234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0534 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0188  AFG1-family ATPase  85.03 
 
 		 394 aa  674    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176309  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0282  AFG1-like ATPase  92.88 
 
 		 393 aa  728    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0649883 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0534  AFG1-like ATPase  100 
 
 		 393 aa  805    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0391  AFG1 family ATPase  73.86 
 
 		 393 aa  598  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.310283  normal  0.309124 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0195  AFG1-like ATPase  79.08 
 
 		 397 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0418  AFG1-like ATPase  72.7 
 
 		 394 aa  561  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0205439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0546  AFG1-like ATPase  73.91 
 
 		 394 aa  554  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.420567  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2159  AFG1 family ATPase  59.39 
 
 		 397 aa  428  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.54766 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1121  AFG1-family ATPase  60.05 
 
 		 416 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0133658  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0870  AFG1-family ATPase  58.16 
 
 		 404 aa  414  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0474  AFG1 family ATPase  57.11 
 
 		 395 aa  410  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.756994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2673  AFG1 family ATPase  57.8 
 
 		 410 aa  410  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00261734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3602  AFG1 family ATPase  54.69 
 
 		 390 aa  406  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.417048  normal  0.374924 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0934  AFG1 family ATPase  58.14 
 
 		 404 aa  395  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.204607 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2500  AFG1-family ATPase  52.93 
 
 		 395 aa  397  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.727024 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0895  AFG1-family ATPase  58.4 
 
 		 404 aa  397  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0929  AFG1 family ATPase  54.13 
 
 		 387 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1929  hypothetical protein  54.28 
 
 		 387 aa  390  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1857  hypothetical protein  53.74 
 
 		 403 aa  387  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2945  AFG1 family ATPase  53.68 
 
 		 409 aa  379  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4130  hypothetical protein  53.93 
 
 		 387 aa  375  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3975  AFG1-family ATPase  51.06 
 
 		 387 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.742054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3394  AFG1-like ATPase  54.05 
 
 		 392 aa  374  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3686  AFG1-family ATPase  50.4 
 
 		 386 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.894577 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1448  AFG1 family ATPase  53.55 
 
 		 373 aa  342  9e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0021  AFG1 family ATPase  46.35 
 
 		 403 aa  329  4e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2833  AFG1 family ATPase  46.68 
 
 		 381 aa  322  5e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4843  AFG1 family ATPase  49.2 
 
 		 372 aa  310  4e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.826609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1302  AFG1 family ATPase  48.8 
 
 		 372 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2117  AFG1-family ATPase  45.19 
 
 		 404 aa  300  3e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1626  AFG1 family ATPase  48.53 
 
 		 371 aa  295  8e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.536704  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1989  AFG1 family ATPase  43.75 
 
 		 368 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.120229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0112  AFG1-family ATPase  45.82 
 
 		 389 aa  290  2e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1208  AFG1-like ATPase  42.67 
 
 		 382 aa  281  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0056  AFG1-like ATPase  44.78 
 
 		 358 aa  281  1e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2324  AFG1-like ATPase  45.17 
 
 		 377 aa  275  1.0000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2232  AFG1-like ATPase  45.14 
 
 		 379 aa  271  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.860244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1349  hypothetical protein  41.27 
 
 		 358 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.765478  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2174  AFG1-family ATPase  41.73 
 
 		 366 aa  263  3e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0954  AFG1 family ATPase  42.63 
 
 		 360 aa  263  3e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.31762  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2541  AFG1-family ATPase  41.8 
 
 		 371 aa  262  8e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.538898  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0017  AFG1 family ATPase  41 
 
 		 358 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.761776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1591  AFG1 family ATPase  39.13 
 
 		 360 aa  261  2e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.594153  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2673  AFG1-like ATPase  42.11 
 
 		 354 aa  260  4e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2856  AFG1-like ATPase  40.87 
 
 		 371 aa  259  6e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.555037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3245  AFG1 family ATPase  41.35 
 
 		 365 aa  257  3e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.090067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0007  AFG1 family ATPase  40.72 
 
 		 358 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000720762 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0102  hypothetical protein  39.52 
 
 		 367 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000023398  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2208  AFG1-like ATPase  39.59 
 
 		 391 aa  250  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0336644  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2880  AFG1 family ATPase  41.6 
 
 		 366 aa  249  8e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.549688 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0843  AFG1 family ATPase  39.89 
 
