67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2510 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2510  putative signal peptide protein  100 
 
 		 338 aa  670    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.419602  normal  0.0716989 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4846  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  59.88 
 
 		 351 aa  375  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512512  normal  0.113885 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6307  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.34 
 
 		 317 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  46.3 
 
 		 341 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.106965 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5651  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.59 
 
 		 347 aa  243  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0644  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.55 
 
 		 326 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.723339  normal  0.0766763 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0557  Extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3546  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.83 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1874  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  25.58 
 
 		 327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3715  twin-arginine translocation pathway signal  27.44 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000597887  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1035  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.04 
 
 		 324 aa  126  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.53351  normal  0.497545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1777  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.9 
 
 		 321 aa  126  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0643258 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3427  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.25 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1780  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.48 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.258886  normal  0.0122239 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4505  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.04 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2337  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.48 
 
 		 324 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.981861 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2077  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  28.12 
 
 		 322 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.18454 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1969  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.49 
 
 		 331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.979448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2369  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.79 
 
 		 331 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.019871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1026  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.39 
 
 		 329 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.608774  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3297  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.25 
 
 		 333 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.752092 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2044  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.57 
 
 		 327 aa  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.289699 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3453  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  28.05 
 
 		 327 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.645275  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3098  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.05 
 
 		 327 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.528068 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2483  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.22 
 
 		 325 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0131179 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1609  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.61 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1377  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.58 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1774  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25 
 
 		 317 aa  109  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2166  putative signal peptide protein  27.1 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.362822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5333  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.06 
 
 		 332 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0356  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.48 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.547222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1411  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.18 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.134914  normal  0.071532 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4928  hypothetical protein  25.57 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.242757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1089  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.58 
 
 		 330 aa  82  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0631186  normal  0.345342 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0405  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.54 
 
 		 330 aa  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.169231 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4271  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.26 
 
 		 330 aa  62.4  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1455  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.27 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.534729  normal  0.295585 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0731  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.2 
 
 		 328 aa  55.8  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1471  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.89 
 
 		 329 aa  55.1  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.662537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2569  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.62 
 
 		 341 aa  54.3  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.504865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2479  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  24.19 
 
 		 336 aa  53.1  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2874  twin-arginine translocation pathway signal  26.94 
 
 		 361 aa  52.8  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0524  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.88 
 
 		 323 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00633094 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3612  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.03 
 
 		 339 aa  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00839083 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0034  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.23 
 
 		 341 aa  50.4  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0770  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.51 
 
 		 325 aa  50.1  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3408  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.11 
 
 		 360 aa  48.9  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2743  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.11 
 
 		 360 aa  48.1  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3338  hypothetical protein  27.48 
 
 		 358 aa  48.5  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3588  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  22.87 
 
 		 336 aa  47.8  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.565574  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.91 
 
 		 360 aa  47  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3084  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.07 
 
 		 333 aa  47.4  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.659506  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1502  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.37 
 
 		 360 aa  46.6  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2835  putative exported solute binding protein  21.17 
 
 		 360 aa  46.2  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3153  TRAP transporter - DctP subunit  21.17 
 
 		 344 aa  46.2  0.0009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6361  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.04 
 
 		 359 aa  45.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.104437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0416  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.19 
 
 		 331 aa  45.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1748  twin-arginine translocation pathway signal  23.1 
 
 		 359 aa  44.7  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2050  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28 
 
 		 336 aa  44.3  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692281  normal  0.771105 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4830  Extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 370 aa  44.7  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.18293 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2243  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.01 
 
 		 360 aa  43.9  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273001  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0511  C4-dicarboxylate-binding protein  21.45 
 
 		 331 aa  43.9  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.545606  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4008  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  22.04 
 
 		 332 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.182946 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.09 
 
 		 347 aa  43.9  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.491509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3467  putative periplasmic mannitol-binding protein  21.5 
 
 		 362 aa  43.1  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1572  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.45 
 
 		 360 aa  43.1  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1438  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.32 
 
 		 338 aa  42.7  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.597094 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>