More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0047 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0047  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 359 aa  728    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0778  3-dehydroquinate synthase  48.74 
 
 		 363 aa  331  1e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.173055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  48.75 
 
 		 359 aa  329  4e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  48.04 
 
 		 361 aa  324  2e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0376  3-dehydroquinate synthase  48.32 
 
 		 358 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00801427  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  48.6 
 
 		 359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  47.5 
 
 		 361 aa  320  3.9999999999999996e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  48.75 
 
 		 358 aa  317  2e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  47.22 
 
 		 366 aa  316  4e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  48.02 
 
 		 359 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0164  3-dehydroquinate synthase  48.04 
 
 		 356 aa  313  2.9999999999999996e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.300731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  47.77 
 
 		 358 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4264  3-dehydroquinate synthase  48.75 
 
 		 358 aa  311  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00482631  normal  0.106006 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  48.17 
 
 		 361 aa  311  1e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  49.26 
 
 		 368 aa  310  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  47.49 
 
 		 358 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  47.63 
 
 		 358 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  47.49 
 
 		 358 aa  310  4e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  46.37 
 
 		 359 aa  309  5e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  48.32 
 
 		 363 aa  308  8e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  48.74 
 
 		 370 aa  308  8e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  47.63 
 
 		 359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  47.63 
 
 		 359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  47.63 
 
 		 359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  47.63 
 
 		 359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  47.63 
 
 		 359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  47.63 
 
 		 359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07371  3-dehydroquinate synthase  44.17 
 
 		 363 aa  308  1.0000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0682  3-dehydroquinate synthase  44.17 
 
 		 363 aa  308  1.0000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.833789  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  48.68 
 
 		 358 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07351  3-dehydroquinate synthase  43.89 
 
 		 363 aa  308  1.0000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.374407  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  47.63 
 
 		 359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  47.21 
 
 		 358 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  46.65 
 
 		 359 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  46.44 
 
 		 354 aa  306  3e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  46.11 
 
 		 366 aa  306  3e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  47.78 
 
 		 359 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  47.5 
 
 		 359 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  46.37 
 
 		 359 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  47.89 
 
 		 366 aa  306  4.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0339  3-dehydroquinate synthase  47.34 
 
 		 361 aa  306  5.0000000000000004e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  45.81 
 
 		 359 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  47.5 
 
 		 359 aa  305  7e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  45.66 
 
 		 359 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  46.8 
 
 		 358 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00509  3-dehydroquinate synthase  48.03 
 
 		 350 aa  305  1.0000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0026349  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0679  3-dehydroquinate synthase  49.85 
 
 		 372 aa  304  2.0000000000000002e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  49.26 
 
 		 368 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  47.5 
 
 		 359 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  47.5 
 
 		 359 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  45.25 
 
 		 359 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  47.22 
 
 		 359 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  47.97 
 
 		 373 aa  303  3.0000000000000004e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4604  3-dehydroquinate synthase  47.34 
 
 		 366 aa  302  5.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000760296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0261  3-dehydroquinate synthase  48.46 
 
 		 361 aa  302  5.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0707014  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  48.67 
 
 		 361 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20809  3-dehydroquinate synthase  45.51 
 
 		 431 aa  302  7.000000000000001e-81  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1146  3-dehydroquinate synthase  48.88 
 
 		 370 aa  301  8.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  47.66 
 
 		 368 aa  300  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  45.21 
 
 		 362 aa  300  2e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  48.38 
 
 		 361 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  48.19 
 
 		 367 aa  301  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3792  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0348959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 362 aa  299  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  47.48 
 
 		 368 aa  300  4e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2926  3-dehydroquinate synthase  47.34 
 
 		 368 aa  299  4e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  48.6 
 
 		 367 aa  299  5e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  48.52 
 
 		 367 aa  299  5e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0786  3-dehydroquinate synthase  44.85 
 
 		 360 aa  299  6e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0410044  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  48.52 
 
 		 367 aa  298  7e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0610  3-dehydroquinate synthase  48.06 
 
 		 370 aa  298  9e-80  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0691  3-dehydroquinate synthase  47.78 
 
 		 370 aa  298  1e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  47.78 
 
 		 376 aa  298  1e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0787  3-dehydroquinate synthase  47.9 
 
 		 388 aa  298  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  47.9 
 
 		 365 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  48.84 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3965  3-dehydroquinate synthase  47.63 
 
 		 362 aa  297  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000154886  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0226  3-dehydroquinate synthase  47.63 
 
 		 362 aa  297  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000635548  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3726  3-dehydroquinate synthase  47.63 
 
 		 362 aa  297  2e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000354309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0296  3-dehydroquinate synthase  47.78 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 365 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  47.97 
 
 		 362 aa  295  8e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03241  3-dehydroquinate synthase  48.45 
 
 		 362 aa  294  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00972152  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0324  3-dehydroquinate synthase  48.45 
 
 		 362 aa  295  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000234732  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3859  3-dehydroquinate synthase  48.45 
 
 		 362 aa  294  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000380736  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03193  hypothetical protein  48.45 
 
 		 362 aa  294  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00984736  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  47.34 
 
 		 365 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0324  3-dehydroquinate synthase  48.45 
 
 		 362 aa  294  2e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000222856  normal  0.122437 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0978  3-dehydroquinate synthase  48.86 
 
 		 360 aa  294  2e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.105687  normal  0.163627 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  47.34 
 
 		 376 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4693  3-dehydroquinate synthase  48.45 
 
 		 362 aa  294  2e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3585  3-dehydroquinate synthase  48.18 
 
 		 362 aa  293  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000415284  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3665  3-dehydroquinate synthase  48.45 
 
 		 362 aa  294  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000293166  normal  0.0474633 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3882  3-dehydroquinate synthase  47.34 
 
 		 361 aa  293  3e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0261483  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  47.37 
 
 		 368 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  47.35 
 
 		 366 aa  293  4e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  46.61 
 
 		 373 aa  293  4e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>