 		 367 aa  248  1e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2401  AFG1 family ATPase  40.27 
 
 		 366 aa  247  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.125095 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0204  AFG1-family ATPase  38.67 
 
 		 366 aa  247  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.667612  normal  0.823216 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00880  hypothetical protein  38.54 
 
 		 367 aa  247  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1859  AFG1 family ATPase  39.58 
 
 		 367 aa  248  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03176  ATPase, AFG1 family protein  38.81 
 
 		 365 aa  246  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0995  AFG1-family ATPase  39.47 
 
 		 367 aa  247  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000410235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004512  putative ATPase  38.77 
 
 		 367 aa  246  4.9999999999999997e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000122216  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0551  AFG1-like ATPase  38.48 
 
 		 368 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000457757  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03824  ATPase  39.13 
 
 		 361 aa  245  9.999999999999999e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2047  AFG1-like ATPase  40.37 
 
 		 365 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0831727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1903  AFG1-family ATPase  39.73 
 
 		 367 aa  243  6e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0334  AFG1 family ATPase  40.58 
 
 		 372 aa  242  6e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1825  AFG1 family ATPase  39.73 
 
 		 367 aa  243  6e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0895  AFG1 family ATPase  39.08 
 
 		 364 aa  242  7e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1487  AFG1 family ATPase  39.21 
 
 		 365 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00037297 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4652  AFG1-like ATPase  38.74 
 
 		 383 aa  242  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.49278  normal  0.23421 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1031  AFG1-like ATPase  39.21 
 
 		 365 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.28938  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1511  AFG1 family ATPase  39.21 
 
 		 365 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.30464  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3496  AFG1 family ATPase  39.02 
 
 		 367 aa  241  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.170583  normal  0.858132 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0731  AFG1 family ATPase  38.73 
 
 		 370 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000798254  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1393  AFG1 family ATPase  38.68 
 
 		 365 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0701  AFG1 family ATPase  38.73 
 
 		 370 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000196074  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0722  AFG1-family ATPase  38.73 
 
 		 370 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000182538  hitchhiker  0.000146709 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03092  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  37.17 
 
 		 375 aa  239  4e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00364755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0474  AFG1 family ATPase  37.17 
 
 		 375 aa  239  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000625697  normal  0.126668 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03043  hypothetical protein  37.17 
 
 		 375 aa  239  4e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00168064  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1406  AFG1 family ATPase  36.31 
 
 		 372 aa  239  4e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0829352 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3421  AFG1 family ATPase  37.17 
 
 		 375 aa  239  4e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000090092  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3798  AFG1-family ATPase  37.63 
 
 		 376 aa  239  4e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000375047  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3653  AFG1 family ATPase  38.73 
 
 		 370 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000093907  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2697  AFG1 family ATPase  37.57 
 
 		 377 aa  239  5e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5010  hypothetical protein  38.87 
 
 		 364 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.991717  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13020  hypothetical protein  37.04 
 
 		 374 aa  239  5.999999999999999e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.643406  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0474  AFG1-family ATPase  37.87 
 
 		 375 aa  239  8e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000087327  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3544  ATPase, AFG1 family  37.87 
 
 		 375 aa  239  8e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306426  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4549  ATPase, AFG1 family  37.87 
 
 		 375 aa  239  8e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000104108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2809  putative ATPase, AFG1-like  39.21 
 
 		 365 aa  239  9e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.735018  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3706  AFG1 family ATPase  39.21 
 
 		 374 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00969037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0298  AFG1-family ATPase  37.5 
 
 		 383 aa  238  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000565805  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0523  AFG1 family ATPase  37.6 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000232389  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2318  AFG1-like ATPase  38.95 
 
 		 365 aa  238  2e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.90089  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2621  AFG1-like ATPase  38.99 
 
 		 367 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57650  hypothetical protein  38.61 
 
 		 364 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.994085 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1135  hypothetical protein  37.6 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3976  AFG1 family ATPase  38.89 
 
 		 371 aa  238  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.605596  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0458  ATPase, AFG1 family protein  37.6 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000213862  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3941  hypothetical protein  38.2 
 
 		 370 aa  237  3e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2665  hypothetical protein  37.37 
 
 		 368 aa  237  3e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00155012  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2044  AFG1-like ATPase  38.68 
 
 		 365 aa  237  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.136156  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>