33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0113 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0113  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  100 
 
 		 219 aa  441  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.139035  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0557  hypothetical protein  67.49 
 
 		 216 aa  277  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4620  hypothetical protein  42.27 
 
 		 199 aa  141  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.317809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1734  hypothetical protein  32.12 
 
 		 210 aa  101  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0606  hypothetical protein  31.95 
 
 		 188 aa  91.7  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2568  TRAP transporter, transmembrane protein, putative  29.94 
 
 		 181 aa  80.9  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3154  TRAP transporter-DctQ subunit putative  28.57 
 
 		 182 aa  72.8  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3452  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  26.49 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159409  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3097  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.95 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.739132  normal  0.502747 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1412  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36 
 
 		 178 aa  53.5  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.210554  normal  0.0626613 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0524  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.25 
 
 		 172 aa  52.8  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0513  hypothetical protein  38.39 
 
 		 173 aa  52.8  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0499  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.62 
 
 		 161 aa  48.9  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.701634  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.69 
 
 		 159 aa  48.5  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1608  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.88 
 
 		 169 aa  47.8  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.16 
 
 		 177 aa  46.2  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.366338 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2034  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.69 
 
 		 179 aa  46.2  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00133922  normal  0.0453092 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02559  hypothetical protein  25.95 
 
 		 187 aa  45.4  0.0007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1506  triosephosphate isomerase (TIM; Triose-phosphateisomerase)  26.28 
 
 		 169 aa  45.1  0.0008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1814  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.34 
 
 		 185 aa  45.1  0.0009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3569  hypothetical protein  26.95 
 
 		 182 aa  44.7  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.549682 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000630  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  28.28 
 
 		 185 aa  43.9  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0643  hypothetical protein  27.34 
 
 		 170 aa  44.3  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0648569 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4360  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.08 
 
 		 195 aa  44.3  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2756  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  29.61 
 
 		 628 aa  44.3  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.95761  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0959  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.67 
 
 		 208 aa  43.1  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.28 
 
 		 176 aa  43.5  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2923  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.45 
 
 		 210 aa  42.4  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.640281 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3945  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.11 
 
 		 157 aa  42.7  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0554  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.75 
 
 		 176 aa  42.7  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.29193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3083  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.76 
 
 		 186 aa  42.4  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.34847  normal  0.232987 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3587  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.82 
 
 		 173 aa  42.4  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.677998  normal  0.475596 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0961  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  32.84 
 
 		 168 aa  41.6  0.01  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.093725  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>