51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4620 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4620  hypothetical protein  100 
 
 		 199 aa  400  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.317809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0113  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  44.71 
 
 		 219 aa  139  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.139035  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0557  hypothetical protein  39.66 
 
 		 216 aa  125  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1734  hypothetical protein  28.12 
 
 		 210 aa  99.4  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0606  hypothetical protein  31.61 
 
 		 188 aa  94.7  8e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3154  TRAP transporter-DctQ subunit putative  35.71 
 
 		 182 aa  90.9  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2568  TRAP transporter, transmembrane protein, putative  38.24 
 
 		 181 aa  88.6  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0524  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.94 
 
 		 172 aa  62.4  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.2 
 
 		 159 aa  59.3  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1412  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.72 
 
 		 178 aa  57  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.210554  normal  0.0626613 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0130  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  31.63 
 
 		 173 aa  55.1  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1608  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.93 
 
 		 169 aa  53.5  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2293  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.6 
 
 		 176 aa  52.4  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1481  hypothetical protein  28.92 
 
 		 193 aa  51.6  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0572802  normal  0.376105 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2215  tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component, putative  39.56 
 
 		 145 aa  50.4  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0131371  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2032  TRAP transporter permease component  28.21 
 
 		 171 aa  50.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.108593 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2076  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.21 
 
 		 168 aa  49.7  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.380977  normal  0.312464 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1622  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  33.72 
 
 		 184 aa  48.9  0.00005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1025  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.46 
 
 		 185 aa  48.9  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.045195  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.45 
 
 		 168 aa  48.5  0.00006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1403  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  34.67 
 
 		 174 aa  47.8  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.392798  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.95 
 
 		 176 aa  47.4  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2033  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  27.5 
 
 		 732 aa  47  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.105106  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3372  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.52 
 
 		 179 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.779768 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0961  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  36.51 
 
 		 168 aa  45.8  0.0004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.093725  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7254  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.47 
 
 		 209 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.343633  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1036  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.46 
 
 		 181 aa  45.8  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.965838  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3271  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  40.58 
 
 		 619 aa  45.1  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373435  normal  0.294977 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1556  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30 
 
 		 198 aa  45.1  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2034  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.6 
 
 		 179 aa  45.1  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00133922  normal  0.0453092 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.96 
 
 		 180 aa  44.7  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3587  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.87 
 
 		 173 aa  44.7  0.0009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.677998  normal  0.475596 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0694  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.96 
 
 		 180 aa  44.3  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.617853  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.62 
 
 		 241 aa  44.3  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.62 
 
 		 241 aa  44.3  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1970  TRAP dicarboxylate transporter  25.71 
 
 		 688 aa  43.5  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.413092  normal  0.415684 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1875  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  26.92 
 
 		 183 aa  43.9  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00459438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1350  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.72 
 
 		 171 aa  43.5  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.810937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1162  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.58 
 
 		 147 aa  43.1  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3428  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.82 
 
 		 180 aa  42.7  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3474  putative TRAP C4-dicarboxylate transport system, DctQ subunit (small permease component)  26.02 
 
 		 179 aa  42.7  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1476  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.02 
 
 		 179 aa  42.7  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.661481  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3914  TrapT family, DctQ subunit C4-dicarboxylate transport  25.47 
 
 		 174 aa  42.4  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3674  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.63 
 
 		 179 aa  42  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.396791 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.83 
 
 		 187 aa  42  0.006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3545  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.33 
 
 		 188 aa  41.6  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.940799 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3769  hypothetical protein  24.3 
 
 		 179 aa  41.6  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0033  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28 
 
 		 187 aa  41.6  0.008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.870626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1382  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.88 
 
 		 183 aa  41.6  0.008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000585397  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04933  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system permease component  28.21 
 
 		 180 aa  41.2  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7097  TrapT family, dctQ subunit C4-dicarboxylate transport  24.67 
 
 		 169 aa  41.2  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.108267  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>