54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3903 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4785  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  84.04 
 
 		 451 aa  796    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.432202  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1319  hypothetical protein  81.6 
 
 		 452 aa  733    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.135958 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4103  hypothetical protein  84.7 
 
 		 451 aa  795    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.901263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1841  hypothetical protein  79.6 
 
 		 451 aa  760    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3903  hypothetical protein  100 
 
 		 451 aa  923    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1793  putative signal peptide  66.52 
 
 		 448 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11444 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5264  hypothetical protein  66.44 
 
 		 452 aa  609  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3732  hypothetical protein  65.19 
 
 		 451 aa  607  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4733  hypothetical protein  62.44 
 
 		 454 aa  568  1e-161  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0371  hypothetical protein  61.76 
 
 		 448 aa  551  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1224  hypothetical protein  61.76 
 
 		 448 aa  551  1e-156  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0107  hypothetical protein  62.3 
 
 		 448 aa  552  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0438  hypothetical protein  61.54 
 
 		 448 aa  549  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3050  hypothetical protein  62.68 
 
 		 458 aa  534  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1281  hypothetical protein  61.48 
 
 		 458 aa  526  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1100  hypothetical protein  56.17 
 
 		 452 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1247  hypothetical protein  55.07 
 
 		 452 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171773  normal  0.0628011 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3317  periplasmic protein  57.92 
 
 		 473 aa  476  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0797  putative signal peptide protein  55.13 
 
 		 452 aa  472  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19288  normal  0.532583 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4448  putative signal peptide protein  55.11 
 
 		 454 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.983302  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1723  hypothetical protein  55.89 
 
 		 464 aa  463  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.532519  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0751  hypothetical protein  48.23 
 
 		 441 aa  430  1e-119  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.767551  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0828  hypothetical protein  48.23 
 
 		 441 aa  431  1e-119  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4754  hypothetical protein  44.76 
 
 		 451 aa  375  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.512063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1314  hypothetical protein  40.53 
 
 		 415 aa  241  1e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0619252  normal  0.296506 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0228  hypothetical protein  36.41 
 
 		 390 aa  221  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1141  hypothetical protein  33.12 
 
 		 457 aa  218  2e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1112  hypothetical protein  33.12 
 
 		 457 aa  218  2e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2070  hypothetical protein  32.6 
 
 		 417 aa  202  7e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.927231 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.78 
 
 		 769 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.335084 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4473  putative signal peptide protein  49.42 
 
 		 208 aa  171  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.193689 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4437  hypothetical protein  28.81 
 
 		 487 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4727  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.87 
 
 		 1027 aa  120  7e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2777  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  48.85 
 
 		 1372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.878054  decreased coverage  0.00575711 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4951  hypothetical protein  28.43 
 
 		 438 aa  64.3  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0822619 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49693  predicted protein  25.06 
 
 		 525 aa  58.5  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4265  hypothetical protein  26.26 
 
 		 429 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.223589  normal  0.265147 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1211  hypothetical protein  25.17 
 
 		 504 aa  57  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.816612  normal  0.530795 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1903  hypothetical protein  27.03 
 
 		 494 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000927643 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0365  hypothetical protein  26.73 
 
 		 469 aa  54.7  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.058637  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1103  protein of unknown function DUF1555  28.57 
 
 		 501 aa  51.2  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.428306  normal  0.970899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1224  hypothetical protein  23.62 
 
 		 472 aa  51.2  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0611  hypothetical protein  29.63 
 
 		 470 aa  50.1  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1074  protein of unknown function DUF1555  27.27 
 
 		 501 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4876  hypothetical protein  27.33 
 
 		 457 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03023  conserved hypothetical protein  26.92 
 
 		 489 aa  49.3  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.386636 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2173  hypothetical protein  23.75 
 
 		 491 aa  48.5  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.688585  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1010  hypothetical protein  25 
 
 		 454 aa  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2391  hypothetical protein  28.39 
 
 		 510 aa  44.7  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3999  phytase  25.48 
 
 		 1844 aa  45.1  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6147  hypothetical protein  25.88 
 
 		 494 aa  44.3  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4033  hypothetical protein  24.43 
 
 		 512 aa  44.3  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.104579  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0807  hypothetical protein  28.22 
 
 		 453 aa  44.3  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1822  hypothetical protein  26.63 
 
 		 451 aa  43.1  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.430536  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>