120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3101 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3101  putative serine protease protein  100 
 
 
664 aa  1353    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.672072  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03876  putative serine protease protein  78.39 
 
 
663 aa  1008    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_46087  predicted protein  30.77 
 
 
907 aa  184  5.0000000000000004e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4257  fibronectin type III domain-containing protein  29.39 
 
 
634 aa  150  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.735386  normal  0.703985 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0770  hypothetical protein  29.94 
 
 
953 aa  133  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278861 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1686  periplasmic copper-binding  26.9 
 
 
1056 aa  130  6e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.482609  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2604  Fibronectin type III domain protein  28.86 
 
 
716 aa  105  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000248661  hitchhiker  0.00161973 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1059  hypothetical protein  26.21 
 
 
867 aa  99  3e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.724873  normal  0.0608138 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0949  TPR repeat-containing protein  25.28 
 
 
1121 aa  98.2  5e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849269  normal  0.0980091 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2494  cell surface protein  23.37 
 
 
462 aa  96.3  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.909338  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0947  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.3 
 
 
746 aa  94.7  4e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0172649  normal  0.261611 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1890  cell surface protein  24.54 
 
 
671 aa  93.6  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4222  hypothetical protein  26.52 
 
 
1233 aa  82.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.514353  normal  0.0934006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5141  Proprotein convertase P  28.99 
 
 
938 aa  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.488081  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1068  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  48.39 
 
 
682 aa  63.5  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0751  cold-active alkaline serine protease  54.24 
 
 
789 aa  63.2  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000775  regulatory P domain of the subtilisin-like proprotein convertase  49.21 
 
 
677 aa  60.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05530  cell wall-binding protein  39.67 
 
 
1312 aa  59.3  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0876125  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1062  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  39.29 
 
 
710 aa  59.7  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00000196875  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04872  cold-active alkaline serine protease  47.76 
 
 
794 aa  59.7  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3162  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  50 
 
 
543 aa  58.2  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.177636  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3313  cold-active alkaline serine protease  47.06 
 
 
514 aa  57.8  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2185  cold-active serine alkaline protease  44.78 
 
 
803 aa  57  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000390899  decreased coverage  0.00433013 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0862  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  53.33 
 
 
557 aa  56.6  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0535197  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4648  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  47.62 
 
 
699 aa  56.2  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46872  predicted protein  45.07 
 
 
670 aa  56.6  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.916479  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2443  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  43.28 
 
 
807 aa  54.7  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000415164  unclonable  0.00000378434 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1052  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  46.88 
 
 
1052 aa  54.3  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.865489  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2692  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  44.44 
 
 
818 aa  53.9  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3041  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  48.28 
 
 
807 aa  54.3  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.022997  normal  0.0310863 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3106  cold-active serine alkaline protease  45.76 
 
 
807 aa  53.9  0.000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1409  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  47.46 
 
 
803 aa  53.9  0.000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000345823  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2684  Outer membrane autotransporter barrel  41.94 
 
 
1028 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.335444  unclonable  0.0000368637 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1626  hypothetical protein  40.58 
 
 
644 aa  52.8  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0234  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  44.12 
 
 
852 aa  52.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3175  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  35.34 
 
 
1649 aa  52.4  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17620  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  44.12 
 
 
595 aa  52.4  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3123  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  48.15 
 
 
640 aa  52.4  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00188421  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4738  outer membrane autotransporter  41.27 
 
 
1004 aa  52.4  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2413  cold-active alkaline serine protease  44.87 
 
 
526 aa  51.6  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.733883 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2477  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  44.07 
 
 
823 aa  51.6  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000447493  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03458  cold-active serine alkaline protease  44.44 
 
 
533 aa  51.6  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0416206  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4539  serine protease  40.23 
 
 
1634 aa  51.2  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2634  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  43.94 
 
 
710 aa  51.2  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2779  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  44.07 
 
 
819 aa  51.2  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000279348  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2799  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  44.07 
 
 
819 aa  51.2  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000118341  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2874  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  44.07 
 
 
819 aa  51.2  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000394785  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1578  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  44.07 
 
