38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1858 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1858  ornithine cyclodeaminase  100 
 
 		 394 aa  768    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.161292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1673  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  51.54 
 
 		 337 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1206  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  57.94 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2960  pyridoxal-phosphate dependent enzyme family/ornithine cyclodeaminase family protein  54.68 
 
 		 707 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.76325  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0340  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  48.06 
 
 		 344 aa  127  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2745  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit:ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  56.59 
 
 		 685 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.278132  normal  0.0380808 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1883  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  54.46 
 
 		 341 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.224909  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3075  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  53.64 
 
 		 344 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1864  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  47.79 
 
 		 332 aa  98.6  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3876  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  51.61 
 
 		 335 aa  91.3  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0804038  normal  0.0484159 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0367  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  50 
 
 		 333 aa  90.9  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0432436 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0104  ornithine cyclodeaminase  40 
 
 		 336 aa  75.9  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0246437  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0108  ornithine cyclodeaminase  40 
 
 		 336 aa  75.9  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00211883  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0589  ornithine cyclodeaminase  45.45 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6949  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  47.42 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00875  ornithine cyclodeaminase protein  40 
 
 		 340 aa  70.9  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0180159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1116  ornithine cyclodeaminase  38.68 
 
 		 355 aa  70.5  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00262553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1274  alanine dehydrogenase  27.93 
 
 		 326 aa  54.7  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2639  Ornithine cyclodeaminase  31.53 
 
 		 320 aa  52.8  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1184  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  33.61 
 
 		 334 aa  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0433932  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3168  ornithine cyclodeaminase  31.62 
 
 		 411 aa  50.8  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3998  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  29.03 
 
 		 321 aa  50.4  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0238  L-alanine dehydrogenase  31.48 
 
 		 319 aa  49.7  0.00009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_140  ornithine cyclodeaminase  28.83 
 
 		 319 aa  49.7  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0713  alanine dehydrogenase  29.13 
 
 		 324 aa  48.9  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0461  ornithine cyclodeaminase  29.91 
 
 		 382 aa  48.5  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1928  ornithine cyclodeaminase  32.17 
 
 		 324 aa  48.9  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3763  ornithine cyclodeaminase  38.24 
 
 		 383 aa  47.8  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.249055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1590  ornithine cyclodeaminase  30.77 
 
 		 379 aa  46.6  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3192  alanine dehydrogenase  28.3 
 
 		 326 aa  46.6  0.0008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.897841  hitchhiker  0.00412741 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1639  Ornithine cyclodeaminase  27.87 
 
 		 338 aa  46.6  0.0008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4593  ornithine cyclodeaminase  33.77 
 
 		 373 aa  46.2  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1530  ornithine cyclodeaminase  31.53 
 
 		 314 aa  45.1  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0391409  normal  0.275704 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1840  ornithine cyclodeaminase  36.76 
 
 		 379 aa  44.7  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0192  ornithine cyclodeaminase  28.71 
 
 		 316 aa  45.1  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0057728  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3516  ornithine cyclodeaminase  38.46 
 
 		 379 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179563  normal  0.283604 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2310  ornithine cyclodeaminase  31.03 
 
 		 357 aa  43.1  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1351  ornithine cyclodeaminase  29.81 
 
 		 326 aa  42.7  0.01  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0591538  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>