53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0797 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009668  Oant_4448  putative signal peptide protein  73.5 
 
 		 454 aa  680    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.983302  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0797  putative signal peptide protein  100 
 
 		 452 aa  917    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19288  normal  0.532583 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1247  hypothetical protein  65.04 
 
 		 452 aa  637    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171773  normal  0.0628011 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1100  hypothetical protein  65.49 
 
 		 452 aa  632  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4785  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  55.51 
 
 		 451 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.432202  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4103  hypothetical protein  55.07 
 
 		 451 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.901263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1841  hypothetical protein  53.71 
 
 		 451 aa  485  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5264  hypothetical protein  55.01 
 
 		 452 aa  484  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1793  putative signal peptide  55.93 
 
 		 448 aa  482  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11444 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3732  hypothetical protein  54.87 
 
 		 451 aa  481  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3903  hypothetical protein  54.76 
 
 		 451 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3317  periplasmic protein  55.08 
 
 		 473 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1319  hypothetical protein  55.45 
 
 		 452 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.135958 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0107  hypothetical protein  52.22 
 
 		 448 aa  458  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0438  hypothetical protein  52.12 
 
 		 448 aa  457  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1224  hypothetical protein  52.12 
 
 		 448 aa  457  1e-127  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0371  hypothetical protein  52.12 
 
 		 448 aa  457  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4733  hypothetical protein  54.14 
 
 		 454 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1723  hypothetical protein  52.86 
 
 		 464 aa  442  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.532519  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1281  hypothetical protein  49.64 
 
 		 458 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3050  hypothetical protein  49.17 
 
 		 458 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0828  hypothetical protein  43.05 
 
 		 441 aa  389  1e-107  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0751  hypothetical protein  43.05 
 
 		 441 aa  390  1e-107  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.767551  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4754  hypothetical protein  44.77 
 
 		 451 aa  361  1e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.512063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0228  hypothetical protein  41.48 
 
 		 390 aa  234  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1112  hypothetical protein  36.34 
 
 		 457 aa  228  2e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1141  hypothetical protein  36.13 
 
 		 457 aa  226  6e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1314  hypothetical protein  37.17 
 
 		 415 aa  217  4e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0619252  normal  0.296506 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2070  hypothetical protein  33.48 
 
 		 417 aa  208  2e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.927231 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.57 
 
 		 769 aa  189  5.999999999999999e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.335084 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4473  putative signal peptide protein  47.28 
 
 		 208 aa  169  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.193689 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4437  hypothetical protein  30.96 
 
 		 487 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4727  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  43.42 
 
 		 1027 aa  124  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2777  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.63 
 
 		 1372 aa  110  8.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.878054  decreased coverage  0.00575711 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4951  hypothetical protein  30.49 
 
 		 438 aa  65.1  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0822619 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1074  protein of unknown function DUF1555  26.75 
 
 		 501 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1103  protein of unknown function DUF1555  26.75 
 
 		 501 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.428306  normal  0.970899 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4265  hypothetical protein  25.39 
 
 		 429 aa  60.1  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.223589  normal  0.265147 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1903  hypothetical protein  25.52 
 
 		 494 aa  60.1  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000927643 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2270  hypothetical protein  28.63 
 
 		 486 aa  59.3  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.316441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49693  predicted protein  24.82 
 
 		 525 aa  58.9  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1211  hypothetical protein  28.25 
 
 		 504 aa  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.816612  normal  0.530795 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4033  hypothetical protein  26.88 
 
 		 512 aa  50.8  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.104579  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3999  phytase  32.1 
 
 		 1844 aa  50.4  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6147  hypothetical protein  28.65 
 
 		 494 aa  49.7  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2577  hypothetical protein  26.52 
 
 		 515 aa  48.5  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1224  hypothetical protein  25.93 
 
 		 472 aa  49.3  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1485  hypothetical protein  30.3 
 
 		 490 aa  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0365  hypothetical protein  27 
 
 		 469 aa  47.8  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.058637  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1822  hypothetical protein  27.49 
 
 		 451 aa  47.4  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.430536  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1229  hypothetical protein  30.07 
 
 		 438 aa  46.6  0.0009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2092  outer membrane autotransporter  29.55 
 
 		 854 aa  44.3  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.142102  normal  0.0191912 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3554  hypothetical protein  27.18 
 
 		 466 aa  43.5  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>