100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1630 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1630  hypothetical protein  100 
 
 		 68 aa  140  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.334739 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4212  integrase catalytic subunit  67.65 
 
 		 301 aa  89.7  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.955324  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6426  integrase catalytic region  66.18 
 
 		 301 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6463  integrase catalytic region  66.18 
 
 		 301 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.666389 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3162  integrase catalytic subunit  58.82 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116464  normal  0.334205 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3846  integrase catalytic subunit  58.82 
 
 		 301 aa  77.8  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02392  ISPsy21, transposase OrfB  55.88 
 
 		 257 aa  77.8  0.00000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.406166  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02252  ISPsy21, transposase OrfB  55.88 
 
 		 228 aa  77.8  0.00000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03920  ISPsy21, transposase OrfB  55.88 
 
 		 170 aa  77.4  0.00000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.67034  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4707  hypothetical protein  60.29 
 
 		 102 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9838  transposase  58.82 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9898  transposase  58.82 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2120  integrase, catalytic region  57.35 
 
 		 301 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.824405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1572  integrase, catalytic region  57.35 
 
 		 301 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3476  hypothetical protein  50 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.184573 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1286  hypothetical protein  57.35 
 
 		 185 aa  65.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.350643  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2709  integrase catalytic subunit  50 
 
 		 299 aa  64.3  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2937  integrase catalytic subunit  50 
 
 		 299 aa  64.3  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  0.799386 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3736  integrase catalytic region  46.27 
 
 		 301 aa  61.6  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3705  integrase catalytic region  46.27 
 
 		 301 aa  61.6  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7786  hypothetical protein  54.9 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0016591  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3889  hypothetical protein  45.21 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4791  IS1203 transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.2388 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1141  integrase catalytic region  43.75 
 
 		 183 aa  52.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.555646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0291  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.638063 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1170  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.728097  normal  0.563398 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1178  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3232  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.312429  hitchhiker  0.000944743 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1657  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000216946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2286  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.292769  hitchhiker  5.1383e-16 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3386  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3516  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0367503 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3874  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.816642 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4591  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.987029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4771  IS1203 transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.220432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5725  integrase catalytic region  43.28 
 
 		 303 aa  52  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2789  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.194228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2843  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.69714 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2932  IS629, transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.529947  hitchhiker  0.00000000000000217145 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1379  IS629, transposase orfB  44.12 
 
 		 295 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.822294  normal  0.0945096 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1303  IS629, transposase orfB  44.12 
 
 		 295 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1240  IS1203 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  51.2  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.605  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2680  IS629, transposase orfB  44.12 
 
 		 295 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00648038  normal  0.0200158 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0102  IS629, transposase orfB  44.12 
 
 		 295 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.147873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1795  transposase  38.24 
 
 		 125 aa  51.6  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.246406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0221  IS629 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  51.2  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0208  IS629 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  51.2  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0297  IS629 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  51.2  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000478745  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1664  IS1203 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  51.2  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2820  Integrase catalytic region  38.03 
 
 		 304 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0035  IS629, transposase orfB  44.12 
 
 		 295 aa  51.2  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2665  transposase  44.12 
 
 		 229 aa  51.2  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000236219 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2258  IS629 transposase orfB  44.44 
 
 		 296 aa  51.2  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0041  IS629, transposase orfB  44.12 
 
 		 295 aa  50.8  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1426  Integrase catalytic region  39.71 
 
 		 304 aa  50.8  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0450418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0907  integrase catalytic subunit  40.3 
 
 		 304 aa  50.4  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0102  IS629 transposase orfB  42.65 
 
 		 295 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0471323  hitchhiker  0.000157883 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1924  IS629 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.454462  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0988  IS629 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1592  IS629 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4642  IS629 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.835933  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4763  IS1203 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0134  IS629 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0231  IS1203 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0117658  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0247  IS629 transposase orfB  43.06 
 
 		 296 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.45525  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1216  Integrase catalytic region  44.59 
 
 		 311 aa  47.4  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2492  IS629, transposase orfB  44.93 
 
 		 295 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5555  integrase catalytic region  44.9 
 
 		 284 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2977  Tn4652, transposase subunit B  40.28 
 
 		 301 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0735  ISMca3, transposase, OrfB  46.94 
 
 		 282 aa  45.4  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.990065  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1896  ISMca3, transposase, OrfB  46.94 
 
 		 282 aa  45.4  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5344  integrase catalytic region  44.9 
 
 		 284 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.438366  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4441  integrase catalytic region  44.9 
 
 		 284 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5064  integrase catalytic region  44.9 
 
 		 284 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2390  hypothetical protein  75 
 
 		 86 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.116947 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2169  Integrase catalytic region  38.96 
 
 		 309 aa  45.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401099  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4732  Integrase catalytic region  38.96 
 
 		 309 aa  45.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4701  Integrase catalytic region  38.96 
 
 		 309 aa  45.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4663  Integrase catalytic region  38.96 
 
 		 309 aa  45.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3614  Integrase catalytic region  38.96 
 
 		 309 aa  45.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2811  Integrase catalytic region  38.96 
 
 		 309 aa  45.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.675485  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2615  Integrase catalytic region  38.96 
 
 		 309 aa  45.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3430  Integrase catalytic region  38.96 
 
 		 309 aa  43.5  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5204  integrase catalytic subunit  41.18 
 
 		 282 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184454  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5122  integrase catalytic subunit  41.18 
 
 		 282 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2895  Integrase catalytic region  35.14 
 
 		 312 aa  40.8  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3301  Integrase catalytic region  35.14 
 
 		 312 aa  40.8  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.408224  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1501  Integrase catalytic region  32.47 
 
 		 322 aa  40.8  0.007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1173  Integrase catalytic region  33.77 
 
 		 322 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2588  Integrase catalytic region  33.77 
 
 		 322 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0819  Integrase catalytic region  33.77 
 
 		 322 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2658  Integrase catalytic region  33.77 
 
 		 322 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2801  Integrase catalytic region  33.77 
 
 		 322 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0160717  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0737  Integrase catalytic region  33.77 
 
 		 322 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1177  Integrase catalytic region  33.77 
 
 		 322 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0367  Integrase catalytic region  33.77 
 
 		 322 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4660  Integrase catalytic region  33.77 
 
 		 322 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0364  Integrase catalytic region  33.77 
 
 		 322 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3255  Integrase catalytic region  39.22 
 
 		 283 aa  40.4  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1739  Integrase catalytic region  33.77 
 
 		 322 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0682469  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>