51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1319 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4785  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  83.81 
 
 
451 aa  787    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.432202  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1841  hypothetical protein  76.72 
 
 
451 aa  739    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3903  hypothetical protein  81.6 
 
 
451 aa  734    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4103  hypothetical protein  81.6 
 
 
451 aa  761    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.901263  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1319  hypothetical protein  100 
 
 
452 aa  918    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.135958 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1793  putative signal peptide  65.38 
 
 
448 aa  598  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11444 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5264  hypothetical protein  67.06 
 
 
452 aa  595  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3732  hypothetical protein  62.97 
 
 
451 aa  593  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4733  hypothetical protein  60.9 
 
 
454 aa  559  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1224  hypothetical protein  59.91 
 
 
448 aa  546  1e-154  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0371  hypothetical protein  59.91 
 
 
448 aa  546  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0107  hypothetical protein  60.63 
 
 
448 aa  543  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0438  hypothetical protein  59.47 
 
 
448 aa  541  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3050  hypothetical protein  61.81 
 
 
458 aa  535  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1281  hypothetical protein  61.1 
 
 
458 aa  531  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3317  periplasmic protein  59.23 
 
 
473 aa  486  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1100  hypothetical protein  55.82 
 
 
452 aa  480  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1247  hypothetical protein  54.63 
 
 
452 aa  474  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171773  normal  0.0628011 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4448  putative signal peptide protein  55.56 
 
 
454 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.983302  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0797  putative signal peptide protein  55.58 
 
 
452 aa  466  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19288  normal  0.532583 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1723  hypothetical protein  53.93 
 
 
464 aa  462  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.532519  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0751  hypothetical protein  47.79 
 
 
441 aa  417  9.999999999999999e-116  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.767551  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0828  hypothetical protein  47.79 
 
 
441 aa  417  9.999999999999999e-116  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4754  hypothetical protein  44.65 
 
 
451 aa  364  2e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.512063  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1314  hypothetical protein  38.54 
 
 
415 aa  223  7e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0619252  normal  0.296506 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0228  hypothetical protein  34.12 
 
 
390 aa  207  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1141  hypothetical protein  32.47 
 
 
457 aa  203  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1112  hypothetical protein  32.47 
 
 
457 aa  203  6e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2070  hypothetical protein  32.46 
 
 
417 aa  196  8.000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.927231 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0485  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.38 
 
 
769 aa  176  6e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.335084 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4473  putative signal peptide protein  47.67 
 
 
208 aa  165  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.193689 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4727  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  41.67 
 
 
1027 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4437  hypothetical protein  28.24 
 
 
487 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2777  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  40.82 
 
 
1372 aa  110  7.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.878054  decreased coverage  0.00575711 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49693  predicted protein  25.42 
 
 
525 aa  66.6  0.0000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4951  hypothetical protein  25.51 
 
 
438 aa  63.2  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0822619 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1211  hypothetical protein  23.85 
 
 
504 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.816612  normal  0.530795 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0365  hypothetical protein  27 
 
 
469 aa  58.5  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.058637  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4265  hypothetical protein  24.62 
 
 
429 aa  57  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.223589  normal  0.265147 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6147  hypothetical protein  27.56 
 
 
494 aa  55.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1103  protein of unknown function DUF1555  28.28 
 
 
501 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.428306  normal  0.970899 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0611  hypothetical protein  30.99 
 
 
470 aa  53.1  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1074  protein of unknown function DUF1555  27.74 
 
 
501 aa  51.2  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2391  hypothetical protein  25.76 
 
 
510 aa  50.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1903  hypothetical protein  28.67 
 
 
494 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000927643 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1224  hypothetical protein  25 
 
 
472 aa  45.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3554  hypothetical protein  24.86 
 
 
466 aa  45.1  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4876  hypothetical protein  26.38 
 
 
457 aa  45.1  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3999  phytase  24.52 
 
 
1844 aa  43.9  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1229  hypothetical protein  27.61 
 
 
438 aa  43.9  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03023  conserved hypothetical protein  23.91 
 
 
489 aa  43.1  0.01  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.386636 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>