 		 222 aa  205  6e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.409874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1218  uracil-DNA glycosylase  52.86 
 
 		 218 aa  205  7e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2726  uracil-DNA glycosylase  45.54 
 
 		 223 aa  204  8e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0198  uracil-DNA glycosylase  49.34 
 
 		 221 aa  204  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.495889  normal  0.174961 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3854  uracil-DNA glycosylase  51.54 
 
 		 233 aa  204  1e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3221  uracil-DNA glycosylase  46.46 
 
 		 221 aa  203  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00088309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2378  uracil-DNA glycosylase  55.87 
 
 		 234 aa  202  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155716  normal  0.0973542 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_94976  predicted protein  48.21 
 
 		 244 aa  203  3e-51  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.978497 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3371  uracil-DNA glycosylase  49.34 
 
 		 224 aa  201  6e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000031363  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2241  uracil-DNA glycosylase  47.62 
 
 		 253 aa  201  7e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5521  uracil-DNA glycosylase  47.6 
 
 		 225 aa  201  7e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>