45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3428 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3428  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 180 aa  350  4e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3452  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  69.49 
 
 		 206 aa  231  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159409  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3097  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  68.93 
 
 		 206 aa  230  8.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.739132  normal  0.502747 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  68.75 
 
 		 177 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.366338 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4929  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  32.1 
 
 		 201 aa  64.3  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.371415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.17 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0996  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.59 
 
 		 168 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2322  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  30 
 
 		 168 aa  59.7  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31669  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1607  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.61 
 
 		 168 aa  59.3  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0881746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3878  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.68 
 
 		 183 aa  58.2  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0524  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.16 
 
 		 172 aa  54.3  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1608  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.67 
 
 		 169 aa  53.9  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.37 
 
 		 176 aa  51.6  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1940  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.87 
 
 		 222 aa  51.2  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80655 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2930  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.32 
 
 		 178 aa  50.4  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5035  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.04 
 
 		 183 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1778  hypothetical protein  30.63 
 
 		 200 aa  48.9  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442336  normal  0.0573301 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0610  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.78 
 
 		 184 aa  48.9  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.809519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3805  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.3 
 
 		 196 aa  48.9  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.969823 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.12 
 
 		 230 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1412  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.55 
 
 		 178 aa  47.8  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.210554  normal  0.0626613 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.6 
 
 		 241 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4620  hypothetical protein  29.61 
 
 		 199 aa  46.6  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.317809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0190  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.67 
 
 		 176 aa  46.2  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1773  hypothetical protein  26.53 
 
 		 169 aa  46.6  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.110118 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1036  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.38 
 
 		 181 aa  45.8  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.965838  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.6 
 
 		 241 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1553  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.5 
 
 		 200 aa  45.4  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.58 
 
 		 167 aa  45.1  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2812  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.92 
 
 		 183 aa  45.1  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2076  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.14 
 
 		 168 aa  45.1  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.380977  normal  0.312464 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0408  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.46 
 
 		 175 aa  45.1  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1549  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like protein  27.22 
 
 		 165 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1242  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.05 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000810509  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.28 
 
 		 182 aa  43.9  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0557  hypothetical protein  28.12 
 
 		 216 aa  43.5  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3569  hypothetical protein  24.68 
 
 		 182 aa  43.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.549682 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3298  hypothetical protein  32.61 
 
 		 177 aa  43.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.684263 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1781  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.77 
 
 		 197 aa  42.7  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000929504 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2658  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.88 
 
 		 185 aa  42  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4737  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.04 
 
 		 172 aa  41.6  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.222644  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1985  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.71 
 
 		 190 aa  41.6  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.399446  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2528  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.12 
 
 		 183 aa  41.2  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.146735 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2215  tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component, putative  30.07 
 
 		 145 aa  41.2  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0131371  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.36 
 
 		 187 aa  40.8  0.01  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>