40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1608 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1608  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  100 
 
 		 169 aa  338  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1376  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  68.05 
 
 		 169 aa  218  3e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2484  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  68.05 
 
 		 169 aa  217  6e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.01974 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2338  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  63.31 
 
 		 169 aa  186  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.613317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1773  hypothetical protein  55.03 
 
 		 169 aa  165  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.110118 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0524  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  48.84 
 
 		 172 aa  150  5.9999999999999996e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2076  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  41.4 
 
 		 168 aa  107  8.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.380977  normal  0.312464 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3545  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.01 
 
 		 188 aa  106  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.940799 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1036  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  37.33 
 
 		 181 aa  102  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.965838  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1778  hypothetical protein  34.19 
 
 		 200 aa  101  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442336  normal  0.0573301 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1412  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  38.67 
 
 		 178 aa  98.6  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.210554  normal  0.0626613 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0357  hypothetical protein  33.71 
 
 		 204 aa  90.5  9e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0895709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1025  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.54 
 
 		 185 aa  85.1  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.045195  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3298  hypothetical protein  34.84 
 
 		 177 aa  82.4  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.684263 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1875  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  29.7 
 
 		 183 aa  80.1  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00459438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  33.33 
 
 		 159 aa  68.9  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3452  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  30.86 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159409  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3097  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.86 
 
 		 206 aa  62  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.739132  normal  0.502747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4929  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  37.76 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.371415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4620  hypothetical protein  29.93 
 
 		 199 aa  53.5  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.317809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3714  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.47 
 
 		 169 aa  50.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00000556878  n/a   
 
 
 
NC_012791  Vapar_0113  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.88 
 
 		 219 aa  48.1  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.139035  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0557  hypothetical protein  23.88 
 
 		 216 aa  46.6  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.47 
 
 		 177 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.366338 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0643  hypothetical protein  26.06 
 
 		 170 aa  46.2  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0648569 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3654  TRAP transporter DctQ family protein  30.5 
 
 		 170 aa  44.7  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.724435 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.34 
 
 		 241 aa  43.9  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3569  hypothetical protein  31.46 
 
 		 182 aa  43.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.549682 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3428  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.36 
 
 		 180 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.7 
 
 		 187 aa  43.1  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.66 
 
 		 230 aa  42.4  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0560  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  40.32 
 
 		 625 aa  42.4  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.582105 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1734  hypothetical protein  23.49 
 
 		 210 aa  42  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5035  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.12 
 
 		 183 aa  41.6  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4737  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.85 
 
 		 172 aa  41.6  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.222644  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.13 
 
 		 167 aa  41.6  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2936  hypothetical protein  25 
 
 		 182 aa  41.2  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2138  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.79 
 
 		 180 aa  41.2  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000455407  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6903  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  40 
 
 		 625 aa  40.8  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0610  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.27 
 
 		 184 aa  40.8  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.809519  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>