37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0688 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0688  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 110 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6814  transcriptional regulator, XRE family  60.64 
 
 		 102 aa  114  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.745896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5804  XRE family transcriptional regulator  72.34 
 
 		 101 aa  110  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.365754  normal  0.0338567 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1547  XRE family transcriptional regulator  62.77 
 
 		 102 aa  93.2  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.358445  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04053  Transcriptional Regulator, XRE family protein  36.62 
 
 		 106 aa  55.1  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0549  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 103 aa  55.1  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3350  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3247  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4900  hypothetical protein  38.24 
 
 		 105 aa  51.6  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978216  normal  0.040659 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3380  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 115 aa  50.4  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.738813  hitchhiker  0.00256975 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1872  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 115 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.765913  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4570  XRE family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 99 aa  48.9  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.27714 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1125  XRE family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  40.62 
 
 		 383 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3478  XRE family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 115 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0022624 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0752  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 102 aa  45.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.596173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4620  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 177 aa  44.3  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.157225  normal  0.499919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4487  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 177 aa  44.3  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.181354  normal  0.422127 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3689  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 117 aa  44.3  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.18369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 187 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2252  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 100 aa  43.9  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00411497  normal  0.680338 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1622  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 100 aa  43.9  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01906  hypothetical protein  41.18 
 
 		 180 aa  43.9  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.610922  normal  0.293874 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4373  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 123 aa  43.9  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00851296  normal  0.949544 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3922  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.93 
 
 		 118 aa  43.9  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0777  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 83 aa  42.7  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000109093  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2159  hypothetical protein  35.23 
 
 		 198 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 		 90 aa  42  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 81 aa  41.6  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 806 aa  42  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 177 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 406 aa  40.8  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5431  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 110 aa  40.8  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716387  normal  0.867638 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 91 aa  40.8  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 177 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  36.76 
 
 		 212 aa  40.4  0.008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>