29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3154 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3154  TRAP transporter-DctQ subunit putative  100 
 
 		 182 aa  365  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2568  TRAP transporter, transmembrane protein, putative  59.78 
 
 		 181 aa  221  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4620  hypothetical protein  35.71 
 
 		 199 aa  90.9  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.317809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0557  hypothetical protein  29.19 
 
 		 216 aa  79.3  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1734  hypothetical protein  28.48 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0113  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.57 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.139035  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0606  hypothetical protein  37.21 
 
 		 188 aa  69.3  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3545  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.9 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.940799 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0643  hypothetical protein  29.13 
 
 		 170 aa  50.8  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0648569 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.5 
 
 		 159 aa  49.7  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3769  hypothetical protein  32.18 
 
 		 179 aa  47.4  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0524  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.03 
 
 		 172 aa  45.8  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3581  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  31.25 
 
 		 189 aa  45.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120182  normal  0.15942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2293  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.36 
 
 		 176 aa  45.8  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3474  putative TRAP C4-dicarboxylate transport system, DctQ subunit (small permease component)  26.5 
 
 		 179 aa  45.4  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1376  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.03 
 
 		 169 aa  45.1  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0130  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  26.42 
 
 		 173 aa  45.4  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0357  hypothetical protein  27.55 
 
 		 204 aa  45.4  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0895709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2484  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.43 
 
 		 169 aa  45.1  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.01974 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1970  TRAP dicarboxylate transporter  24.3 
 
 		 688 aa  44.7  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.413092  normal  0.415684 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2150  TRAP transporter, small subunit  35.63 
 
 		 179 aa  43.9  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.2063 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2457  tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component, putative  30.91 
 
 		 156 aa  43.9  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2002  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.05 
 
 		 162 aa  43.5  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0151036  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.19 
 
 		 180 aa  42.4  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3089  hypothetical protein  25.56 
 
 		 177 aa  42.4  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.591077  normal  0.014052 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0513  hypothetical protein  27.81 
 
 		 173 aa  42  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0694  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.19 
 
 		 180 aa  42  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.617853  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7097  TrapT family, dctQ subunit C4-dicarboxylate transport  26.72 
 
 		 169 aa  41.6  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.108267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3372  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28 
 
 		 179 aa  41.2  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.779768 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>