 
819 aa  51.2  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000462777  hitchhiker  0.00000000445269 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4737  outer membrane autotransporter  43.33 
 
 
1033 aa  50.8  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2208  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  45.16 
 
 
605 aa  50.8  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00762588  normal  0.156391 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2871  cold-active alkaline serine protease  45.16 
 
 
789 aa  50.1  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2169  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  31.58 
 
 
818 aa  50.4  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1390  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  42.37 
 
 
805 aa  50.4  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000278441  hitchhiker  0.0000000134181 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1455  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  42.37 
 
 
805 aa  50.1  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00029067  hitchhiker  0.000623133 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1151  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  42.19 
 
 
449 aa  50.4  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0797814  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1443  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  42.37 
 
 
809 aa  50.1  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000125277  hitchhiker  0.0000000821824 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2960  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  42.22 
 
 
1659 aa  50.1  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.929351  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3417  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  37.07 
 
 
1191 aa  50.1  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1611  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  43.1 
 
 
802 aa  49.3  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0326681 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1224  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  40.62 
 
 
458 aa  49.3  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000763624 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3733  Outer membrane autotransporter barrel  42.37 
 
 
1038 aa  48.9  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418268  normal  0.311183 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4393  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  53.66 
 
 
690 aa  48.9  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.550046 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1650  autotransporter, putative  42.37 
 
 
1055 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2404  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  36.19 
 
 
925 aa  48.5  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0146269  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3302  serine protease  39.76 
 
 
1287 aa  48.1  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2056  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  44.93 
 
 
392 aa  47.8  0.0007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.317337  normal  0.564481 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0256  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  40.3 
 
 
868 aa  47.4  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2826  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  38.24 
 
 
718 aa  47.4  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.460965  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2930  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  43.66 
 
 
453 aa  47.4  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3545  hypothetical protein  49.06 
 
 
1639 aa  47  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1388  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  48.28 
 
 
444 aa  47.4  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.196735  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1788  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  41.1 
 
 
635 aa  47  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1805  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  42.67 
 
 
396 aa  47.4  0.001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0411901  normal  0.0459712 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0664  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  37.74 
 
 
689 aa  47  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.38238  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0527  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  37.74 
 
 
688 aa  46.6  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.841411  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1747  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  40.3 
 
 
1565 aa  47  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0213398  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5739  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  37.66 
 
 
298 aa  47  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.750481  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5216  serine protease  41.33 
 
 
971 aa  47  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.415091  normal  0.502606 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4538  outer membrane autotransporter barrel domain protein  36.59 
 
 
710 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3549  outer membrane autotransporter barrel domain protein  37.68 
 
 
1125 aa  47  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3593  subtilisin Carlsberg  37.66 
 
 
298 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.940861  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3122  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  41.67 
 
 
1205 aa  46.2  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.950129  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0555  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  48 
 
 
1399 aa  45.8  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0581373 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3716  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  54.17 
 
 
524 aa  45.8  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.338967 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  42.37 
 
 
797 aa  45.8  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3547  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  45.28 
 
 
556 aa  45.8  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0162  subtilisin-like serine proteases-like  34.21 
 
 
576 aa  45.4  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.107211  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2720  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  45.76 
 
 
613 aa  45.8  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000639683  hitchhiker  0.000730662 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0832  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  34.04 
 
 
1292 aa  45.4  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6701  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  42.68 
 
 
558 aa  45.4  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1065  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  42.86 
 
 
442 aa  45.4  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3374  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  58.33 
 
 
1638 aa  45.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0579  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  58.33 
 
 
1638 aa  45.1  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4557  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  45.45 
 
 
421 aa  45.1  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0151  serine protease  55.26 
 
 
1638 aa  45.1  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1928  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  40 
 
 
452 aa  45.1  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2954  autotransporter-associated beta strand repeat protein  31.14 
 
 
947 aa  45.1  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154236  hitchhiker  0.00450699 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0245  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  41.79 
 
 
882 aa  45.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.983074  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4620  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  39.68 
 
 
421 aa  44.7  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0849966  hitchhiker  0.0030964 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1117  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  40.91 
 
 
724 aa  44.7  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0579806  normal  0.63577 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>