More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1828 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1828  Prephenate dehydrogenase  100 
 
 
297 aa  602  1.0000000000000001e-171  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1620  Prephenate dehydrogenase  34.77 
 
 
270 aa  180  2e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.908357  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2114  prephenate dehydrogenase  40.57 
 
 
285 aa  165  9e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1203  prephenate dehydrogenase  33.58 
 
 
280 aa  159  4e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1150  Prephenate dehydrogenase  36.27 
 
 
367 aa  157  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  36.1 
 
 
291 aa  156  4e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0337  Prephenate dehydrogenase  36.86 
 
 
295 aa  155  5.0000000000000005e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000139074 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  34.32 
 
 
293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  34.32 
 
 
293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  32.17 
 
 
286 aa  150  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  33.45 
 
 
364 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1311  Prephenate dehydrogenase  30.51 
 
 
293 aa  150  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000231 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  33.46 
 
 
286 aa  149  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  32.98 
 
 
289 aa  149  8e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  30.25 
 
 
286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1040  prephenate dehydrogenase  35.66 
 
 
370 aa  147  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0214321 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0900  prephenate dehydrogenase  33.79 
 
 
301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.25 
 
 
312 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1022  Prephenate dehydrogenase  33.57 
 
 
291 aa  146  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.108849  unclonable  0.0000000000327113 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3122  prephenate dehydrogenase  32.73 
 
 
300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0305088 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  32.62 
 
 
290 aa  146  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.95 
 
 
314 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  33.56 
 
 
290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  35.21 
 
 
364 aa  145  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1540  Prephenate dehydrogenase  32.04 
 
 
285 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.76 
 
 
311 aa  144  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  32.88 
 
 
319 aa  144  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.1 
 
 
307 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0928  prephenate dehydrogenase  33.79 
 
 
296 aa  143  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582282  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1150  prephenate dehydrogenase  32.4 
 
 
299 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0141038  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  32.17 
 
 
288 aa  143  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1248  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.34 
 
 
770 aa  143  4e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.0192474 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.24 
 
 
311 aa  142  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  32.28 
 
 
286 aa  142  7e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3085  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.29 
 
 
319 aa  142  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0962  prephenate dehydrogenase  32.73 
 
 
293 aa  142  8e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  32.74 
 
 
288 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.61 
 
 
313 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3579  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.71 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  30.77 
 
 
286 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0440  prephenate dehydrogenase  30.74 
 
 
301 aa  139  6e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.29 
 
 
742 aa  139  7e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  30 
 
 
311 aa  139  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.62 
 
 
321 aa  138  8.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2467  prephenate dehydrogenase  32.73 
 
 
294 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.200219 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.27 
 
 
321 aa  138  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1426  prephenate dehydrogenase  28.67 
 
 
280 aa  138  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000102552  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1874  prephenate dehydrogenase  31.71 
 
 
313 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1184  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.51 
 
 
778 aa  137  2e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1616  Prephenate dehydrogenase  33.82 
 
 
293 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.74 
 
 
308 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1393  Prephenate dehydrogenase  32.73 
 
 
294 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.01 
 
 
746 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  32.99 
 
 
293 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  30 
 
 
320 aa  136  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2100  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.97 
 
 
310 aa  136  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  30.91 
 
 
287 aa  136  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.14 
 
 
314 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1791  prephenate dehydrogenase  32.87 
 
 
292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108335 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  36.57 
 
 
295 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.11 
 
 
313 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  28.47 
 
 
313 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.55 
 
 
313 aa  134  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2242  prephenate dehydrogenase  30.88 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1206  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.29 
 
 
780 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.610993 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0692  prephenate dehydrogenase  30.42 
 
 
368 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  35.55 
 
 
308 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  33.94 
 
 
286 aa  132  6e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1568  prephenate dehydrogenase  30.6 
 
 
290 aa  132  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.513698  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2794  prephenate dehydrogenase  31.67 
 
 
292 aa  132  9e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146158 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1162  prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1584  prephenate dehydrogenase  32.99 
 
 
317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.406004 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  31.07 
 
 
307 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0393  arogenate dehydrogenase  30.8 
 
 
313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0833829  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  32.18 
 
 
312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  35.16 
 
 
322 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0497  prephenate dehydrogenase  30.17 
 
 
293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0756332  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6542  Prephenate dehydrogenase  32.63 
 
 
285 aa  129  8.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  31.54 
 
 
334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.56 
 
 
746 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2857  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.28 
 
 
748 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0613537  hitchhiker  0.0000000406549 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3004  Prephenate dehydrogenase  35.52 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.548838  normal  0.0491743 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3737  Prephenate dehydrogenase  32.62 
 
 
356 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0795194 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  30 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.23 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.21 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  34.77 
 
 
329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  31.25 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.8 
 
 
746 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  34.77 
 
 
329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1358  Prephenate dehydrogenase  31.01 
 
 
290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.329341  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1748  prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase family protein  30.56 
 
 
535 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0692741  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1035  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.15 
 
 
310 aa  126  6e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  35.74 
 
 
298 aa  125  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  30.07 
 
 
297 aa  125  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0979  prephenate dehydrogenase  34.63 
 
 
310 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1770  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  29.72 
 
 
746 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151149  normal  0.0620649 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  35.14 
 
 
292 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4722  prephenate dehydrogenase  30.69 
 
 
292 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  28.92 
 
 
301 aa  124  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>