50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4929 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4929  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  100 
 
 		 201 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.371415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3452  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  35.39 
 
 		 206 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159409  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3097  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.16 
 
 		 206 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.739132  normal  0.502747 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2338  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.67 
 
 		 169 aa  73.2  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.613317 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1376  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  33.54 
 
 		 169 aa  72.8  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2484  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.03 
 
 		 169 aa  72.4  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.01974 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3428  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.1 
 
 		 180 aa  72  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.78 
 
 		 177 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.366338 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1412  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.32 
 
 		 178 aa  65.5  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.210554  normal  0.0626613 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1608  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  37.76 
 
 		 169 aa  62  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0524  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.28 
 
 		 172 aa  60.8  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.23 
 
 		 176 aa  57.8  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3265  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.4 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.22 
 
 		 159 aa  55.5  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1036  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.72 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.965838  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3714  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.12 
 
 		 169 aa  54.7  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00000556878  n/a   
 
 
 
NC_010086  Bmul_3680  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.79 
 
 		 192 aa  53.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340738  normal  0.343344 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2076  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.63 
 
 		 168 aa  53.9  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.380977  normal  0.312464 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4121  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.7 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2261  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.34 
 
 		 194 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115661  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1025  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.22 
 
 		 185 aa  53.1  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.045195  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1875  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  30.14 
 
 		 183 aa  52.4  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00459438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1773  hypothetical protein  33.06 
 
 		 169 aa  52  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.110118 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2114  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.12 
 
 		 194 aa  51.6  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4737  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.82 
 
 		 172 aa  51.2  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.222644  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3654  TRAP transporter DctQ family protein  27.68 
 
 		 170 aa  49.7  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.724435 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3233  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26 
 
 		 191 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0557  hypothetical protein  26.35 
 
 		 216 aa  47.8  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0643  hypothetical protein  26.25 
 
 		 170 aa  47.4  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0648569 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3619  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.44 
 
 		 198 aa  47.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.479611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6042  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  26.49 
 
 		 188 aa  46.2  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0220277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.08 
 
 		 171 aa  45.8  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4620  hypothetical protein  27.95 
 
 		 199 aa  45.8  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.317809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5945  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.62 
 
 		 195 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0274895  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0697  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.18 
 
 		 187 aa  44.7  0.0008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.940748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.57 
 
 		 230 aa  45.1  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5227  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.25 
 
 		 195 aa  45.1  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3545  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.97 
 
 		 188 aa  44.3  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.940799 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1455  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.92 
 
 		 167 aa  44.7  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.451867  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.57 
 
 		 167 aa  43.9  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.77 
 
 		 187 aa  43.1  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2934  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.83 
 
 		 187 aa  43.9  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.65832 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0330  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  26.95 
 
 		 180 aa  43.1  0.003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.17 
 
 		 180 aa  42.7  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2786  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.52 
 
 		 222 aa  42.4  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.478705  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2138  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.33 
 
 		 180 aa  42.4  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000455407  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1242  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.38 
 
 		 201 aa  42  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000810509  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1575  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.81 
 
 		 222 aa  42  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30 
 
 		 168 aa  42  0.006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30 
 
 		 241 aa  41.2  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>