58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1281 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1281  hypothetical protein  100 
 
 
458 aa  951    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3050  hypothetical protein  95.41 
 
 
458 aa  895    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0438  hypothetical protein  72.1 
 
 
448 aa  680    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1224  hypothetical protein  72.32 
 
 
448 aa  682    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0107  hypothetical protein  77.09 
 
 
448 aa  682    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0371  hypothetical protein  72.32 
 
 
448 aa  682    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3732  hypothetical protein  63.64 
 
 
451 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5264  hypothetical protein  64.54 
 
 
452 aa  579  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4733  hypothetical protein  61.37 
 
 
454 aa  565  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4785  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  61.04 
 
 
451 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.432202  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1841  hypothetical protein  62.62 
 
 
451 aa  550  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1793  putative signal peptide  59.33 
 
 
448 aa  541  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11444 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4103  hypothetical protein  60.09 
 
 
451 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.901263  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1319  hypothetical protein  61.05 
 
 
452 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.135958 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3903  hypothetical protein  61.43 
 
 
451 aa  528  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3317  periplasmic protein  55.02 
 
 
473 aa  464  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0828  hypothetical protein  51.78 
 
 
441 aa  446  1.0000000000000001e-124  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0751  hypothetical protein  51.78 
 
 
441 aa  446  1.0000000000000001e-124  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.767551  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1100  hypothetical protein  53.43 
 
 
452 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1723  hypothetical protein  54.23 
 
 
464 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.532519  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1247  hypothetical protein  51.77 
 
 
452 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171773  normal  0.0628011 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4448  putative signal peptide protein  51 
 
 
454 aa  433  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.983302  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0797  putative signal peptide protein  49.65 
 
 
452 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19288  normal  0.532583 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4754  hypothetical protein  45.81 
 
 
451 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.512063  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1314  hypothetical protein  38.97 
 
 
415 aa  238  1e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0619252  normal  0.296506 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1141  hypothetical protein  35.56 
 
 
457 aa  238  2e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1112  hypothetical protein  35.56 
 
 
457 aa  237  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2070  hypothetical protein  36.68 
 
 
417 aa  232  1e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.927231 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0228  hypothetical protein  37.44 
 
 
390 aa  226  6e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.6 
 
 
769 aa  177  4e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.335084 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4437  hypothetical protein  32.27 
 
 
487 aa  153  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4473  putative signal peptide protein  44.57 
 
 
208 aa  146  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.193689 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4727  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  38.53 
 
 
1027 aa  133  9e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2777  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  45.38 
 
 
1372 aa  108  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.878054  decreased coverage  0.00575711 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1103  protein of unknown function DUF1555  27.45 
 
 
501 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.428306  normal  0.970899 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1074  protein of unknown function DUF1555  26.13 
 
 
501 aa  71.2  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1903  hypothetical protein  25.75 
 
 
494 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000927643 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2270  hypothetical protein  25.48 
 
 
486 aa  61.6  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.316441  normal 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49693  predicted protein  26.25 
 
 
525 aa  61.6  0.00000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4265  hypothetical protein  26.46 
 
 
429 aa  61.2  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.223589  normal  0.265147 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1211  hypothetical protein  23.91 
 
 
504 aa  60.1  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.816612  normal  0.530795 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4951  hypothetical protein  26.53 
 
 
438 aa  60.1  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0822619 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0365  hypothetical protein  25.26 
 
 
469 aa  56.2  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.058637  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1485  hypothetical protein  25.81 
 
 
490 aa  56.2  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1229  hypothetical protein  25.27 
 
 
438 aa  51.6  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1224  hypothetical protein  23.57 
 
 
472 aa  51.2  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4033  hypothetical protein  23.31 
 
 
512 aa  49.3  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.104579  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6147  hypothetical protein  26.3 
 
 
494 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2092  outer membrane autotransporter  23.34 
 
 
854 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.142102  normal  0.0191912 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3554  hypothetical protein  24.82 
 
 
466 aa  48.5  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3999  phytase  29.19 
 
 
1844 aa  47.8  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3529  hypothetical protein  24.04 
 
 
495 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0210661  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3233  hypothetical protein  23.1 
 
 
495 aa  46.2  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.827086 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2173  hypothetical protein  22.72 
 
 
491 aa  44.7  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.688585  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2577  hypothetical protein  22.74 
 
 
515 aa  44.7  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1041  hypothetical protein  23.92 
 
 
453 aa  44.3  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2391  hypothetical protein  27.05 
 
 
510 aa  43.5  0.007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0611  hypothetical protein  24.41 
 
 
470 aa  43.5  0.009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>